Thời kỳ Lý - Trần, hội nhập Tam giáo trên cơ sở lấy Phật giáo làm bản vị. Hội nhập tam giáo thời kỳ này lấy thực hành đạo trị, lấy thiên hạ, tức phương diện chính trị, xã hội (cũng đồng thời là vấn đề dân tộc) làm điểm quy kết. Tinh thần bồ tát cứu thế, tinh thần nhập thế hoà quang đồng trần của Phật giáo đời Trần và lý tưởng bình trị thiên hạ của Nho gia gặp nhau, tạo ra trạng thái khoan dung, hợp nhất của Tam giáo, là cơ sở cho Phật giáo chấp nhận Nho giáo. Các nhà sư kiêm chính trị gia thời Lý - Trần là chủ thể đứng ra tiến hành hội nhập tam giáo. Lời của Thiền sư Trí Thiền thể hiện rõ điều đó: “Lời nói của Như Lai chẳng phải là lời nói
suông. Các pháp ở trên thế gian này đều là hư ảo, không thực, chỉ có đạo mới là thực, ta cịn cần gì nữa; vả lại, Nho gia nói đạo vua tôi, cha con; Phật pháp nói về công đức của các vị Bồ tát, Thanh văn. Hai tôn giáo tuy có chỗ khác nhau nhưng quy về một mối mà thôi. Chỉ là, muốn vượt qua nỗi khổ sinh tử, dứt khỏi sự cố chấp hữu vơ, ngồi Phật giáo ra thì khơng thể nào đạt được” [49]. Có thể nói, những thành tựu to lớn trong phát triển kinh tế - văn hóa, những chiến cơng oanh liệt chống ngoại xâm dưới hai triều Lý - Trần đã đem lại cho giới tăng sĩ hào khí của cả dân tộc. Theo Thiền uyển tập anh, các nhà sư thời kì này đều giỏi chữ Hán.
Nhiều vị sư tinh thông cả ba giáo như Hiện Quang, Vạn Hạnh; sư Viên Thơng đỗ đầu kì thi tam giáo, sư Trí Hiền đỗ tiến sĩ. Tiếp nối truyền thống yêu nước quật cường của dân tộc, các quốc sư không thể không dùng tư tưởng củac Nho, Lão vào công cuộc chấn hưng đất nước và bảo vệ quốc gia độc lập. Như vậy, với tư cách là chủ thể đứng ra hội nhập, các nhà sư Việt Nam đã thoát ra khỏi phần nào tư tưởng xuất thế của Phật giáo Ấn Độ để nhập thế. Nếu như Thiền Tơng Trung Hoa có khuynh hướng nhập thế, thì các dịng thiền đó khi vào Việt Nam đã thể hiện tính nhập thế mãnh liệt hơn, tích cực hơn do hồn cảnh của thực tiễn đất nước thời kì này địi hỏi.
Các ơng vua sùng đạo Phật như Lý Thánh Tông, đã cho thành lập Văn Miếu, tạc tượng Chu Công và Khổng Tử để thờ, mở các khoa thi Tam giáo để tuyển chọn nhân tài. Các triều đại đời Lý và Trần đều trọng dụng Nho sĩ như Tô Hiến Thành, Lê Văn Thịnh, Chu Văn An, Mạc Đĩnh Chi. Sư Vạn Hạnh từng phục vụ các triều Đinh, Tiền Lê, nhưng đã không ngại chủ trương phế nhà Tiền Lê, lập ra nhà Lý.
Mặc dù dưới thời Lý - Trần tôn trọng Nho giáo và trọng dụng Nho sĩ trong đạo trị nước, thế nhưng đường lối trị nước, an dân, bảo vệ độc lập dân tộc và bản sắc văn hóa dân tộc thì lại thấm đượm tinh thần Phật giáo: bình đẳng, dân chủ, từ bi, hỷ xả ... đến nỗi có thể nói đó là các triều đại Phật giáo trong lịch sử Việt Nam, các triều đại đó được xem là đỉnh cao của sự hội nhập của Phật giáo vào văn hóa Việt. Đạo giáo cũng ngày càng có chỗ đứng vững chắc.
Trong thời kì Lý - Trần, các nhà sư cũng chính là chủ thể đứng ra hội nhập với Đạo giáo. Có thể thấy, hai giáo này vay mượn nhau quá nhiều nên thấy ít xung đột nhau, nhà sư kiêm pháp sư, kiêm nhà phương thuật là thường lệ. Phật giáo và Đạo giáo ở Việt Nam đã quyện nhau rất mật thiết. Thiền sư Trường Nguyên (1110 - 1165) có để lại bài kệ (xem bài kệ phần phụ lục 1), trình bày về cái “chân như diệu tính”, với cách diễn tả rất gần “đạo” trong sách Lão Tử. Đời Trần, có một số nhà
Như vậy, “triết lý Thiền Tơng đã tìm thấy điểm chung với thế giới quan của Đạo giáo và Nho giáo kết hợp với chủ nghĩa yêu nước Việt Nam trở thành thế giới quan và hạt nhân trung tâm của tổ hợp tam giáo” [47] dưới thời kì này.
Cịn ở Trung Quốc, nhìn chung Nho giáo là hệ tư tưởng chính, chủ đạo. Sự kết hợp Nho giáo với các hệ tư tưởng khác, chung quy vẫn lấy Nho giáo làm cơ sở, kết hợp theo cách thức của Nho. Nhà Nho là chủ thể đứng ra hội nhập tam giáo.
Vương Thông là Nho sĩ dưới thời nhà Tùy, đại diện cho Nho giáo, đã giải thích thêm những thuyết giáo của Tam giáo có chỗ đáng theo, những điều xấu nảy sinh, tội lỗi không phải do nguyên lý của các giáo. Vì thế, ơng nói: “ Thi, Thư thịnh, đời Tần diệt vong, đó không phải là cái tội của Khổng Tử; Huyền học nổi mà nhà Tấn rối loạn, đó không phải cái tội của Lão Tran g; Việc chay giới được sửa sang mà nhà Lương bị mất, đó không phải là cái tội của Thích ca” [30; tr.253]. Cho nên ông đề ra chủ trương “tam giáo có thể hợp nhất”, hy vọng từ trên lý luận có thể điều hịa mâu thuẫn của giai cấp địa chủ. Nhưng lập trường cơ bản của Vương Thông vẫn là Nho học, kế thừa đạo thống tôn Nho của Chu Công.
Dưới thời Đường, vua Đường Thái Tông sau khi lên ngôi cũng đã chủ trương: “Lấy đạo Nghiêu Thuấn, Chu Khổng làm phương sách chỉ đạo, dung nạp
các tôn giáo khác” [27; tr.729]. Chính đa số các ơng vua của triều Tùy, Đường đã
có những chính sách tạo điều kiện cho Phật giáo ngày càng phát triển mạnh và đạt đến đỉnh cao phát triển của Phật giáo Trung Quốc dưới thời nhà Đường. Còn Đạo giáo thời kì này cũng đã chiếm một địa vị khá hiển hách do có sự đề cao của các vị vua.
Thời kì này, Nho sĩ Liễu Tông Nguyên cũng chủ trương lấy Nho làm cốt lõi “thống hợp Nho, Thích” (Phục tính thư, thượng), thu nhận bách gia. Ông cho rằng
Nho và Phật có nhiều chỗ gặp nhau, tương đồng, cơ sở của sự thống hợp đó là “nhân tính” và “tính thiện”, cho nên nhập Phật học vào tư tưởng Nho gia truyền
Liễu Tơng Ngun là Lưu Vũ Tích. Ơng cho rằng: “Phật học có thể “âm trợ giao hòa”, bổ sung cho Nho học” [6; tr.431-432].
Mặt khác, ở thời Đường, Phật giáo Trung Quốc đã chín muồi và đạt đến thời kì cực thịnh. Các nhà triết học có tư duy sắc sảo và các tác phẩm triết học phần lớn đều thuộc lĩnh vực Phật giáo. “Sự hấp thu dung hợp lẫn nhau giữa Nho, Phật, Đạo đã dẫn đến cuộc dung hợp lần thứ ba lấy Phật giáo làm chủ trong triết học Trung Quốc. Sự cực thịnh của Phật giáo không chỉ ở chỗ triết lý, tín ngưỡng của nó trở thành thống trị trong đời sống xã hội, thu hút hầu như các cuộc tranh luận triết học thời đó vào những vấn đề triết học được đặt ra” [6; tr.428-429].
Như vậy, về chủ thể hội nhập Tam giáo ở hai thời kì này có sự khác nhau. Dưới thời Lý - Trần, hội nhập Tam giáo trên cơ sở lấy Phật giáo làm bản vị. Còn ở Trung Quốc tình hình lại khơng xảy ra như vậy, chủ thể hội nhập Tam giáo là Nho giáo. Ngoài ra, xét ở mức độ cao hơn thì chủ thể đứng ra hội nhập Tam giáo chính là con người Việt Nam thời Lý - Trần và Trung Quốc thời Tùy - Đường. Do đó, bên cạnh điều kiện lịch sử đương thời thì truyền thống văn hóa, cũng như tâm lý, tích cách của hai dân tộc sẽ quy đinh tính dung hợp tới đâu giữa Nho, Phật, Đạo.