Hoạt động quản lý và điều hành Tổng công ty tại Mitraco còn nhiều điểm chưa hợp lý, và cần nhanh chóng được cải thiện. Dưới đây là một số hạn chế chủ yếu cần sớm được giải quyết
Thứ nhất, đối với các đơn vị trực thuộc, công tác điều hành còn mang nặng tính bao cấp. Hoạt động điều hành chủ yếu thông qua hệ thống định mức kinh tế kỹ thuật; hoạt động sản xuất kinh doanh tại các đơn vị dựa trên hệ thống định mức này và chỉ chịu trách nhiệm gián tiếp đối với hiệu quả sản xuất kinh doanh của đơn vị mình.Các đơn vị trực thuộc có tính độc lập tự chủ không cao.Sức ép đảm bảo hiệu quả trong sản xuất kinh doanh và hiệu quả trong hoạt động tài chính đối với lãnh đạo các đơn vị này là chưa đủ lớn. Do vậy, việc nâng cao hiệu quả hoạt động tại các đơn vị trực thuộc là rất khó khăn.
- Một số công ty con vẫn còn tư tưởng dựa dẫm vào Tổng công ty, chưa thực sự chủ động trong công tác điều hành, tổ chức hoạt động SXKD, hiệu quả sản xuất kinh doanh thấp, tiền nợ Tổng công ty khi cổ phần hóa đến nay chưa trả mà cũng không xây dựng phương án trả nợ, khả năng thu hồi vốn cho TCT rất thấp (Vận tải, Thương mại, Thiên Ý).
- Một số công ty như CTCP cơ khí và xây lắp Mitraco, CTCP gạch ngói và VLXD Đồng Nai – Hà Tĩnh, CTCP may Hà Tĩnh, CTCP Khoáng sản Mangan, Phụ gia Sắt Thạch Khê còn gặp rất nhiều khó khăn. Hoạt động SXKD chưa hiệu quả do nhiều nguyên nhân, đã xảy ra hiện tượng mất hoàn toàn vốn ở một số công ty (Gạch ngói Đồng Nai – Hà Tĩnh) và nguy cơ mất vốn ở một số công ty khác (Cơ khí và Xây lắp, Khoáng sản Mangan).
Thứ hai, chưa thiết lập được hệ thống kiểm soát nội bộ có hiệu lực và hiệu quả; do đó, chưa kiểm soát được chi phí, chưa kiểm soát được những rủi ro và còn để xảy ra lãng phí trong quá trình quản lý và sản xuất kinh doanh. Các nguyên tắc hiện đại trong quản trị công ty, những nguyên tắc trung thành, cẩn trọng trong quá trình điều hành chưa được áp dụng một cách triệt để.
Thứ ba, hệ thống thông tin và báo cáo của Mitraco chưa đầy đủ. Chưa xây dựng được phương thức quản lý, chế độ báo cáo, cách thức quản lý và điều hành đặc thù đối với mỗi hình thức đầu tư khác nhau. Trên thực tế, việc mở rộng hoạt động đầu tư và tham gia vào các hình thức đầu tư khác nhau đã chưa được hỗ trợ bởi sự lớn mạnh tương ứng về khả năng, năng lực và công cụ quản lý nguồn vốn đầu tư của Mitraco.
Thứ tư, Mitraco hiện không có một bộ tiêu chí chuẩn để theo dõi và đánh giá kết quả đối với các khoản mục đầu tư của mình. Các quyết định về phần vốn đóng góp trong các công ty con không dựa trên các bộ tiêu chí rõ ràng như về lựa chọn ngành nghề, phân bổ rủi ro, các tiêu chí về lợi nhuận, khả năng tạo ra lợi nhuận. Việc xác định các tiêu chí về quyết định đầu tư vốn là một yêu cầu mang tính chiến lược đối với Mitraco.Các quyết định về đầu tư vốn phải dựa trên một bộ tiêu chí rõ ràng và được thực hiện một cách minh bạch.Các quyết định về đầu tư cũng cần phải được dựa trên năng lực quản lý nguồn vốn và năng lực quản trị của Mitraco.Đây cũng là một vấn đề cần sớm được xử lý tại Mitraco.
Thứ năm, việc quản lý các công ty con và công ty liên kết của Mitraco còn nhiều lúng túng. Có tình trạng khép kín và cát cứ tại một số công ty con. Nguyên nhân của tình trạng này một phần là do cơ chế quản lý công ty con chưa phù hợp. Một phần khác Mitraco chưa có cơ chế để phát hiện, khai thác, phát huy thế mạnh và tạo động lực trong hoạt động của công ty con.
Năm 2013, Tổng công ty đã nỗ lực hoàn thành thủ tục pháp định từ khâu xác định giá trị doanh nghiệp, mời tư vấn, tuyên truyền cổ phần hoá trong CBCNV, trình và được Thủ tướng Chính phủ phê duyệt phương án cổ phần hoá. Ngày 28/11/2013, Tổng công ty đã bán đấu giá cổ phần lần đầu ra công chúng tại Sàn giao dịch chứng khoán Hà Nội, có 765 nhà đầu tư đăng ký đấu giá, khối lượng cổ phần bán được là 1.940.800 cổ phần/5.612.900 cổ phần chào bán, đạt 34.6%, tương đương 19 tỷ, 408 triệu đồng. Mức giá bình quân 10.000 đồng/cổ phần.Hiện nay, Mitraco vẫn chưa tìm được cổ đông chiến lược cho công ty.
Do vậy, tái cấu trúc lại danh mục đầu tư cùng với việc xây dựng lại một mô hình tổ chức và quản lý cho phù hợp trong đó đảm bảo khả năng hỗ trợ lẫn nhau trong quá trình sản xuất và tiêu thụ sản phẩm, làm tăng tính hiệu quả trong sử dụng vốn của Mitraco và đảm bảo tính chủ động, tự chủ, tự chịu trách nhiệm về kết quả sản xuất kinh doanh của các công ty con và các đơn vị thành viên cần được coi là một định hướng chiến lược của Mitraco.