Đối với các trường hợp nguy cơ ban đầu thuộc loại cao hơn, sẽ cần lựa chọn thêm các biện pháp kiểm soát nguy cơ bổ sung ngoài các yêu cầu cốt lõi. Ví dụ về các yếu tố liên quan đến khả năng xảy ra hoặc có thể xảy ra và/hoặc hậu quả nghiêm trọng của một sự cố xảy ra được trình bày trong Bảng 2.2 đến Bảng 2.4. Trong những trường hợp như vậy, các biện pháp kiểm soát nguy cơ bổ sung được lựa chọn để giảm nguy cơ tồn dư xuống mức nguy cơ có thể chấp nhận được coi là các biện pháp kiểm soát nâng cao. Các tác nhân sinh học và các quy trình yêu cầu các biện pháp kiểm soát nâng cao có thể khác nhau, từ nuôi cấy và tăng sinh các tác nhân sinh học với số lượng nhỏ, nguy cơ trung bình đến công việc quy mô lớn với các chủng kháng thuốc hoặc nghiên cứu trên động vật với các tác nhân lây truyền qua khí dung, các tác nhân động vật được coi là nguy cơ cao. Các biện pháp kiểm soát nâng cao phải phù hợp và tương xứng để giải quyết (các) yếu tố cụ thể góp phần vào khả năng xảy ra và/hoặc hậu quả của việc phơi nhiễm và/hoặc phát tán; ví dụ: một quy trình có nguy cơ tạo ra khí dung phải có một biện pháp kiểm soát nguy cơ ngăn chặn khí dung hiệu quả. Do vậy, biện pháp kiểm soát nâng cao thích hợp nhất cũng sẽ thay đổi đáng kể tùy thuộc vào các tác nhân sinh học được xử lý, các quy trình được thực hiện và các đường lây truyền tiềm tàng. Tất cả các biện pháp kiểm soát nâng cao sẽ có những ưu điểm và nhược điểm riêng nên phải cân nhắc cẩn thận khi lựa chọn những biện pháp thích hợp để thu hẹp khoảng cách giữa nguy cơ tồn dư và nguy cơ có thể chấp nhận được.
Khi các nguy cơ được đánh giá là ở mức cao, cần tiến hành phân tích chi phí - lợi ích để đánh giá các lựa chọn như thuê khoán công việc (cho một đơn vị phù hợp, có sẵn các biện pháp và nguồn lực kiểm soát nguy cơ thích hợp), cũng như có thể thực hiện đánh giá chi tiết các biện pháp kiểm soát nâng cao để cải thiện cơ sở vật chất của
phòng xét nghiệm. Các biện pháp kiểm soát nguy cơ được lựa chọn sẽ hiệu quả nhất khi chúng được lựa chọn để đáp ứng nhu cầu của chính địa phương hay cơ sở đó.