3. Nội dung nghiên cứu
3.3.3. Phân tích trình tự amino acid suy diễn từ gen CHI của mẫu đậu
xanh nghiên cứu
Kết quả so sánh trình tự amino acid suy diễn từ gen CHI từ hai giống đậu xanh nghiên cứu với nhau và với trình tự amino acid của protein CHIsuy diễn từ gen mang mã số NM_00131794.1 và từ gen mang mã số KP164975 được thể hiện ở hình 3.8.
Hình 3.8. So sánh trình tự amino acid từ gen CHI của đậu xanh Việt Nam với trình tự đã công bố
Kết quả so sánh hình 3.8 cho thấy trình tự amino acid suy diễn từ gen
CHI của các giống đậu xanh nghiên cứu có sự tương đồng 100% so với trình tự amino acid suy diễn từ gen CHI đã được công bố trên Ngân hàng Gen. Sự
sai khác trình tự nucleotide ở vị trí 596 trên gen CHI giữa các mẫu so sánh không làm ảnh hưởng đến trình tự amino acid.
Để phân tích đặc điểm cấu trúc liên quan đến thực hiện chức năng của CHI, chúng tôi tiến hành so sánh trình tự amino acid của CHI với CHI ở một số loài thực vật. Kết quả thể hiện trên hình 3.9.
Hình 3.9. So sánh (alignment) trình tự amino acid của CHI giữa các loài thực vật khác nhau.
Vradiata (CHI từ đậu xanh được xác định qua nghiên cứu này và trình tự đã công bố mã số KP164975 và NM_00131794.1); LjCHI1, LjCHI2 và LjCHI3 (3 loại CHI từ cây đậu hoang dã - L. japonicus,AB054801, AB054802, AB073787), Gmax (CHI từ đậu tương - Glycine max, AF276302), Vangularis (CHI từ đậu đỏ - Vigna angularis, AP015041); Guralensis (CHI từ cam thảo - Glycyrrhiza uralensis, EF026980); Zmays (CHI từ cây ngô - Zea mays, AF276302), Msativa (CHI từ cỏ linh lăng -
Medicago sativa L., KF765782); Plobata (CHI từ sắn dây - Pueraria lobata,
D63577); Vvinifera (CHI từ nho, Vitis vinifera L., NM_001281104); Phần trình tự có nền màu đen là phần amino acid giống nhau hoàn toàn giữa các loài. Phần trình tự có nền màu xám là phần đa số các loài (60-80%) có amino acid giống nhau. Mũi tên màu đỏ chỉ vị trí các amino acid của CHI đóng vai trò bám với cơ chất phản ứng; mũi tên màu xanh chỉ vị trí các amino acid hình thành liên kết hidro tham gia phản ứng của CHI.
Trên hình 3.9. cho thấy, CHI khá bảo thủ ở thực vật chỉ ra nhiều vùng trình tự từ 5 amino acid bảo thủ như: FLGGAG (41-46); FIKFT (56-60); IGVYLRD (62-68); FYRDIIS (92-98); ENCVA (124-128); AVLETMIG (199-205). Theo Hui Wang và cs [21], CHI thực hiện chức năng thông một số amino acid đặc trưng, vùng amino acid là vị trí bám với cơ chất và vùng chứa các amino acid tham gia vào phản ứng của enzyme. Các vị trí amino acid này của CHI ở đậu xanh có tính bảo thủ cao so với các loài (phần mũi tên chỉ các vị trí amino acid thực hiện chức năng của CHI).
Dựa trên kết quả so sánh trình tự amino acid CHI ở các loài thực vật, chúng tôi sử dụng phần mền ClustalW2 online để xây dựng cây phân loại của CHI ở thực vật. Kết quả thể hiện trên hình 3.10.
Hình 3.10. Cây phân loại của CHI ở một số thực vật
Trong đó: Vradiata (CHI từ đậu xanh được xác định qua nghiên cứu này và trình tự đã công bố mã số KP164975 và NM_00131794.1); LjCHI1, LjCHI2 và LjCHI3 (3 loại CHI từ cây đậu hoang dã - Ljaponicus,AB054801, AB054802, AB073787), Gmax (CHI từ đậu tương - Glycine max, AF276302), Vangularis (CHI từ đậu đỏ - Vigna angularis, AP015041); Guralensis (CHI từ cam thảo - Glycyrrhiza uralensis, EF026980); Zmays (CHI từ cây ngô - Zea mays, AF276302), Msativa (CHI từ cỏ linh lăng -
Medicago sativa L., KF765782); Plobata (CHI từ sắn dây - Pueraria lobata,
D63577); Vvinifera (CHI từ nho, Vitis vinifera L., NM_001281104);
Trên hình 3.10 cho thấy CHI từ giống đâ ̣u xanh và 10 mẫu phân tích được chi làm 2 nhánh chính. Nhánh chính thứ nhất bao gồm CHI của ngô, nho và CHI2 thuộc họ đậu hoang dã trong tự nhiên. Nhánh thứ 2 bao gồm các mẫu còn lại, CHI1, CHI2 từ đậu hoãng dã; cỏ linh lăng, sắn dây, cam thảo, đậu đỏ và đậu xanh. Trong đó, CHI từ đậu tương và cam thảo có hệ số
tương đồng di truyền cao nhất (96%). CHI từ đậu xanh có hệ số tương đồng cao nhất với CHI từ đậu đỏ (95%).
KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ