Hình 3.6 cho thấy đặc điểm trình tự các nucleotitde của gen CHI từ DNA genome và cDNA của 02 giống đậu xanh nghiên cứu. Gen CHI ở đậu xanh là gen phân đoạn có 3 đoạn intron (110-191, 352-395, 818-933), 4 đoạn exon (1-109, 192-351, 396-817, 934-1110). Trình tự nucleotide gen CHI giữa 2 mẫu nghiên cứu tương đồng 100%. Như vậy, chúng tôi khẳng định gen CHI
ở đậu xanh có sự bảo thủ giữa 2 giống nghiên cứu.
3.3.2. Kết quả so sánh trình tự gen CHI phân lập từ mẫu đậu xanh nghiên cứu với trình tự gen CHI đã được công bố trên Ngân hàng gen. cứu với trình tự gen CHI đã được công bố trên Ngân hàng gen.
Tiếp theo, chúng tôi tiến hành so sánh trình tự ORF của gen CHI từ 2 mẫu nghiên cứu với trình tự gen CHI đã công bố với các mã số KP164975 và NM_001317294.1. Do đặc điểm trình tự gen CHI của 2 mẫu giống đậu xanh nghiên cứu không có sự sai khác nên chúng tôi lựa chọn 1 trình tự gen CHI đã phân lập từ mẫu đậu xanh nghiên cứu (kí hiệu là CHIvn) để so sánh. Kết quả so sánh được thể hiện tại hình 3.7:
Hình 3.7. So sánh trình tự nucleotide gen CHI của đậu xanh Việt Nam với trình tự đã công bố
Hình 3.7 cho thấy trình tự nucletide mã hóa của gen CHI được phân lập từ mRNA của giống đậu xanh nghiên cứu có 669 nucleotide. Bằng chương trình phân tích BLAST trong NCBI cho kết quả về đô ̣ tương đồng 99,85% so vớ i trình tự gen CHI mang mã số NM_001317294.1 và gen mang mã số KP164975 trên Ngân hàng Gen. Hai trình tự nucletide của gen mã hóa CHI được công bố trên Ngân hàng Gen không có vị trí sai khác nào, độ tương đồng 100%. Trong khi đó trình tự nucletide mã hóa của gen CHI được phân lập từ mRNA của giống Đậu Xanh nghiên cứu (CHIVn) có duy nhất 01 vị trí
sai khác đó là vị trí số 596. Cụ thể tại vị trí 596 trên trình tự gen CHIVn là nucleotide loại G thì ở trên trình tự của 2 gen CHI đã được công bố (NM_001317294.1 và KP164975) đều là nucleotitde loại A. Để kiểm tra sự sai khác trình tự nucleotide có dẫn đến sự sai khác trình tự amino acid hay không, chúng tôi tiếp tục phân tích trình tự amino acid của CHI ở đậu xanh.
3.3.3. Phân tích trình tự amino acid suy diễn từ gen CHI của mẫu đậu xanh nghiên cứu xanh nghiên cứu
Kết quả so sánh trình tự amino acid suy diễn từ gen CHI từ hai giống đậu xanh nghiên cứu với nhau và với trình tự amino acid của protein CHIsuy diễn từ gen mang mã số NM_00131794.1 và từ gen mang mã số KP164975 được thể hiện ở hình 3.8.
Hình 3.8. So sánh trình tự amino acid từ gen CHI của đậu xanh Việt Nam với trình tự đã công bố
Kết quả so sánh hình 3.8 cho thấy trình tự amino acid suy diễn từ gen
CHI của các giống đậu xanh nghiên cứu có sự tương đồng 100% so với trình tự amino acid suy diễn từ gen CHI đã được công bố trên Ngân hàng Gen. Sự
sai khác trình tự nucleotide ở vị trí 596 trên gen CHI giữa các mẫu so sánh không làm ảnh hưởng đến trình tự amino acid.
Để phân tích đặc điểm cấu trúc liên quan đến thực hiện chức năng của CHI, chúng tôi tiến hành so sánh trình tự amino acid của CHI với CHI ở một số loài thực vật. Kết quả thể hiện trên hình 3.9.
Hình 3.9. So sánh (alignment) trình tự amino acid của CHI giữa các loài thực vật khác nhau.
Vradiata (CHI từ đậu xanh được xác định qua nghiên cứu này và trình tự đã công bố mã số KP164975 và NM_00131794.1); LjCHI1, LjCHI2 và LjCHI3 (3 loại CHI từ cây đậu hoang dã - L. japonicus,AB054801, AB054802, AB073787), Gmax (CHI từ đậu tương - Glycine max, AF276302), Vangularis (CHI từ đậu đỏ - Vigna angularis, AP015041); Guralensis (CHI từ cam thảo - Glycyrrhiza uralensis, EF026980); Zmays (CHI từ cây ngô - Zea mays, AF276302), Msativa (CHI từ cỏ linh lăng -
Medicago sativa L., KF765782); Plobata (CHI từ sắn dây - Pueraria lobata,
D63577); Vvinifera (CHI từ nho, Vitis vinifera L., NM_001281104); Phần trình tự có nền màu đen là phần amino acid giống nhau hoàn toàn giữa các loài. Phần trình tự có nền màu xám là phần đa số các loài (60-80%) có amino acid giống nhau. Mũi tên màu đỏ chỉ vị trí các amino acid của CHI đóng vai trò bám với cơ chất phản ứng; mũi tên màu xanh chỉ vị trí các amino acid hình thành liên kết hidro tham gia phản ứng của CHI.
Trên hình 3.9. cho thấy, CHI khá bảo thủ ở thực vật chỉ ra nhiều vùng trình tự từ 5 amino acid bảo thủ như: FLGGAG (41-46); FIKFT (56-60); IGVYLRD (62-68); FYRDIIS (92-98); ENCVA (124-128); AVLETMIG (199-205). Theo Hui Wang và cs [21], CHI thực hiện chức năng thông một số amino acid đặc trưng, vùng amino acid là vị trí bám với cơ chất và vùng chứa các amino acid tham gia vào phản ứng của enzyme. Các vị trí amino acid này của CHI ở đậu xanh có tính bảo thủ cao so với các loài (phần mũi tên chỉ các vị trí amino acid thực hiện chức năng của CHI).
Dựa trên kết quả so sánh trình tự amino acid CHI ở các loài thực vật, chúng tôi sử dụng phần mền ClustalW2 online để xây dựng cây phân loại của CHI ở thực vật. Kết quả thể hiện trên hình 3.10.