Ngày 21/8/2006, Thủ tướng Chính phủ ký ban hành Quyết định số 1107/QĐ- TTg về việc phê duyệt Quy hoạch phát triển các khu công nghiệp ở Việt Nam đến năm 2015 và định hướng đến năm 2020. Như vậy, theo phê duyệt của Thủ tướng Chính phủ, trên địa bàn tỉnh Khánh Hoà đến năm 2015 có 5 khu công nghiệp được thành lập theo quy định của Chính phủ, gồm: Khu công nghiệp Suối Dầu (huyện Cam Lâm), Khu công nghiệp Ninh Thuỷ (huyện Ninh Hòa), Khu công nghiệp Vạn Thắng (huyện Vạn Ninh), Khu công nghiệp Nam Cam Ranh và Khu công nghiệp Bắc Cam Ranh (thị xã Cam Ranh).
Bên cạnh đó còn có cụm công nghiệp vừa và nhỏ Đắc Lộc và khu kinh tế trọng điểm quốc gia Vân Phong.
Khu công nghiệp Suối Dầu:
Khu công nghiệp Suối Dầu được Thủ tướng Chính phủ ra Quyết định số 951/TTg ngày 11/11/1997 thành lập và phê duyệt Dự án đầu tư xây dựng và kinh doanh cơ sở hạ tầng Khu công nghiệp Suối Dầu, tỉnh Khánh Hoà. Chủ đầu tư là Công ty Thương mại và Đầu tư Khánh Hoà, quy mô khu công nghiệp theo dự án được duyệt là 152 ha. Lĩnh vực đầu tư đa nghành, như: sản xuất hàng may mặc, điện tử, linh kiện vận tải, lắp ráp xe máy ô tô, hàng thủ công mỹ nghệ cao cấp, chế biến thủy sản. Đến nay Khu công nghiệp Suối Dầu đã hoàn thiện cơ sở hạ tầng của giai đoạn I (78,17 ha) và thu hút đầu tư gần lấp đầy diện tích đất công nghiệp cho thuê với tỷ lệ 85%. Chủ đầu tư đang triển khai xây dựng cơ sở hạ tầng của giai đoạn II (phần diện tích còn lại) ; các hạng mục đã thực hiện là: Trạm xử lý nước sạch mở rộng, san nền kè đá, hệ thống cấp thoát nước (hệ thống thoát nước mưa, thoát nước
thải và cấp nước sạch); các hạng mục đang hoàn tất hồ sơ chuẩn bị thực hiện là: Trạm bơm nước thô số 2 và hệ thống đường giao thông.
Hệ thống cung cấp điện bao gồm lưới điện 110Kv quốc gia và nhà máy điện dự phòng , hệ thống cung cấp nước 10.000m3/ ngày và hệ thống xử lý nước thải có thể xử lý 5.000m3/ngày. Bên cạnh đó còn có mạng lưới viễn thông hiện đại đạt tiêu chuẩn quốc tế có thể đáp ứng nhu cầu của mọi nhà đầu tư.
Có vị trí thuận lợi nằm gần trục đường quốc lộ 1A, cách TP Nha Trang 25 km, cách Cảng biển Nha Trang 25 km, cách sân bay Cam Ranh 35 km, thuận tiện cho việc vận chuyển và đi lại, hệ thống giao thông bao gồm trục đường chính 24- 30m và đường nhánh.
Thời hạn thuê đất của khu công nghiệp đến hết năm 2048, bên cạnh đó khu vực này có lực lượng lao động địa phương dồi dào.
Khu công nghiệp Ninh Thủy:
UBND tỉnh Khánh Hòa đã ban hành Quyết định số 2627/QĐ-UB ngày 07/10/2004 thành lập Khu công nghiệp Ninh Thuỷ, huyện Ninh Hòa (với quy mô 206,4ha). Chủ đầu tư là Công ty TNHH Hoàn Cầu Nha Trang, hiện nay đang tiến hành xây dựng kết cấu hạ tầng. Lĩnh vực đầu tư đa nghành, như: sản xuất hóa chất, linh kiện thiết bị phục vụ ngành công nghiệp đóng tàu; Sản xuất vật liệu xây dựng, hàng trang trí nội ngoại thất; Dịch vụ.
Hiện tại khu công nghiệp đang trong giai đoạn thi công cơ sở hạ tầng nhằm phục vụ cho các doanh nghiệp.
Khu công nghiệp Vạn Thắng :
Khu công nghiệp này ở huyện Vạn Ninh đã có quy hoạch chi tiết với quy mô 144,42 ha và đã được UBND tỉnh Khánh Hoà phê duyệt theo Quyết định số 1626/QĐ-UBND ngày 12/8/2005. Lĩnh vực đầu tư đa nghành, như: Công nghiệp hóa dầu, công nghiệp vi sinh, sản xuất hóa chất, vật liêu xây dựng, chế biến thủy sản. Khu công nghiệp Vạn Thắng đang lựa chọn chủ đầu tư xây dựng và kinh doanh kết cấu hạ tầng khu công nghiệp.
Hiện tại khu công nghiệp Vạn Thắng đã có nhà đầu tư Hàn Quốc đăng ký làm chủ đầu tư và kinh doanh cơ sở hạ tầng vì khu công nghiệp này trực thuộc khu kinh tế Vân Phong nên đang chờ bộ kế hoạch đầu tư xem xét một số hạng mục của khu công nghiệp phải phù hợp với quy hoạch tổng thể của khu kinh tế.
Khu công nghiệp Bắc Cam Ranh:
Hiện tại đã được UBND tỉnh đồng ý quy hoạch khu công nghiệp dư kiến diện tích của khu công nghiệp là 150ha thuộc địa bàn hai xã Cam Phúc Bắc và Cam Phúc Nam của huyện Cam Ranh. Khu công nghiệp Bắc Cam Ranh vì đặc thù của địa hình nên lĩnh vực hoạt động chính là sản xuất các sản phẩm sử dụng ít nước và sử dụng nhiều lao động như may mặc và điện tử. Hiện nay khu công nghiệp đang tiến hành quy hoạch chi tiết và kêu gọi đầu tư.
Khu công nghiệp Nam Cam Ranh:
Khu công nghiệp Nam Cam Ranh có quy mô khoảng 233ha tại xã Cam Thịnh Đông vì lý do tài chính nên khu công nghiệp chưa được tiến hành quy hoạch và đầu tư.
Cụm công nghiệp Đắc Lộc:
Đây là cụm công nghiệp tập trung các doanh nghiệp vừa và nhỏ thuộc thôn Đắc Lộc – Vĩnh Phương – Nha Trang. Có diện tích 32ha với hệ thống cơ sở hạ tầng đầy đủ hệ thống giao thông thuận lợi về cả đường sắt đường bộ vì cụm công nghiệp nằm dọc theo tuyến đường quốc lộ 1A cách cảng Nha Trang 15km cách cảng Ba Ngòi 45km cách sân bay Cam Ranh 35km.
Ngành nghề quy hoạch sản xuất của khu công nghiệp là cơ khí, thủ công mỹ nghệ, công nghiệp điện tử điện gia dụng, sản xuất bao bì, các ngành chế biến thủy sản thức ăn chăn nuôi…
Thời gian thuê đất của cụm công nghiệp Đắc Lộc là 50 năm.
Khu kinh tế Vân Phong:
Nằm ở cực Đông của Việt Nam, cách hải phận quốc tế 14km, gần các tuyến hàng hải quốc tế (cách 130km), và nằm trên ngã ba đường hàng hải quốc tế tuyến Châu Âu-Bắc Á, Châu Úc-Đông Bắc Á và tuyến Manila-Panama hoặc
Sanfrancisco(Mỹ) hoặc Victoria (Canada). Vân Phong là vịnh lớn với 41.000 ha mặt nước, kín gió và không bị bồi lấp. Riêng Vũng Đầm Môn rộng 3.500ha, hoàn toàn kín gió với độ sâu 20m, có lạch Cửa Lớn có bề rộng hơn 950m, sâu trên 18m và lạch Cửa Bé rộng trên 700m, sâu hơn 27m. Phía sau vũng này là bán đảo Hòn Gốm rất thuận tiện cho phát triển cảng. Với điều kiện đó, Chính phủ đã phê duyệt quy hoạch và Ban hành Quyết định thành lập Khu kinh tế Vân Phong tỉnh Khánh Hòa theo Quyết định số 92/2006/QĐ-TTg ngày 25/4/2006 với diện tích 150.000ha trong đó khoảng 80.000ha mặt biển và 70.000ha đất liền, mục tiêu xây dựng và phát triển Khu kinh tế Vân Phong trở thành khu kinh tế tổng hợp, trong đó Cảng trung chuyển container quốc tế giữ vai trò chủ đạo, kết hợp phát triển công nghiệp, du lịch, dịch vụ, nuôi trồng hải sản và xây dựng các khu đô thị. Với tính chất này, Vân Phong là điểm động lực trong chiến lược phát triển Vùng kinh tế trọng điểm vùng Duyên Hải Nam Trung Bộ và được hưởng các chính sách ưu đãi đặc biệt cao nhất hiện nay.
Khu kinh tế Vân Phong cách 2 trung tâm lớn là thành phố Hồ Chí Minh khoảng 500 km và Hà Nội khoảng 1200 km; với vị trí thuận lợi và nhiều tiềm năng: có quốc lộ 1A, đường sắt xuyên Việt, có vịnh kín gió sâu trung bình 20-27 m, nằm gần đường hàng hải quốc tế là điều kiện lý tưởng để xây dựng cảng trung chuyển container quốc tế, cảng trung chuyển dầu. Ngoài ra khu vực vịnh Vân Phong còn có địa hình phong phú, hệ sinh thái đa dạng, hệ thống đảo, bán đảo có cảnh quang đẹp và hấp dẫn để phát triển thành khu du lịch có tầm cỡ quốc gia, quốc tế.
Khu kinh tế Vân Phong gồm có hai khu chức năng chính: khu phi thuế quan và khu thuế quan
− Khu phi thuế quan gồm: cảng trung chuyển container quốc tế, khu hậu cần cảng và trung tâm thương mại - tài chính.
− Khu thuế quan gồm: khu cảng trung chuyển dầu, cảng chuyên dùng, cảng tổng hợp, khu du lịch, khu công nghiệp, khu dân cư đô thị.
Khoảng cách từ Khu kinh tế Vân Phong đến: − Hà Nội: 1200 km;
− Tp Hồ Chí Minh: 500 km;
− Thành phố Nha Trang: trung bình 50 km; − Sân bay Cam Ranh: trung bình 80 km.
Những ưu đãi khi đầu tư vào khu kinh tế Vân Phong:
− Thuế suất Thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN) 10% trong 15 năm khi bắt đầu hoạt động kinh doanh; Riêng Dự án thuộc lĩnh vực công nghệ cao, thuế suất thuế TNDN 10% trong suốt thời gian thực hiện dự án.
− Miễn thuế TNDN 4 năm từ khi có thu nhập chịu thuế; giảm 50% cho 9 năm tiếp theo.
− Các cơ sở khi kinh doanh bị lỗ: được chuyển lỗ trừ vào thu nhập chịu thuế, thời gian chuyển lỗ không quá 5 năm.
− Giảm 50% thuế thu nhập đối với người có thu nhập cao.
− Miễn Thuế nhập khẩu (NK) 05 năm từ khi bắt đầu sản xuất đối với nguyên liệu sản xuất, vật tư, linh kiện và bán thành phẩm trong nước chưa sản xuất được.
− Miễn thuế NK thiết bị, máy móc, phương tiện vận tải tạo tài sản cố định, phương tiện đưa đón công nhân trong nước chưa sản xuất hoặc sản xuất chưa đáp ứng yêu cầu.
− Được hưởng ưu đãi về các loại thuế khác áp dụng đối với địa bàn có điều kiện kinh tế xã hội đặc biệt khó khăn.