- Ngoài việc thực hiện thanh tra theo kế hoạch cần kết hợp thêm nhiều hình thức thanh tra tại chỗ để khắc phục khiếm khuyết của từng hình thức thanh tra. Có thể phối hợp các hình thức thanh tra sau:
+ Thanh tra diện rộng: Đối với các TCTD để xảy ra sai phạm lớn, phức tạp cần thanh tra làm rõ để quyết định những vấn đề lớn liên quan đến TCTD đó hoặc thanh tra để nắm được tình hình hoạt động của TCTD, thanh tra để tổng kết, đánh giá việc thực hiện những chủ chương, chính sách lớn của Nhà nước, của ngành nhằm phục vụ cho công tác điều hành và quản lý vĩ mô, cần phải áp dụng hình thức thanh tra trên diện rộng. Hoạt động thanh tra này sẽ do Thanh tra NHTW tổ chức và chỉ đạo. Trên địa bàn tỉnh, Thanh tra chi nhánh cũng có thể tiến hành hình thức thanh tra này đối với một hệ thống ngân hàng hoặc thanh tra việc thực hiện một chủ trương, chính sách của Nhà nước đối với nhiều ngân hàng.
+ Thanh tra đột xuất: Khi có phát sinh đơn thư khiếu nại, tố cáo hoặc khi thanh tra NHNN nắm được thông tin về việc NHTM có phát sinh sai phạm liên quan đến các vấn đề về tiền tệ ngân hàng, Thanh tra NHNN có thể tiến hành thanh tra đột xuất, không thông báo trước cho đối tượng thanh tra để đảm bảo phát huy được hiệu quả của công tác thanh tra.
- Hoạt động thanh tra NHNN Chi nhánh tỉnh Điện Biên hiện nay chủ yếu dựa trên thanh tra tuân thủ. Hình thức thanh tra này có ưu điểm là làm rõ được các sai phạm và đảm bảo thực hiện nghiêm việc tuân thủ, chấp hành chính sách pháp luật. Tuy nhiên với loại hình hoạt động là các ngân hàng thì hình thức này lại bộc lộ nhiều hạn chế, bất cập. Thanh tra tuân thủ chủ yếu phát hiện các vi phạm pháp luật thực tế đã xảy ra và tập trung xử lý vi phạm mà không đánh giá được đầy đủ mức độ rủi ro, một đặc trưng gắn liền với hoạt động của TCTD. Bởi vậy, phương pháp thanh tra tuân thủ không còn thích hợp để có thể đảm bảo mục tiêu hoạt động hiệu quả và an toàn của hệ thống ngân hàng.
Thanh tra trên cơ sở rủi ro là một phương pháp thanh tra mà trong đó thanh tra phải phân tích những hoạt động kinh doanh của ngân hàng, xác định những rủi
ro trong mỗi hoạt động kinh doanh; phải điều tra tổ chức, cơ cấu kiểm soát của ngân hàng, quyết định các nguồn lực giám sát nên hướng tới đâu; trên cơ sở giám sát rủi ro thanh tra, giám sát ngân hàng xác định khi nào một ngân hàng nên được thanh tra, những lĩnh vực nào cần sự chú ý thanh tra, giám sát nhiều nhất. Khi thực hiện thanh tra trên cơ sở rủi ro, thanh tra NHNN có khả năng đánh giá tốt hơn năng lực quản lý của NHTM, tính chất phức tạp của hoạt động kinh doanh và những rủi ro mà NHTM gặp phải, tập trung tối đa nguồn lực để giải quyết các lĩnh vực có rủi ro cao nhất, làm lành mạnh hóa hoạt động của NHTM, góp phần ổn định hệ thống các NHTM. Với xu thế hội nhập thì quy mô hoạt động của các ngân hàng ngày càng lớn vì vậy cần sớm áp dụng phương pháp thanh tra trên cơ sở rủi ro. Tuy nhiên khi tiến hành thanh tra hoạt động các NHTM không phải là bỏ qua phương pháp thanh tra tuân thủ mà ta sử dụng kết hợp cả hai phương pháp thanh tra trên. Trong đó phương pháp thanh tra trên cơ sở rủi ro được sử dụng làm phương pháp chính, kết quả của nó sẽ là căn cứ để thực hiện phương pháp thanh tra tuân thủ cho bước tiếp theo của cuộc thanh tra.
- Cần có sự phối hợp chặt chẽ giữa giám sát từ xa và thanh tra tại chỗ. Giám sát từ xa được xem như công cụ chỉ điểm cho hoạt động thanh tra tại chỗ, báo cáo giám sát từ xa sẽ kiến nghị những nội dung mà thanh tra tại chỗ cần tập trung làm rõ, giúp cho quá trình thanh tra tại chỗ có trọng tâm, trọng điểm, tránh bị dàn trải. Để giám sát từ xa phát huy được vai trò của mình NHNN Chi nhánh Điện Biên cần bố trí cán bộ chuyên biệt làm công tác giám sát thường xuyên các NHTM, xây dựng được hệ thống chỉ tiêu đánh giá rủi ro dành cho chi nhánh NHTM vì hiện nay hệ thống chỉ tiêu đó chỉ dành cho việc đánh giá rủi ro của Hội sở chính nên hiệu quả việc đánh giá chưa cao.