Đối với một nền kinh tế, một hệ thống tài chính ngân hàng, nợ xấu phát sinh tập trung chủ yếu vào các nguyên nhân sau:
Nguyên nhân khách quan
Môi trường kinh tế
Các hoạt động sản xuất kinh doanh luôn phải chịu tác động trực tiếp hay gián tiếp của môi trường kinh tế xã hội như: sự thay đổi về cơ chế lãi suất, tỷ giá, chính sách xuất nhập khẩu, hàng tiêu dùng, các cuộc khủng hoàng kinh tế thế giới và khu vực v.v…. Nếu một nền kinh tế tăng trưởng lành mạnh, tiềm năng sản xuất và tiêu dùng của xã hội lớn thì hoạt động sản xuất kinh doanh có điều kiện tốt để phát triển. Nhưng trong một nền kinh tế bị khủng hoảng, tỷ lệ lạm phát cao, đầu tư giảm sút, sản xuất bị đình trệ, thu nhập của mọi thành viên trong xã hội đều giảm dẫn đến tình trạng mất khả năng thanh toán các khoản nợ vay và gây tác động xấu đến khả năng thu hồi vốn của Ngân hàng.
Bên cạnh đó, những chính sách không hiệu quả hoặc nhà nước thay đổi chính sách tác động đến một số ngành, một số doanh nghiệp sẽ làm ảnh hưởng đến khả năng sản xuất kinh doanh và khả năng trả nợ của các doanh nghiệp, tổ chức, cá nhân tại NHTM. Như chính sách đóng cửa rừng những năm cuối thập niên 90 đã ảnh hưởng không ít đến một số doanh nghiệp hoạt động kinh doanh trong lĩnh vực chế biến lâm sản. Chính sách xây dựng các nhà máy đường, chính sách dữ trữ cà phê... Sự thay đổi hoặc áp dụng các chính sách không hiệu quả nhiều khi gây ra những khối lượng nợ xấu rất lớn cho các ngân hàng. Điều này cũng thường xảy ra đối với các nền kinh tế chuyển đổi. Vì quá trình vừa làm vừa rút kinh nghiệm không tránh khỏi những điều bất hợp lý mà không thể lường đoán trước được.
Môi trường pháp lý
Trong hoạt động ngân hàng đặc biệt là hoạt động tín dụng luôn tiềm ẩn rất nhiều rủi ro, vì vậy để giảm thiểu rủi ro thì cần sự hậu thuẫn của hệ thống pháp luật. Thật vậy nếu một hệ thống pháp luật đồng bộ và hoàn thiện sẽ tạo tiền đề cho hoạt
động của hệ thống ngân hàng được an toàn và lành mạnh. Còn ngược lại, nếu hệ thống pháp luật không đồng bộ, thiếu tính khả thi thì hoạt động của hệ thống ngân hàng tiềm ẩn rất nhiều rủi ro.
Đối với Việt Nam, mặc dù trong những năm qua chúng ta rất chú ý đến việc xây dựng và hoàn thiện hệ thống pháp luật, tuy nhiên thực tế hệ thống pháp luật quốc gia với các bộ luật và văn bản dưới luật vẫn chưa được đồng bộ, tính khả thi chưa cao là một trong những nguyên nhân quan trọng góp phần gây ra nợ xấu. Bên cạnh đó, một số các cơ chế chính sách về xử lý tài sản còn bất cập dẫn đến khó khăn trong việc xử lý tranh chấp về tài sản đảm bảo của các TCTD.
Tình hình kinh doanh của khách hàng
Các doanh nghiệp hoạt động kém hiệu quả, thua lỗ kéo dài dẫn đến việc không hoàn trả được các khoản công nợ, nhất là các khoản nợ vay của ngân hàng. Mặc khác, năng lực điều hành, quản lý kinh doanh của chủ doanh nghiệp vay vốn yếu kém cũng làm ảnh hưởng đến hiệu quả kinh doanh từ đó ảnh hưởng đến khả năng trả nợ ngân hàng.
Đạo đức khách hàng
Một số doanh nghiệp cố ý cung cấp không chính xác số liệu tài chính, gây sai lệch trong việc thẩm định và cấp tín dụng dẫn đến việc thu hồi nợ của ngân hàng gặp nhiều khó khăn. Bên cạnh đó, nhiều doanh nghiệp sử dụng vốn vay không đúng mục đích để kiếm lời, lợi dụng kẽ hở của pháp luật để tính toán, lừa đảo và không có ý định trả nợ cho ngân hàng.
Nguyên nhân chủ quan
Tình hình nợ xấu hiện nay có một phần lớn nguyên nhân đến từ sự yếu kém của nội bộ ngân hàng, tổ chức tín dụng, như:
Chính sách tín dụng
Việc tăng trưởng nóng tín dụng là một trong những nguyên nhân dẫn đến tình hình nợ xấu tăng cao. Để đạt được được kế hoạch kinh doanh, thu hút khách
hàng và chiếm lĩnh thị trường, một số ngân hàng đã tìm cách thúc đẩy tín dụng bằng việc nới lỏng tiêu chuẩn cho vay, bỏ qua một số bước trong quy trình tín dụng, cùng với cơ chế cho vay được đơn giản hóa đã dẫn đến tiềm ẩn nguy cơ rủi ro cho hoạt động ngân hàng.
Quản trị rủi ro
Hiện nay, công tác tổ chức, kiểm tra, kiểm soát của các NHTM còn lỏng lẻo dẫn đến việc phát hiện và xử lý những trường hợp vi phạm trong hoạt động cho vay không kịp thời. Bên cạnh đó, việc xếp hạng tín dụng nội bộ khách hàng của các TCTD còn mang tính chất chủ quan, cũng như chưa xây dựng được thước đo lượng hóa rủi ro nên dẫn đến quyết định cho vay, phân loại nợ chưa chính xác và nợ xấu phát sinh là điều tất yếu.
Chất lượng cán bộ ngân hàng
Cán bộ tín dụng là người trực tiếp giao dịch, nắm bắt được các đặc điểm của khách hàng cũng như chất lượng khoản vay, vì vậy đòi hỏi cán bộ phải có kiến thức, kinh nghiệm làm việc, kỹ năng phân tích cũng như dự báo. Tuy nhiên, thực tế tại các NHTM vẫn còn tồn tại nhiều cán bộ có trình độ chuyên môn kém, không đánh giá được hết rủi ro liên quan đến khoản vay dẫn đến quyết định cho vay sai lầm, bên cạnh đó nhiều cán bộ bị tha hóa về đạo đức, câu kết với khách hàng che dấu sự thật, gian lận, cố ý làm sai quy định của Ngân hàng Nhà nước, Ngân hàng Thương mại và nguy cơ phát sinh nợ xấu rất cao.