Về cơ sở vật chất, trang thiết bị của các trung tâm cũng chưa thật ựảm bảo, nhiều trung tâm mặt bằng còn hạn chế, bãi ựỗ xe có diện tắch nhỏ dẫn ựến sự di chuyển của phương tiện trong sân bãi rất khó khăn. Nhà kiểm ựịnh của một số trung tâm có chiều dài quá ngắn dẫn ựến việc nhiều công ựoạn kiểm ựịnh phải bố trắ tại một vị trắ, các ựăng kiểm viên phải chờ nhau ảnh hưởng ựến năng suất và thời gian kiểm ựịnh. Nhiều trung tâm xe chờ kiểm ựịnh ựỗ ra cả ngoài ựường gây cản trở giao thông, có trung tâm bố trắ chưa hợp lý dẫn ựến sự ra vào kiểm ựịnh của phương tiện rất khó khăn nhất là các loại phương tiện lớn như rơ moóc, sơ mi rơ moóc, xe công ten nơẦ Phòng chờ kiểm ựịnh nhiều trung tâm còn chật chội, gây khó khăn cho lái xe, chủ phương tiện. Trang thiết bị, phần mềm kiểm ựịnh của nhiều trung tâm vẫn chưa ựược nâng cấp kịp thờị Nhiều trung tâm có trang thiết bị kiểm ựịnh ựược nâng cấp nhưng chưa ựồng bộ dẫn ựến hiện tượng hay bị sự cố, kiểm ựịnh phải dừng lại ựể khắc phục làm cho thời gian kiểm ựịnh phương tiện tăng lên.
Chất lượng kiểm ựịnh chưa ựồng ựều giữa các TTđK, vẫn còn hiện tượng kiểm ựịnh không ựúng theo quy trình, tiêu chuẩn, bỏ sót công ựoạn kiểm ựịnh, chủ yếu là các công ựoạn kiểm ựịnh bằng thủ công, hạ thấp tiêu chuẩn dẫn ựến còn một số phương tiện cũ nát, vỏ bệ kém, chất lượng không ựảm bảo vẫn ựược phép lưu
thông trên ựường. Hiện tượng phương tiện không ựạt ở trung tâm này, không khắc phục các lỗi kỹ thuật nhưng ựến trung tâm khác kiểm ựịnh lại ựạt tiêu chuẩn vẫn xảy rạ Thậm chắ có hiện tượng phương tiện không kiểm ựịnh nhưng dùng phương tiện khác thay thế vẫn ựược cấp giấy chứng nhận an toàn kỹ thuật và bảo vệ môi trường cùng với tem kiểm ựịnh.
Trong quá trình kiểm ựịnh vẫn còn hiện tượng dùng tác ựộng của con người vào các thiết bị kiểm ựịnh ựể làm sai lệch kết quả kiểm ựịnh, phần lớn là các phương tiện không ựạt tiêu chuẩn trở thành ựạt. Cá biệt vẫn có hiện tượng gây khó khăn cho lái xe, chủ phương tiện nhằm mục ựắch vụ lợi bằng cách tác ựộng vào thiết bị hoặc kiểm ựịnh không ựúng theo quy trình dẫn ựến phương tiện ựáng ra là ựạt tiêu chuẩn lại trở thành không ựạt tiêu chuẩn.
Về thời gian kiểm ựịnh, có trường hợp kéo dài, nhất là những phương tiện kiểm ựịnh lần ựầu ựể cấp sổ kiểm ựịnh làm cho lái xe, chủ phương tiện không hài lòng. Cũng có trường hợp bỏ sót nhiều công ựoạn kiểm ựịnh dẫn ựến thời gian kiểm ựịnh một phương tiện quá ngắn, có trường hợp thời gian kiểm ựịnh chưa ựến 10 phút, không chỉ ra ựược các khiếm khuyết cần khắc phục của phương tiện.
Trong quy trình kiểm ựịnh vẫn còn nhiều công ựoạn kiểm ựịnh bằng thủ công phụ thuộc vào trình ựộ chuyên môn, năng lực và phẩm chất ựạo ựức của cán bộ ựăng kiểm. Những hành vi tiêu cực của cán bộ ựăng kiểm ựã làm ảnh hưởng ựến chất lượng an toàn kỹ thuật và bảo vệ môi trường xe cơ giới tham gia giao thông, làm giảm uy tắn hoạt ựộng kiểm ựịnh xe cơ giớị
Một số ựăng kiểm viên, nhân viên nghiệp vụ có những ứng xử không tốt với lái xe, chủ phương tiện ựã bị các lái xe, chủ phương tiện phản ánh lên lãnh ựạo Cục đăng kiểm Việt Nam.
Theo bảng ựánh giá tổng hợp các thành phần chất lượng dịch vụ, tất cả các thành phần chất lượng dịch vụ ựều ựược lái xe, chủ phương tiện ựánh giá ở mức ựạt yêu cầu, không có thành phần nào ựược ựánh giá tốt hoặc rất tốt. điểm bình quân một khoản mục của sự thấu cảm chỉ ựạt 3,10 ựiểm chứng tỏ rằng cán bộ ựăng kiểm chưa nhiệt tình, chưa hiểu ựược nhu cầu, chưa chú ý quan tâm, ựáp ứng yêu cầu chắnh ựáng của lái xe, chủ phương tiện.