Cấu trúc tầng thứ là sự phân bố và sắp xếp của các thành phần quần xã thực vật theo chiều thẳng đứng và chiều nằm ngang. Cấu trúc rừng không chỉ phản ánh quan hệ giữa các loài cây với nhau mà còn giữa cây rừng với các nhân tố sinh thái. Việc nghiên cứu cấu trúc quần xã giúp chúng ta biết được sự phân bố của các loài cây theo chiều đứng và ngang, sự hình thành tầng thứ và sự dao động của các loài cây theo mùa, kết cấu mật độ và mạng hình phân bố của cây rừng trên mặt đất, quan hệ của thảm thực vật với môi trường,... để có biện pháp lâm sinh thích hợp tác động giúp rừng phát triển theo hướng mong muốn. Tác giả sử dụng phương pháp vẽ trắc đồ của rừng do Richards P.W và David T.A.W (1952) để biểu thị cấu trúc tầng thứ trong không gian rừng (tỷ lệ 1/200) tại KVNC (phụ lục 6).
Phân tích kết quả nghiên cứu tại 3 OTC kết cấu rừng chia làm 3 tầng rõ rệt: Tầng vượt tán (A1): là tầng trên cùng theo cấu trúc không gian thẳng đứng, được hình thành từ những loài cây gỗ có chiều cao vượt trội > 22 m gồm các loài cây gỗ lớn, ưa sáng, vượt lên khỏi tầng tán chính của rừng. Các loài đại diện cho tầng tán này bao gồm 4 loài với 5 cá thể ở OTC 1 gồm: Gõ mật (02 cá thể), Cẩm lai, Dầu rái, Bằng lăng ổi mỗi loài 1 cá thể; 05 loài, 06 cá thể ở OTC 2 gồm: Gõ đỏ, Gõ mật, Kháo cuống mây, Chè lá dày mỗi loài 1 cá thể, Bằng lăng 02 cá thể; 03 loài với 03 cá thể ở OTC 3: Gõ mật, Gội tẻ, Vên vên.
Từ kết quả nghiên cứu nhận thấy ở cả 3 OTC Gõ mật đều nằm ở tầng vượt tán chiếm tới 04 cá thể trên tổng số 15 cá thể với 8 loài /3 OTC. Điều đó cho thấy loài Gõ mật là loài ưa sáng và có khả năng thích nghi ở tầng vượt tán, đồng thời cũng cho thấy vai trò sinh thái quan trọng của loài này trong cấu trúc tầng thứ tại KVNC.
Tầng ưu thế sinh thái (A2): Đây là tầng tạo ra tầng tán chính của của rừng có chiều cao từ 13-22. Kết quả nghiên cứu cho thấy, tầng tán chính tại những nơi có loài Gõ mật phân bố chủ yếu xuất hiện các loài: Bằng lăng, Chiêu liêu nghệ, Máu chó lá nhỏ, Nhọc lá bóng, Trôm sảnh, Vảy ốc, Vỏ rộp ở OTC 1; Xoài rừng, Kháo cuống mây, Nhọc lá bóng, Nhọc vàng, Chè lá dày, Nhọc lá nhỏ ở OTC 2; Lôi, Gáo, Gõ mật, Bằng lăng, Bưởi bung, Bình linh, Sao đen, Trâm tía, Nhọc ở OTC3. Ở đây
Gõ mật có tham gia tại OTC 3, tuy nhiên số cá thể rất ít, điều này chứng tỏ vai trò của nó tại tầng này không rõ ràng so với tầng vượt tán.
Tầng dưới tán (A3): Tầng này chủ yếu xuất hiện các loài Mé cò ke, Bình linh, Cuốm vàng, Nhọc ở OTC 1; Nhọc, Lòng mang, Cọc rào ở OTC 2; Thôi ba, Nhọc, Thẩu tấu, Bình linh, rành rành núi, Cám, Mò lông, Bằng lăng ở OTC 3, có chiều cao biến động từ 6,0 m đến dưới 13 m. Ở tầng này không xuất hiện cá thể Gõ mật nào ở cả 3OTC tại KVNC.
Chiều cao bình quân ở 3 OTC có loài Gõ mật phân bố là 18,13 m, chiều cao giới hạn ở 3 OTC từ 6,0 m - 41 m. Trong đó, chiều cao loài Gõ mật từ 15 m - 41 m, tính bình quân là 23,2 m điều này cho thấy Gõ mật là cây gỗ lớn có chiều cao nằm ở tầng vượt tán. Tuy nhiên do Gõ mật phân bố rải rác, cá thể Gõ mật tại đây còn rất ít, ở OTC 1 và OTC 2 chỉ có 01 cá thể, OTC 3 có 3 cá thể Gõ mật tồn tại và phát triển mặc dù tái sinh tự nhiên rất tốt tuy nhiên số cá thể tái sinh triển vọng để thay thế cá thể cây mẹ vẫn còn hạn chế. Vì vậy chúng ta cần phải bảo vệ, bảo tồn tốt hơn nữa loài cây quý hiếm này, đồng thời phải gây trồng, xúc tiến tái sinh ở những khu vực được phép tác động.