Thực tế quản lý và khai thác du lịch sinh thái tại VQG Ba Vì đã hướng tới bền vững nhưng so với tiềm năng của VQG thì chưa tương xứng cả về mặt kinh tế, xã hội và môi trường do:
- Mặc dù đã làm du lịch trong thời gian dài, nhưng đơn vị chưa có quy hoạch tổng thể trong khu du lịch, dẫn đến tình trạng đầu tư chắp vá, không đồng bộ.
Nhược điểm này làm cho hiệu quả kinh doanh thấp
- Mô hình tổ chức quản lý chưa quan tâm đúng mức đến việc kinh doanh DLST do vậy hoạt động du lịch của vườn mới tập trung vào việc đón khách tại chỗ mà chưa quảng thu hút khách.
- VQG chưa xây dựng được mô hình phát triển du lịch sinh thái bền vững. Chưa có cơ chế phối hợp tổ chức quản lý, khai thác và chia sẻ lợi ích với cộng đồng dân cư và các doanh nghiệp du lịch.
- Đội ngũ lao động chưa được tuyển chọn kỹ, cán bộ quản lý chưa được đào tạo chuyên ngành du lịch, trình độ chuyên môn, nghiệp vụ của nhân viên còn thấp và chưa đồng đều.
- Việc tuyên truyền và giáo dục bảo vệ tài nguyên và môi trường chưa đạt hiệu quả cao. Du khách còn để dấu ấn qua các vết khắc đẽo trên cành cây, trong hang động, phá hủy thảm thực vật cạnh đường đi, bắt động vật như bướm, chim, thu nhặt các sản phẩm rừng như hoa Phong lan, nấm, cây cảnh.
- Ô nhiễm tiếng ồn, khói thải từ động cơ xe máy, xe ô tô của khách du lịch, ảnh hưởng không nhỏ tới tập tính sinh hoạt của một số loài động vật hoang dã.