Thực tế cho thấy phát triển du lịch thường đi kèm tác động tiêu cực đến môi trường. Rủi ro thường xảy ra khi tài nguyên thiên nhiên được đưa vào phục vụ du khách ngày càng nhiều nhưng việc quản lý lại không chặt chẽ. Điều này xảy ra có thể gây tác hại thậm chí còn phá hoại môi trường. Phát triển du lịch đồng nghĩa với việc làm gia tăng lượng khách du lịch tới điểm tham quan, tăng cường phát triển cơ sở hạ tầng, dịch vụ và gia tăng nhu cầu sử dụng tài nguyên. Từ đó dẫn đến sự gia tăng áp lực đến môi trường, tạo sức ép lớn đến khả năng đáp ứng của tài nguyên, gây ô nhiễm cục bộ và nguy cơ suy thoái lâu dài. Do vậy để phát triển bền vững phải lồng ghép các yêu cầu và giải pháp về bảo vệ môi trường, ngay từ khâu lập quy hoạch, xây dựng các chiến lược phát triển lâu dài. Thực tế chỉ ra rằng việc bảo vệ môi trường là công việc được làm một cách thường xuyên với sự giúp đỡ của nhiều đối
tượng: đó là du khách, đó là các nhân viên, đó là những nhà quản lý thậm chí đó chỉ là một người dân bình thường nhưng có ý thức mà thôi.
Cũng như các VQG khác và các địa điểm du lịch khác trên đất nước, VQG Ba Vì cũng đang phải đối mặt với các vấn đề về môi trường. Hiện tại lượng khách đến VQG Ba Vì chưa đến mức quá tải như những VQG khác như VQG Cúc Phương, Bạch Mã, Ba Bể . . .
Do vậy nhiều áp lực lên môi trường tại đây cũng giảm nhẹ hơn so với các nơi khác như vấn đề về rác thải, sự tác động đến môi trường sống của những loài động vật hoang dã, đến đa dạng sinh học. Nhưng chính vì do tác động đến môi trường chưa lớn như thế lại làm cho các nhà quản lý lơi lỏng, không quan tâm nhiều đến vấn đề này. Nếu tình trạng thiếu định hướng và các giải pháp có tính chiến lược sẽ dần dần gây ô nhiễm mạnh và nguy cơ suy thoái trầm trọng. Đến lúc đó chắc chắn sự khắc phục là vô cùng khó khăn. Có thể sự việc đó thế hệ hiện tại không phải chứng kiến nhưng nó sẽ để lại những hậu quả nguy hại cho thế hệ mai sau.
Để tránh những giảm thiểu tác động đến môi trường sinh thái tại VQG Ba Vì cần áp dụng đồng bộ biện pháp quản lý, giải pháp kỹ thuật, biện pháp giáo dục nâng cao nhận thức và tăng cường hiệu lực pháp luật.