Liên quan đến cấu trúc vốn của DN còn có lý thuyết về chi phí đại diện. Đƣợc giới thiệu vào năm 1976, Jensen và Meckling đã chỉ ra hai loại mâu thuẫn cơ bản trong DN đó là mâu thuẫn giữa nhà quản trị và cổ đông và mâu thuẫn giữa cổ đông với chủ nợ. Cụ thể:
Giữa nhà quản trị và cổ đông tồn tại mẫu thuẫn về lợi ích. Trong khi cổ đông muốn tối đa hóa giá trị tài sản của mình thì nhà quản lý chỉ quan tâm đến những lợi ích của bản thân họ. Điều này làm cho những nhà quản lý có xu hƣớng đầu tƣ cả vào những dự án kém hiệu quả khi DN có dòng tiền tự do cao. Để giải quyết vấn đề này, nghiên cứu của Jensen (1986) đã chỉ ra rằng việc gia tăng nợ hoặc tăng tỷ lệ chi trả cổ tức có thể kiểm soát đƣợc việc đầu tƣ vào những dự án kém hiệu quả của các nhà quản lý. Nguyên nhân là do khi sử dụng nợ, dòng tiền trả nợ gốc và lãi sẽ làm giảm đi dòng tiền tự do của DN. Trong trƣờng hợp gia tăng tỷ lệ trả cổ tức thì các cổ đông sẽ tăng đƣợc lợi ích cũng nhƣ giảm đƣợc sự lãng phí dòng tiền DN từ phía nhà quản lý.
Chi phí đại diện xuất phát do phát sinh xung đột lợi ích giữa chủ nợ và cổ đông nguyên nhân là do nhà quản trị có thể thực hiện một số hành động có lợi đối với cổ đông nhƣng ảnh hƣởng đến lợi ích của chủ nợ. Điều này có thể hiểu là khi các nhà quản trị chấp nhận thực hiện những dự án có mức độ rủi ro cao kèm lợi nhuận lớn, trong trƣờng hợp thành công phần lớn lợi ích do cổ đông hƣởng, nhƣng nếu thất bại các chủ nợ sẽ là ngƣời thiệt hại nhiều nhất. Do đó, để bảo vệ mình, các chủ nợ thƣờng tăng lãi suất cho vay cũng nhƣ áp dụng một số điều kiện chặt chẽ khi cấp tín dụng. Nhƣ vậy nó sẽ ảnh hƣởng đến WACC cũng nhƣ giá trị của DN.