Hệ thống tổ chức quản lý nhà nước về tài nguyên nước đã được xây dựng và ngày càng hoàn thiện từ trung ương đến địa phương.
Ở cấp Trung ương: Bộ Tài nguyên và Môi trường được giao trách nhiệm quản lý thống nhất về tài nguyên nước, môi trường nước, một số Bộ, ngành khác được giao trách nhiệm quản lý, khai thác và sử dụng nước theo mục tiêu phát triển của ngành. Có thể nêu một số dẫn chứng điển hình như: Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn quản lý các công trình thủy lợi, đê điều, quản lý nước dùng cho nuôi trồng và chế biến thủy sản, tưới tiêu, phòng chống lụt bão…; Bộ Công thương thực hiện quản lý quy hoạch, xây dựng các dự án thủy điện, quản lý việc vận hành khai thác các công trình thủy điện; Bộ Xây dựng quản lý các công trình công cộng đô thị, thiết kế và xây dựng các công tình cấp thoát nước đô thị; Bộ Giao thông vận tải quản lý và phát triển giao thông đường thủy, quản lý công trình thủy và hệ thống cảng; Bộ Tài chính xây dựng các chính sách về thuế và phí đối với môi trường nước…Tham mưu cho Bộ Tài nguyên và Môi trường thực hiện các chức năng quản lý tài nguyên nước là Tổng cục Môi trường và Cục Quản lý Tài nguyên nước. Hai đơn vị này được phân công chịu trách nhiệm xây dựng và trình ban hành các văn bản quy phạm pháp luật, cơ chế chính sách trong lĩnh vực tài nguyên nước, chiến lược quy hoạch phát triển tài nguyên nước, giám sát việc khai thác, sử dụng tài
nguyên nước, xây dụng chương tình thực hiên các đề án quản lý tài nguyên nước… Cục Quản lý tài nguyên nước được giao nhiệm vụ quản lý tài nguyên nước nói chung. Tuy nhiên, các ngành khác cũng được giao nhiệm vụ quản lý và khai thác hồ theo mục tiêu phát triển của ngành, Tổng Cục thủy lợi thuộc Bộ Nông Nghiệp và phát triển nông thôn được giao nhiệm vụ quản lý, khai thác nước vào mục đích tưới tiêu và quản lý việc nuôi trồng thủy sản trong lòng hồ, Bộ xây dựng quản lý hoạt động cấp nước sinh hoạt.
Ở cấp địa phương: các Sở Tài nguyên và Môi trường cũng từng bước kiện toàn bộ máy quản lý. Sở Tài nguyên và Môi trường đã được thành lập tại tất cả 63 tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương với các đơn vị chuyên trách trực thuộc để thực hiện nhiệm vụ quản lý tài nguyên nước trên địa bàn, công tác đào tạo và tăng cường nguồn nhân lực về quản lý tài nguyên nước luôn được quan tâm, coi trọng và được thực hiện đồng bộ ở tất cả các cấp.
Tại tỉnh Điện Biên: Về Chức năng nhiệm vụ: Sở Tài nguyên và Môi trường tỉnh Điện Biên được thành lập theo Quyết định số 63/QĐ-UB của UBND tỉnh Lai Châu (cũ) ngày 01/10/2003. Là cơ quan chuyên môn thuộc Ủy ban nhân dân tỉnh, có chức năng tham mưu, giúp Ủy ban nhân dân tỉnh thực hiện chức năng quản lý nhà nước về lĩnh vực Tài nguyên và Môi trường, bao gồm: đất đai, tài nguyên nước, tài nguyên khoáng sản, địa chất, môi trường, khí tượng thủy văn, đo đạc và bản đồ, Khí tượng thủy văn và biến đổi khí hậu; thực hiện các dịch vụ công trong các lĩnh vực thuộc phạm vi quản lý của Sở.
Về Cơ cấu tổ chức bộ máy của Sở Tài nguyên và Môi trường tỉnh Điện Biên: Lãnh đạo Sở Tài nguyên và Môi trường tỉnh Điện Biên: Lãnh đạo Sở Tài nguyên và Môi trường có 01 Giám đốc và 03 Phó Giám đốc. Các tổ chức chuyên môn, nghiệp vụ thuộc Sở: Các phòng chuyên môn nghiệp vụ thuộc sở gồm có: Văn phòng Sở, Thanh tra sở, Phòng Đo đạc bản đồ và viễn Thám, Phòng Tài nguyên nước, Khí tượng thủy văn và biến đổi khí hậu, Phòng Khoáng sản.
Chi cục bảo vệ môi trường.
Các Đơn vị sự nghiệp thuộc Sở: Văn phòng đăng ký đất đai, Trung tâm phát triển quỹ đất, Trung tâm Công nghệ thông tin, Trung tâm kỹ thuật Tài nguyên và Môi trường; Trung tâm quan trắc Tài nguyên và Môi trường, Quỹ bảo vệ môi trường.
Theo đó trực thuộc Sở Tài nguyên Môi trường có ba đơn vị có chức năng nhiệm vụ bảo vệ môi trường nước và quản lý tài nguyên nước, bao gồm: Chi cục Bảo vệ môi trường - là đơn vị giúp Sở thực hiện chức năng quản lý nhà nước về môi trường; Phòng Tài nguyên Nước, Khí tượng thủy văn và Biến đổi khí hậu giúp Sở thực hiện chức năng quản lý nhà nước về tài nguyên nước và Trung tâm quan trắc môi trường - là đơn vị thực hiện công tác quan trắc, giám sát chất lượng môi trường của địa phương, trong đó có môi trường nước.