Quản lý nhà nước đối với tài nguyên nước tại Việt Nam được tiến hành dựa trên các nguyên tắc cụ thể:
Thứ nhất: Tài nguyên nước thuộc sỡ hữu toàn dân do Nhà nước đại diện chủ sở hữu thống nhất quản lý.
Nguyên tắc này được ghi nhận tại Điều 53 Hiến pháp năm 2013, cụ thể: “Đất đai, tài nguyên nước…thuộc sỡ hữu toàn dân do Nhà nước đại diện chủ sở hữu và thống nhất quản lý”. Xuất phát từ lập trường “Tất cả quyền lực thuộc về nhân dân” thì nhân dân phải là chủ sở hữu các tài sản của quốc gia, Tài nguyên nước cũng như tài nguyên đất đai phải thuộc sở hữu chung của toàn dân và được sử dụng cho mục đích chung của dân tộc, của nhân dân. Nguyên tắc này được thể hiện xuyên suốt trong hệ thống văn bản pháp luật về quản lý tài nguyên nước.
Từ đó, các quyền và nghĩa vụ của các tổ chức, cá nhân khai thác, sử dụng tài nguyên nước được Nhà nước phân công và phân cấp rõ ràng nhằm điều hòa, phân bổ tài nguyên nước nhằm đảm bảo quyền và lợi ích hợp pháp của các chủ thể trong quá trình khai thác, sử dụng và tác động đến tài nguyên nước, quy hoạch sông, quy định những biện pháp bảo vệ tài nguyên nước và những nội dung khác. Cần phân tích ở đây là sở hữu chung nhưng sử dụng và quản lý tài nguyên nước theo một cơ chế cụ thể nhằm có thể đạt được hiệu quả và công bằng đối với mọi người dân.
Thứ hai: Quản lý tài nguyên nước phải đảm bảo kết hợp chặt chẽ với các nguồn tài nguyên thiên nhiên khác.
Tài nguyên nước và các loại tài nguyên khác có mối quan hệ rất thống nhất trong thiên nhiên như tài nguyên rừng, tài nguyên khoáng sản, tài nguyên đất đai… Ảnh hưởng đến tài nguyên nước sẽ làm ảnh hưởng đến các loại tài nguyên có liên
quan bởi vì đó là một thể thống nhất. Vì vậy trong hệ thống quản lý phải có sự kết hợp chặt chẽ giữa cơ quan quản lý tài nguyên nước với các cơ quan quản lý các loại tài nguyên khác.
Hiện nay, để quản lý tài nguyên nước hiệu quả, Quốc hội và các cơ quan chức năng đã thành lập những cơ quan chức năng chuyên môn để quản lý hệ thống tài nguyên nước, những cơ quan này thường quản lý chung về các lĩnh vực tài nguyên thiên nhiên, điều chỉnh những hoạt động liên quan đến hệ thống tài nguyên chung của cả nước nên sẽ đảm bảo cho nguyên tắc này được thực hiện hiệu quả. Bên cạnh đó, các cấp ban ngành đòi hỏi cũng phải phối hợp lẫn nhau để hệ thống quản lý được hiệu quả và chất lượng đối với tài nguyên nước.
Thứ ba: Quản lý tài nguyên nước theo lưu vực sông kết hợp với quản lý theo địa giới hành chính
Nước là một tài nguyên thiết yếu và quan trọng bậc nhất của hoạt động sinh hoạt, sản xuất của con người. Việc sử dụng nước có mối quan hệ mật thiết với sử dụng đất và ảnh hưởng đến hệ sinh thái lưu vực nên quản lý theo lưu vực sông sẽ giúp cho sử dụng bà và bảo vệ tốt hơn tài nguyên đất và môi trường lưu vực, quản lý và giảm nhẹ các tác động tiêu cực của các hoạt động phát triển kinh tế, xã hội của con người tới môi trường sống. “Lưu vực sông là vùng đất mà trong phạm vi đó, nước mặt, nước dưới đất chảy tự nhiên vào sông và thoát ra một cửa chung hoặc thoát ra biển”, lưu vực sông có thể là lưu vực sông liên tỉnh hoặc lưu vực sông nội tỉnh.
Quản lý tài nguyên nước theo địa giới hành chính là phương thức truyền thống vẫn phổ biến trên thế giới thời gian gần đây và tồn tại cho đến ngày nay. Nhiệm vụ quản lý tài nguyên nước thuộc trách nhiệm của các cơ quan từ trung ương đến địa phương, tuy nhiên để phát triển bền vững, tại Điều 3 Luật Tài nguyên nước 2012 đã quy định: “Việc quản lý tài nguyên nước phải bảo đảm thống nhất theo lưu vực sông, theo nguồn nước, kết hợp với quản lý theo địa bàn hành chính”.
Thứ tư: Quản lý tổng hợp tài nguyên nước đảm bảo hài hòa lợi ích giữa các địa phương với các ngành kinh tế, giữa thượng lưu và hạ lưu.
tế khác nhau nhất là trong lĩnh vực nông nghiệp của đất nước. Phân bổ tài nguyên nước tại những địa hình khác nhau sẽ có những đặc điểm và mức độ ảnh hưởng đến các tỉnh theo các mức độ khác nhau.
Nước có thể được sử dụng cho nhiều mục đích khác nhau ngay tại một nguồn nước, vì vậy, việc quản lý tài nguyên nước yêu cầu phải đồng bộ và tổng hợp hiệu quả về nhiều mặt. Giữa thượng lưu và hạ lưu có mối quan hệ chặt chẽ với nhau, nói có mối quan hệ qua lại mật thiết, vì vậy trong quản lý tài nguyên nước phải đảm bảo lợi ích giữa khu vực thượng lưu và hạ lưu.
Những nguyên tắc trên về việc quản lý tài nguyên nước là cơ sở cho tiến trình quản lý được hiệu quả và thống nhất từ trung ương đến địa phương.