Hệ thống thông tin kế toán là một trong những nội dung quan trọng ảnh hưởng đến hiệu quả của kiểm soát nội bộ, nếu được thiết kế khoa học, hợp lý sẽ giúp hoàn thiện kiểm soát nội bộ trong công ty. Ban lãnh đạo cần đưa ra quy định mới cho công tác kế toán quản trị trong doanh nghiệp, kết hợp với báo cáo quản trị là hai công cụ đắc lực giúp ban lãnh đạo điều hành và kiểm soát hoạt động trong công ty tốt hơn. Nhà quản lý lập dự toán doanh thu của từng cửa hàng, hàng kì đối chiếu doanh thu thực tế so với dự toán. Nhờ vậy, nhà quản lý có thể tìm ra nguyên nhân của sự biến động.
Đối với hệ thống phần mềm, để tránh xảy ra lỗi bộ phận kĩ thuật nên cập nhật hệ phần mềm một cách thường xuyên hoặc nếu cần thiết thì sử dụng phần mềm khác phù hợp hơn. Các phòng ban đảm bảo lưu trữ dữ liệu thường xuyên, đề phòng khi phần mềm có vấn đề làm mất dữ liệu. Việc phân quyền truy cập phải được kiểm soát chặt chẽ, tránh nguy cơ dữ liệu trong phần mềm bị thay đổi, lấy cắp. Hàng kì, ngoài những báo cáo doanh thu cơ bản, công ty cần bổ sung các báo cáo so sánh doanh thu các kì, giúp nhà quản lý nhìn nhận và đánh giá sát sao về hiệu quả của hoạt động bán hàng thu tiền. Kế toán kiểm tra kĩ càng các chứng từ kế toán
- Các thông tin, số liệu ghi trên hóa đơn, chứng từ phải đầy đủ và chính xác - Thông tin ghi trên chứng từ đảm bảo đầy đủ theo quy định Nhà nước - Lưu trữ hóa đơn chứng từ một cách khoa học
Để tránh nguy cơ xảy ra mất mát dữ liệu kế toán, công ty nên sử dụng chức năng người dùng của phần mềm, nhận dạng được cá nhân nào đang sử dụng phân hệ nào. Các nhân viên phải được sự cho phép của kế toán trưởng mới được cấp quyền truy cập vào những phân hệ kế toán không thuộc phần hành của mình.
Việc trao đổi thông tin trong đơn vị phải đảm bảo tính chính xác và kịp thời. Các thông tin quan trọng tránh trao đổi qua điện thoại, đề phòng bị rò rỉ, mất cắp dữ liệu. Thiết kế một trang thông tin cho công ty để mọi người có thể cập nhật thường xuyên, dễ dàng nắm bắt tin tức. Ban lãnh đạo nên tạo những khảo sát, hòm thư góp ý để nhân viên thoải mái chia sẻ, đóng góp ý kiến giúp ban lãnh đạo kịp thời nhìn nhận và giải quyết các vấn đề.