Phương pháp chọn giống nhờ các chỉ thị phân tử là một phương pháp chọn giống mới đang áp dụng khá rộng rãi ở nhiều cây trồng. Phương pháp này cho phép xác định nhanh, chính xác sự có mặt của các gen mong muốn, do vậy có thể hỗ trợ
cho chọn giống. Chọn giống nhờ chỉ thị phân tử khắc phục được hạn chế của các phương pháp truyền thống. Phân tích và đánh giá bộ gene của thực vật nhằm xác
31
phân tử hỗ trợ cho chọn giống cây trồng góp phần rút ngắn thời gian chọn tạo giống; đánh giá một cách hữu hiệu tính đa dạng di truyền giữa các loài và trong phạm vi một loài; tách dòng và chuyển các gen có giá trị kinh tế để nâng cao chất lượng và khả năng chống chịu điều kiện bất lợi của môi trường.
Bên cạnh đó, chỉ thị phân tử giúp cho việc tư liệu hoá nguồn gốc giống cây trồng trở nên dễ dàng và chính xác, giúp cho việc bảo hộ các nhà chọn giống cây trồng. Kết hợp giữa chọn giống đột biến và chọn giống bằng chỉ thị phân tử có thể
rút ngắn quá trình chọn giống.
Mục đích sử dụng chỉ thị phân tử trong chọn giống đột biến:
− Phân tích đa dạng di truyền ở mức độ phân tử,
− Tư liệu hoá nguồn gốc giống cây trồng trở nên dễ dàng và chính xác, giúp cho việc bảo hộ các nhà chọn giống cây trồng,
− Kết hợp giữa chọn giống đột biến và chọn giống bằng chỉ thị phân tử có thể
rút ngắn quá trình chọn giống.