Đầu tư XDCB từ NSNN là một dạng đầu tư công, do đó phải chịu nhiều cơ quan quản lý khác nhau nhằm đảm bảo quá trình đầu tư được thực hiện theo chế độ chính sách của nhà nước, hướng đến các mục tiêu mà nhà nước mong muốn, đồng thời vốn nhà nước phải được sử dụng tiết kiệm, hiệu quả. Trong hệ thống các cơ quan quản lý vốn đầu tư XDCB từ NSNN, KBNN vừa là thủ quỹ vừa là người giám sát cuối cùng trước khi tiền của NSNN được đưa vào lưu thông trong nền kinh tế.
Quản lý thanh toán đầu tư XDCB từ NSNN qua KBNN là việc KBNN căn cứ vào các quy định hiện hành của các cơ quan quản lý nhà nước thực hiện việc kiểm soát hồ sơ chứng từ do CĐT gửi đến thanh toán, KBNN xác nhận tính hợp pháp, hợp lệ, số chấp nhận thanh toán hoặc tạm ứng thanh toán vốn cho các dự án đầu tư theo chế độ hiện hành.
Về mặt nghiệp vụ, kiểm soát thanh toán vốn đầu tư XDCB từ NSNN, trước hết kiểm tra xem CĐT đã sử dụng nguồn vốn của nhà nước theo đúng
chế độ hay không. KBNN không chịu trách nhiệm về định mức đơn giá và chất lượng công trình mà chỉ căn cứ vào khối lượng hoàn thành mà CĐT đề nghị thanh toán làm căn cứ kiểm soát. Độ chính xác của khối lượng hoàn thành đề nghị thanh toán do CĐT chịu trách nhiệm. KBNN kiểm tra hồ sơ pháp lý của dự án, tính logíc về thời gian, các yếu tố pháp lý ghi trên hồ sơ có đúng chế độ chính sách của nhà nước hay không để tiến hành chấp nhận hay từ chối thanh toán.
Như vậy, quản lý chi đầu tư XDCB qua KBNN là việc kiểm tra, xem xét các căn cứ điều kiện cần và đủ theo quy định của nhà nước để xuất quỹ NSNN chi trả theo đề nghị thanh toán của CĐT các khoản chi phí thực hiện dự án theo chính sách, định mức chi tiêu do nhà nước quy định và phù hợp với mục tiêu của dự án đã được phê duyệt.