Thứ nhất, công tác phân bổ kế hoạch vốn còn chưa đảm bảo đúng quy
định. Việc bố trí vốn dàn trải, nhỏ giọt, mang tính dàn đều, bình quân chủ nghĩa, bố trí vốn cho các dự án không đủ điều kiện về thủ tục dẫn đến việc triển khai thực hiện các dự án còn gặp nhiều vướng mắc, không đảm bảo tiến độ, xây dựng kế hoạch vốn hàng năm không phù hợp với điểm dừng kỹ thuật của các dự án đầu tư. Do nguồn vốn có hạn, trong khi nhu cầu đầu tư lớn nên việc bố trí vốn còn mang tính dàn trải (nhiều dự án được phân bổ vốn chỉ khoảng 200- 500 triệu đồng), việc bố trí kế hoạch chưa tuân thủ theo quy định hiện hành về quản lý đầu tư và xây dựng dẫn đến tình trạng bố trí kế hoạch đầu tư rồi mới làm các thủ tục đầu tư, điều này khiến cho các dự án phải điều chỉnh kế hoạch vốn nhiều lần, thậm chí sang thời gian chỉnh lý quyết toán (tháng 01năm sau) mới thực hiện điều chỉnh gây áp lực cho KBNN trong việc
kiểm soát thanh toán những tháng cuối năm, ảnh hưởng trực tiếp đến chất lượng kiểm soát và tỷ lệ giải ngân vốn đầu tư công còn chậm.
Thứ hai, cơ cấu tổ chức, phân cấp quản lý, kiểm soát thanh toán đầu tư
XDCB chưa hợp lý. Lực lượng cán bộ làm công tác kiểm soát thanh toán vốn đầu tư còn thiếu cả về số lượng cũng như chất lượng, đặc biệt là các cán bộ được đào tạo chuyên ngành, có đủ trình độ am hiểu về lĩnh vực quản lý chi đầu tư XDCB. Trong công tác KSC đầu tư XDCB thì việc kiểm soát thanh toán cho một hồ sơ với giá trị vài tỷ đồng cũng giống như với việc kiểm soát thanh toán cho một hồ sơ giá trị vài chục triệu đồng. Với số vốn đầu tư hàng năm chưa phải là lớn nhưng số lượt kiểm soát chi phí cho dự án nhiều nên thời gian kiểm soát thanh toán đầu tư XDCB theo quy trình còn chưa đảm bảo, nhất là vào thời điểm, cuối năm do khối lượng hồ sơ thanh toán CĐT gửi đến rất lớn, dẫn đến chất lượng công tác kiểm soát thanh toán đầu tư XDCB còn hạn chế.
Việc quản lý, phân cấp kiểm soát thanh toán dự án đầu tư bằng nhiều nguồn vốn, nhiều cấp ngân sách đã được quy định nhưng chưa triệt để do đó còn có hiện tượng chồng chéo trong kiểm soát thanh toán, mang lại rủi ro cho cán bộ khi CĐT và Nhà thầu thông đồng cố ý không trung thực trong số liệu đã thanh toán hoặc CĐT không theo dõi được lũy kế số vốn đã thanh toán... làm kẽ hở cho Nhà thầu gian lận thanh toán vượt. Mặt khác gây khó khăn cho CĐT khi một dự án phải gửi hồ sơ cho từng Kho bạc quản lý vốn để kiểm soát thanh toán.
Thứ ba, công tác giải ngân vốn đầu tư còn chậm và dồn nhiều vào cuối
năm do công tác chuẩn bị của các CĐT còn nhiều hạn chế. Một số dự án tuy đã được ghi kế hoạch vốn nhưng CĐT triển khai các bước lập, thẩm định, phê duyệt dự toán chậm, nhiều dự án đến quý III mới tiến hành lựa chọn nhà thầu, ký hợp đồng và khởi công dự án, thậm chí có những dự án cuối tháng 12 mới
lựa chọn xong nhà thầu thi công. Đặc biệt là công tác giải phóng mặt bằng còn gặp rất nhiều khó khăn. Hiện nay do chính sách đền bù chưa được đồng bộ, đơn giá đền bù đôi khi chưa phù hợp với mặt bằng giá trị thực tế, quỹ đất phục vụ cho công tác giải phóng mặt bằng nhiều khi chưa được chuẩn bị đầy đủ, kịp thời, nhận thức của người dân được đền bù chưa cao... nên công tác đền bù giải phóng mặt bằng gặp rất nhiều khó khăn. Từ đó làm ảnh hưởng tới tiến độ triển khai dự án.
Thứ tư, hệ thống chính sách hay sửa đổi, cơ chế về đầu tư XDCB từ nguồn NSNN còn rất phức tạp, đan xen, ngoài ra mỗi năm lại có cách điều hành tài chính khác nhau dẫn đến cơ chế kiểm soát thanh toán cũng phải thay đổi theo gây khó khăn cho công tác kiểm soát thanh toán. Việc quy định về tạm ứng, thanh toán vốn đầu tư XDCB được quy định ở khá nhiều văn bản pháp quy (từ Luật, Nghị định của Chính phủ, đến các Thông tư hướng dẫn của Bộ Xây dựng, Bộ Tài chính hoặc chỉ thị của Thủ tướng Chính phủ hoặc văn bản hướng dẫn điều hành của Chính phủ) chưa thống nhất, khó thực hiện, mặt khác trong giai đoạn thực hiện theo Nghị định 99/2007/NĐ-CP ngày 13/6/2007 mức tạm ứng phát sinh rất lớn, NSNN phải bỏ ra một khoản tiền khá lớn tạm ứng theo hợp đồng giữa CĐT với Nhà thầu để mua nguyên vật liệu..., trong khi công trình thi công chậm chạp không đúng tiến độ để nghiệm thu khối lượng thu hồi tạm ứng, nhiều trường hợp lợi dụng chính sách trong thời gian có biến động giá nguyên vật liệu để kéo dài thời gian thi công nhằm điều chỉnh tăng dự toán công trình trong khi nhẽ ra tiền đã tạm ứng phải thi công xong. Như vậy, việc tạm ứng và thanh toán trượt giá khi có khối lượng hoàn thành được nghiệm thu là hoàn toàn chưa phù hợp thậm chí có thể nói với cơ chế này Nhà nước phải bỏ vốn hai lần. Nhiều CĐT và nhà thầu lợi dụng quy định về “thỏa thuận mức thu hồi tạm ứng từng lần khi thanh toán” làm cho công tác thu hồi tạm ứng của Kho bạc gặp rất nhiều khó khăn. Cụ thể
có không ít CĐT và nhà thầu thỏa thuận thu hồi tạm ứng với số tiền rất nhỏ mang tính đối phó. Ngoài ra, quy định vốn tạm ứng quá 6 tháng mà không sử dụng hoặc nhà thầu sử dụng sai mục đích thì sẽ bị thu hồi song chưa có chế tài đủ mạnh nên KBNN rất khó quản lý, thu hồi số vốn đã tạm ứng. Mặt khác, chưa quy định cụ thể về điều kiện tạm ứng vốn đầu tư XDCB phải có mặt bằng thi công, do đó nhiều dự án đã được tạm ứng vốn nhưng không thể triển khai thực hiện do vướng công tác bồi thường giải phóng mặt bằng.
Thứ năm, công tác tin học hóa trong công tác đầu tư XDCB: Hiện nay
chưa có được phần mềm đáp ứng được việc cung cấp đầy đủ các thông tin số liệu của dự án cho các cấp, các ngành phục vụ công tác điều hành. Ứng dụng phần mềm hiện nay chỉ đáp ứng một phần của công tác tổng hợp báo cáo định kỳ về số liệu thanh toán.
Mặt khác chế độ quy định thông tin báo cáo còn chưa phù hợp. Các mẫu biểu báo cáo về công tác chi XDCB nói chung, đối với ngân sách địa phương nói riêng tương đối phức tạp, cá biệt có những loại biểu mẫu đối chiếu số liệu giải ngân dự án hết năm ngân sách cùng có mục tiêu như nhau, thời điểm đối chiếu như nhau nhưng lại phải làm đối chiếu 02 lần bởi quy định ở 02 loại văn bản khác nhau; một số mẫu biểu còn mang tính chất tự phát đòi hỏi người thực hiện chỉ có thể thực hiện bằng phương pháp thủ công (Excel) chứ chưa thể khai thác từ chương trình, điều này ảnh hưởng không nhỏ đến chất lượng và thời gian báo cáo cũng như ảnh hưởng đến việc cập nhật và tra cứu số liệu phục vụ công tác của KBNN.