Các điều kiện phản ứng tiêu chuẩn được cung cấp bởi nhà sản xuất TwistAmpTM tạo ra một môi trường phản ứng ‘thỏa hiệp’ khá tốt để khuếch đại nhanh và nhạy DNA. Tuy nhiên, tối ưu hóa các thành phần phản ứng sẽ giúp cải thiện hiệu suất khuếch đại đáng kể. Các thông số có thể dễ dàng được thay đổi trong quá trình nghiên cứu là nồng độ mồi/probe, nồng độ Magnesium-Acetate (MgOAc).
Tối ưu nồng độ mồi:
- Nguyên lý: Để tối ưu nồng độ các mồi,chúng tôi tiến hành đồng thời các phản ứng RPA giống hệt nhau về điều kiện nhiệt độ đã tối ưu và các thành phần tham gia chỉ khác nhau nồng độ mồi. Sau khi thực hiện xong một loạt phản ứng, tiến hành phân tích về thời gian phát hiện và cường độ tín hiệu huỳnh quang thu nhận được để tìm nồng độ mồi cho kết quả tốt nhất - Dải nồng độ: Chúng tôi sử dụng dải nồng độ mồi đề xuất từ nhà sản xuất
để tiến hành chọn lọc nồng độ mồi tối ưu nhất cho phản ứng. Dải nồng độ được sử dụng là 0,24; 0,36; 0,42; 0,54 µM.
Tối ưu nồng độ probe:
- Nguyên lý: Giữ nguyên nồng độ mồi đã tối ưu, chúng tôi tiến hành đồng thời các phản ứng RPA giống hệt nhau về điều kiện nhiệt độ đã tối ưu và các thành phần tham gia chỉ khác nhau nồng độ probe. Sau khi thực hiện xong một loạt phản ứng, tiến hành phân tích về thời gian phát hiện và cường
độ tín hiệu huỳnh quang thu nhận được để tìm nồng độ probe cho kết quả tốt nhất
- Dải nồng độ: Chúng tôi tiến hành khảo sát nồng độ probe gồm 0,06; 0,08; 0,1; 0,12 và 0,15 µM.
Tối ưu nồng độ MgOAc
- Nguyên lý: Giữ nguyên nồng độ mồi và probe đã tối ưu, chúng tôi tiến hành đồng thời các phản ứng RPA giống hệt nhau về điều kiện nhiệt độ đã tối ưu và các thành phần tham gia chỉ khác nhau nồng độ MgOAc. Sau khi thực hiện xong một loạt phản ứng, tiến hành phân tích về thời gian phát hiện và cường độ tín hiệu huỳnh quang thu nhận được để tìm nồng độ probe cho kết quả tốt nhất
- Dải nồng độ: Chúng tôi sử dụng dải nồng độ MgOAc lần lượt là 12 mM; 14 mM; 16mM; 18mM và 20mM.