Hầu hết các xét nghiệm phát hiện kháng nguyên/ mầm bệnh hiện nay dựa vào phương pháp PCR, realtime PCR định lượng hay nested PCR nhắm vào các gen đích khác nhau bao gồm 56 kDa, 47 kDa, groEL của O. tsutsugamushi [85, 127, 130]. Ưu điểm của các phương pháp này là độ nhạy, độ đặc hiệu khá cao:
Nghiên cứu khác của Prakash và cộng sự (năm 2011), thiết lập quy trình nested PCR trên vùng gen 56kDa phát hiện O. tsutsugamushi, kết quả cho thấy độ đặc hiệu của kĩ thuật này là 100% cao hơn so với hai phương pháp ELISA và Weil-Felix với độ đặc hiệu lần lượt là 73% và 94% [118].
Năm 2009, Kramme và cộng sự đã sử dụng kĩ thuật real-time PCR trên vùng gen
56kDa để phát hiện O. tsutsugamushi trong các bệnh nhân sốt mò ở Việt Nam. Độ nhạy phân tích của quy trình đạt được của quy trình là 1062 bản sao/ml, độ đặc hiệu 100% khi đánh giá trên 50 mẫu máu của người khỏe mạnh và các chủng vi sinh vật khác (bao gồm cả các loài Rickettsia spp khác) [89].
Trong một nghiên cứu mới đây năm 2017, kỹ thuật realtime PCR cũng được Nhiem và cộng sự áp dụng để chẩn đoán O. tsutsugamushi trên mẫu bệnh phẩm vết loét tại Việt Nam [70]. Trong số 20 bệnh nhân đã lấy được cả vết loét và mẫu máu toàn phần, 17 mẫu vết loét (85%) và 5 mẫu máu toàn phần (25%) cho kết quả dương tính với O. tsutsugamushi [90].
Tuy nhiên, tất cả các xét nghiệm đòi hỏi phải đào tạo người dùng để vận hành máy luân nhiệt PCR và trong các môi trường với nguồn lực hạn chế thì việc trang bị, bảo dưỡng, căn chỉnh máy luân nhiệt đảm bảo hoạt động ổn định là rất khó khăn.