Đoạn gen seb534 của chủng S. aureus nghiên cứu đƣợc xác định trình tự nucletide trên máy đọc tự động ABI PRISMR 3100 Avant Genetic Analyzer. Kết quả xác định trình tự, đƣợc so sánh mức độ tƣơng đồng của gen seb534 ở chủng S. aureus nghiên cứu với những kết quả đã công bố trên ngân hàng gen thế giới - NCBI (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/). Kết quả xác định và so sánh trình tự đƣợc trình bày ở hình 3.6 và bảng 3.1.
1 ccagatgagt tgcacaaagc gagtaaattc actggtttga tggaaaatat gaaagttttg 61 tatgatgata atcatgtatc agcaataaac gttaaatcta tagatcaatt tctatacttt 121 gacttaatat attctattaa ggacactaag ttagggaatt atgataatgt tcgagtcgaa 181 tttaaaaaca aagatttagc tgataaatac aaagataaat acgtagatgt gtttggagct 241 aattattact atcaatgtta tttttctaaa aaaacgaatg atattaattc acatcaaact 301 gacaaacgaa aaacttgtat gtatggtggt gtaactgagc ataatggaaa ccaattagat 361 aaatatagaa gtattactgt tcgggtattt gaagatggta aaaatttatt atcttttgac 421 gtacaaacta ataagaaaaa agtgactgct caagaattag attacctaac tcgtcactat 481 ttggtgaaaa ataaaaaact ctatgaattt aacaactcgc cttatgaaac ggga
Hình 3.6. Trình tự gen seb534 của chủng S. aureus
Bảng 3.1. Độ tƣơng đồng của gen seb534 ở chủng S. aureus nghiên cứu với một số chủng vi khuẩn trên ngân hàng gen thế giới (NCBI)
TT Tên trình tự gen tƣơng đồng với gen seb Mã số trên
NCBI
Tỉ lệ tƣơng đồng (%)
1 Staphylococcus aureus DNA, pathogenicity
island, strain: IVM10 AB716349.1 100%
2 Staphylococcus aureus strain F136 enterotoxin
B precursor (seb) gene, partial cds DQ997828.1 100% 3 Staphylococcus aureus partial seb gene for
staphylococcal enterotoxin B precursor (SEB) AM158256.1 100% 4 Staphylococcus aureus strain 339E enterotoxin
seb variant gene, partial cds AY196689.1 100%
5
Staphylococcus aureus DNA, pathogenicity island SaPITokyo12413, complete sequence, strain: Tokyo12413
AB860415.1 99%
6 Staphylococcus aureus strain 2395 USA500,
Kết quả giải trình tự gen nghiên cứu trong vector tách dòng pTZ57R/T cho thấy, đoạn gen nghiên cứu chứa khoảng 534 nucleotide, có tỷ lệ tƣơng đồng cao với các gen seb đã công bố trên ngân hàng gen. Tỷ lệ tƣơng đồng 100% với gen seb mã số AB716349.1, DQ997830.1, AM158256.1 và AY196689.1 trên ngân hàng gen quốc tế; tƣơng đồng 99% với gen seb mã số AB860416.1, CP003166 và nhiều mã số khác trên ngân hàng gen quốc tế.
Kết quả trên cho thấy, các dòng tế bào vi khuẩn khả biến E. coli DH5α đã mang plasmid tái tổ hợp seb534/pTZ57R/T mã hóa cho kháng nguyên SEB.