DNNVV ở Việt Nam hiện nay vẫn bị phân biệt đối xử dù đã có sự nỗ lực từ phía cơ quan Nhà nƣớc. Cụ thể là so với các thành phần kinh tế khác nhƣ DN Nhà nƣớc, DN ngoài quốc doanh, DN có vốn đầu tƣ nƣớc ngoài trong các lĩnh vực đất đai, mặt bằng sản xuất, vay vốn tín dụng,.. thì DNNVV vẫn chƣa đƣợc đối xử công bằng.
Phạm Trà Lam, (2012). Với việc nền kinh tế Việt Nam gia nhập vào thị trƣờng thế giới, cơ hội mang lại cho các DNNVV là vô cùng lớn nhƣng thách thức đặt ra cũng không hề nhỏ, đặc biệt tính cạnh tranh trong hoạt động kinh doanh ngày càng khốc liệt. Do phần lớn DNNVV ở Việt Nam đều xuất phát từ tập quán kinh doanh mang nặng tính gia đình, nhà quản trị có ít kinh nghiệm về quản trị. việc điều hành hoạt động kinh doanh tập trung chủ yếu trong tay một vài cá nhân có quan hệ huyết thống, tính đa nghi còn tồn tại và rất nhiều DNNVV ở Việt Nam chƣa có tầm nhìn, chiến lƣợc trong dài hạn dẫn đến tính bền vững trong hoạt động kinh doanh không cao. Hoạt động hiện tại của các DNNVV chủ yếu là do chủ sở hữu – nhà quản trị điều hành theo kinh nghiệm. Đây chính là rào cản lớn nhất mà các DNNVV phải đƣơng đầu trong quá trình phát triển lâu dài của mình.
Ngoài ra, hoạt động sản xuất kinh doanh của DNNVV ở Việt Nam còn bị tác động bởi các yếu tố nhƣ: tính bất ổn của nền kinh tế, lạm phát, sự thay đổi lãi suất, tỷ giá hối đoái, thuế, chính sách hỗ trợ của Nhà nƣớc, đối thủ cạnh tranh, thị phần, nhà cung cấp,... ảnh hƣởng nhiều đến hiệu quả hoạt động của các doanh nghiệp.