Bên cạnh những thành tựu kể trên, quá trình CNH, HĐH nơng nghiệp,
nơng thơn tại Quốc Oai vẫn cịn tồn tại một số hạn chế cơ bản:
Thứ nhất, cơ cấu kinh tế nông thôn chuyển dịch chậm và chưa thực sự gắn với thị trường. Trong nông nghiệp chưa tạo được vùng sản xuất chuyên canh, chuyển đổi cơ cấu cây trồng, vật ni chậm, diện tích mở rộng cịn ít, sản phẩm chưa đa dạng và chưa thực sự tạo được uy tín trên thị trường. Trong cơng nghiệp và dịch vụ sự phát triển ngành nghề nơng thơn cịn kém, chưa nhận được sự quan tâm đúng mức từ chính quyền địa phương .
Đặc biệt, trong cơ cấu lao động thì tỷ trọng lao động làm việc trong
ngành nông nghiệp vẫn chiếm tỷ lệ tương đối cao(51% trong năm 2012), lao động làm việc trong các ngành cơng nghiệp và dịch vụ mặc dù có tăng lên theo từng năm nhưng chủ yếu vẫn chỉ là lao động làm thuê với trình độ phổ thơng, kinh doanh quy mơ nhỏ, chưa thực sự tạo dựng được thương hiệu và chỗ đứng trên thị trường.
Thứ hai, kết cấu hạ tầng tuy đã được quan tâm phát triển khá tốt song chủ yếu tập trung ở đồng bằng, còn ở một số xã ở vùng sâu, vùng xa như Phú Mãn, Hòa Thạch,...còn thiếu đường, trường, trạm y tế vẫn thiếu thốn cơ sở vật
chất, trang thiết bị y tế hiện đại phục vụ cho việc khám chữa bệnh; tỷ lệ đường xấu còn cao; người dân chưa được tiếp cận nhiều với văn minh đô thị; chất lượng đời sống cả về vật chất lẫn tinh thần còn kém hơn rất nhiều so với ở vùng đồng bằng.
Thứ ba, hệ thống thủy lợi mới chỉ đáp ứng được cho cây lúa, thủy lợi cho cây công nghiệp, cây ăn quả, cây hoa màu vẫn còn hạn chế; hệ thống thiết bị phục vụ cho việc tưới tiêu vẫn cịn rất lạc hậu, cơng suất thấp, chưa đáp ứng được đầy đủ nhu cầu tưới tiêu của người dân; một số cơng trình thủy lợi do đã được xây dựng từ lâu nên đang trong tình trạng xuống cấp nghiêm trọng.
Thứ tư, tác động của khoa học công nghệ vào sản xuất nông nghiệp và
phát triển nơng thơn cịn yếu, số lượng máy móc nơng nghiệp bình qn trên 1ha cịn ít, chủ yếu vẫn là lao động thủ cơng chân tay là chính; những ứng dụng của khoa học công nghệ đặc biệt là công nghệ sinh học chưa được sử dụng rộng rãi trong cả trồng trọt và chăn nuôi.
Thứ năm, hệ thống quản lý Nhà nước thuộc lĩnh vực nông nghiệp và
nông thôn chưa ngang tầm, cán bộ cơ sở ở một số xã trình độ cả về học vấn lẫn quản lý còn nhiều bất cập, chưa nhận thức được tầm quan trọng của việc cần phải đẩy mạnh CNH, HĐH nông nghiệp, nông thôn,...
Về thực chất thì những vấn đề cịn tồn tại nêu trên khơng phải mới nảy sinh và đã tồn tại từ rất lâu nhưng chưa giải quyết được hoặc là giải quyết chưa dứt điểm. Nguyên nhân của những tồn tại này có thể kể đến là do: điều kiện tự nhiên với địa hình khá phức tạp gồm cả đồi núi và đồng bằng, tài nguyên thiên nhiên chỉ ở mức trung bình do đó sẽ khơng khai thác và tận dụng được nhiều cho quá trình phát triển kinh tế- xã hội; chính quyền huyện còn túng túng trong việc quy hoạch phát triển tổng thể cũng như cụ thể về các chương trình phát triển KT- XH cho tồn huyện nói chung và trên địa bàn từng xã nói riêng; cơ chế chính sách cịn nhiều điểm chưa phù hợp và chậm
điều chính; nhận thức về vai trị, vị trí của CNH, HĐH nơng nghiệp, nơng thơn của chính quyền huyện và các xã còn chưa đầy đủ và sâu sắc. Bên cạnh đó thì tập qn làm ăn và tư duy của người sản xuất nhỏ mà chưa mạnh dạn chuyển sang sản xuất quy mô lớn cũng là một nguyên nhân cịn tồn tại mà khơng dễ gì có thể xóa bỏ được.