Song song với những ưu điểm nêu trên, tổ chức công tác kế toán tại Trường Đại học Công nghiệp Dệt may Hà Nội còn tồn tại một số vấn đề sau
4.2.2.1. Tổ chức bộ máy kế toán
- Mặc dù trường đã sử dụng các phần mềm kế toán, tuy vậy tính kết nối thông tin giữa hệ thống thu học phí với hệ thống kế toán tổng hợp còn nhiều hạn chế, gây khó khăn cho việc kiểm tra và lập các báo cáo tổng hợp.
- Phần mềm kế toán của trường còn nhiều hạn chế, như chưa tự động kết chuyển số liệu để tính chênh lệch thu, chi và lập các báo cáo tài chính, báo cáo quyết toán ngân sách, do đó nhân viên kế toán tổng hợp vẫn phải dành nhiều thời gian và công sức để thực hiện các công việc đó một cách thủ công.
- Sự phân công trách nhiệm của nhân viên kế toán chưa chú trọng đến sự phân quyền khi sử dụng phần mềm kế toán. Việc nhập dữ liệu hiện nay chưa có sự phân quyền rõ ràng nên vẫn có sự nhầm lẫn, trùng lắp trong quá trình nhập dữ liệu vào máy tính khi lập chứng từ kế toán.
- Mặt khác trường chưa bố trí nhân viên chuyên trách quản trị mạng nội bộ của hệ thống kế toán, nên khi có các sự cố xảy ra, các công việc đều bị ngừng trệ và do đó ảnh hưởng đáng kể tới việc cung cấp thông tin của kế toán.
- Hiện nay, trường mới chỉ chú trọng đến tổ chức bộ máy kế toán tài chính chưa chú trọng đến tổ chức bộ máy kế toán quản trị, do vậy thông tin kế toán quản trị cho Hội đồng trường, Ban giám hiệu chưa thực sự đạt hiệu quả cao.
- Quy mô và hoạt động của trường ngày càng phát triển và gia tăng trong những năm gần đây nên khối lượng công việc kế toán ngày càng nhiều. Tuy nhiên lao động kế toán lại không tăng, dẫn đến lao động bị quá tải.
- Nhân viên kế toán nhà trường đôi khi còn thụ động, chưa chú trọng và dành thời gian để cập nhật các chế độ chính sách, chế độ mới cũng như học tập nâng cao trình độ.
4.2.2.2. Tổ chức hạch toán kế toán
a. Tổ chức chứng từ kế toán
Việc tổ chức công tác chứng từ cơ sở chưa được chú trọng và chưa có văn bản hướng dẫn cụ thể tới các bộ phận và các cá nhân liên quan. Việc thu thập chứng từ cơ sở của một số nghiệp vụ kinh tế phát sinh còn tồn tại như: chi phí tiền lương (đối với hợp đồng gia công hàng may mặc), chi phí khấu hao TSCĐ nguồn gốc vốn kinh doanh sử dụng cho hoạt động theo đơn đặt hàng, hoặc có nguồn gốc NSNN phục vụ cho hoạt động SXKD.
Sự phối hợp của nhân viên kế toán với các cá nhân và bộ phận liên quan đến lập chứng từ chưa cao phụ thuộc rất nhiều vào ý thức chủ quan của nhân viên kế toán.
b. Tổ chức tài khoản kế toán
Hiện nay, nhà trường mới chỉ dừng lại ở việc tuân thủ theo chế độ qui định, chưa hướng tới việc tạo cơ sở cho việc cung cấp thông tin để tăng cường quản lý trong nội bộ nhà trường. Các tài khoản kế toán chưa được mở chi tiết theo các nguồn thu và khoản chi đặc thù, theo từng ngành hay hệ đào tạo nên không thuận tiện cho việc lập dự toán, theo dõi thực hiện và đưa ra các qui định về các khoản thu, chi này.Khoản thu học phí còn hạch toán chưa đúng tài khoản, thay vì hạch toán vào tài khoản 337 - Tạm thu thì lại hạch toán thẳng vào tài khoản 514 - thu phí được khấu trừ, để lại.
c. Tổ chức sổ kế toán
hiện hành còn thiếu một số mẫu sổ chi tiết như Sổ kho (hoặc thẻ kho) (Mẫu số S21 - H), Sổ chi tiết nguyên liệu, vật liệu, công cụ, dụng cụ, sản phẩm, hàng hóa (Mẫu số S22 - H), Sổ tài sản cố định, công cụ, dụng cụ tại nơi sử dụng (Mẫu số S26 - H).
d. Tổ chức báo cáo kế toán
Hệ thống báo cáo kế toán hiện nay của trường mới chỉ có báo cáo quyết toán theo qui định của chế độ tài chính - kế toán áp dụng đối với đơn vị hành chính sự nghiệp. Các báo cáo tài chính đối với hoạt động sản xuất, kinh doanh và cung ứng dịch vụ chưa được quy định cụ thể gây khó khăn cho trường và cơ quan quản lý kinh tế của Nhà nước. Trường chưa tiến hành lập các báo cáo kế toán quản trị đánh giá hoạt động của trường theo từng lĩnh vực, đánh giá hiệu quả hoạt động của từng đơn vị trực thuộc, trên cơ sở đó đưa ra các giải pháp để nâng cao hiệu quả hoạt động của từng đơn vị trực thuộc cũng như của cả trường, nâng cao năng lực tài chính của trường, góp phần thực hiện tốt quyền và nghĩa vụ tự chủ tài chính.
Kế toán tổng hợp sau khi kết thúc kỳ kết toán, do không làm báo cáo quyết toán kịp thời nên không thực hiện việc khóa sổ trên máy vi tính. Một số bộ phận kế toán phần hành, trong quá trình làm việc, phát hiện thấy kỳ kế toán trước đó hạch toán sai, đã tự ý sửa trong phần mềm kế toán. Việc điều chỉnh bút toán chậm sau khi các phần hành đã in sổ, tạo ra sự chênh lệch giữa số liệu trong báo cáo và số liệu trong sổ của các phần hành. Các phần hành kế toán liên quan lại phải xem lại hồ sơ chứng từ cũ để chỉnh sửa và in lại rất mất thời gian.
e. Tổ chức kiểm tra kế toán
Công tác kiểm tra kế toán mới chỉ đáp ứng được các yêu cầu cơ bản của việc bảo vệ tài sản và bảo đảm cho việc ghi chép chính xác và tròn vẹn tất cả các dữ liệu phù hợp về nghiệp vụ phát sinh.
Việc tuân thủ nguyên tắc bất kiêm nhiệm chưa thật sự triệt để. Phần mềm kế toán cho phép tất cả mọi người trong hệ thống đều có quyền truy cập, thay đổi hoặc xóa các nghiệp vụ chưa được cất giữ, trong khi không có cán bộ chuyên trách giám sát hệ thống, do đó rất dễ xảy ra gian lận.
Việc đối chiếu giữa sổ sách và hiện vật tài sản ít được thực hiện nên rất dễ gây nên sự mất mát tài sản hoặc không có biện pháp xử lý kịp thời đối với những mất mát đó.