Thứ nhất, Hệ thống kế toán hành chính sự nghiệp Việt Nam đang trong quá trình đổi mới theo hướng phù hợp với nền kinh tế thị trường và hội nhập khu vực và thế giới. Để đáp ứng những yêu cầu mới cần có những trải nghiệm, trong quá trình cải cách khó tránh khỏi những vướng mắc khi vận dụng chế độ kế toán trong nhà trường. Vì vậy, việc thống nhất chế độ kế toán là hết sức cần thiết, bao gồm các nội dung như chứng từ kế toán, hệ thống tài khoản kế toán, sổ kế toán và báo cáo kế toán.
Thứ hai, thông tin kế toán chưa nhiều, các báo cáo kế toán còn mang nặng tính hình thức, chủ yếu nhằm mục đích chấp hành chế độ, chính sách theo quy định. Các thông tin kế toán chưa thực sự trở thành cơ sở hữu ích cho các quyết định của ban giám hiệu.
Thứ ba, trình độ chuyên môn nghiệp vụ kế toán chưa đồng đều; kế toán chưa chủ động cập nhật những văn bản liên quan đến lĩnh vực kế toán; việc đào tạo nâng cao năng lực, cập nhật kiến thức mới về chuyên môn cho nhân viên kế toán còn chưa được quan tâm; việc hiểu, nhận thức đúng các nội dung văn bản liên quan đến lĩnh vực kế toán áp dụng vào thực tiễn đơn vị còn hạn chế.
Thứ tư, điều kiện tài chính của Nhà trường chưa cho phép đầu tư một hệ thống tổ chức công tác kế toán toàn diện. Để nâng cao chất lượng đào tạo và vị thế của Nhà trường, tiến tới cần đầu tư vào mọi mặt, nên đầu tư vào tổ chức công tác kế toán chưa phải là lĩnh vực ưu tiên hàng đầu của Nhà trường.
Thứ năm, do công tác kiểm tra, giám sát chưa được coi trọng. Công tác kiểm tra, thanh tra kết quả thực hiện cơ chế quản lý tài chính mới của cơ quan chức năng cũng như cơ quan chủ quản cấp trên đối với Nhà trường còn chưa được coi trọng đúng mức, hệ thống văn bản pháp luật về công tác thanh tra kiểm tra còn chưa hoàn chỉnh; những quy định về chức năng, nhiệm vụ của các cơ quan chức năng trong việc thanh tra, kiểm tra, giám sát còn nhiều bất cập, chồng chéo, trùng lặp; quy trình nghiệp vụ của công tác này còn chưa cụ thể, chưa kịp thời đổi mới phù hợp với hệ thống cơ chế quản lý mới.
Bên cạnh đó, việc tổ chức đánh giá, tổng kết, rút kinh nghiệm thực hiện của Bộ Công Thương đối với Nhà trường để điều chỉnh, khắc phục những hạn chế trong quá trình thực hiện cơ chế mới một cách kịp thời còn chưa được chú trọng.