Virus PRRS có hai chủng nguyên mẫu (prototype), chủng Châu Âu (Virus LeLysad-LV) và chủng Bắc Mỹ (VR-2332). Các chủng virus này gây bệnh trên động vật cảm thụ với động vật cảnh giống nhau, nhƣng chúng lại đại diện cho 2 genotype khác biệt mà sự khác biệt đó vào khoảng 40%, do đó tạo ra một lớp màng bí mật về nguồn gốc của virus này. Những nghiên cứu gần đây còn cho thấy có sự khác biệt về tính di truyền trong các virus phân lập đƣợc từ các vùng địa lý khác nhau.
Ngoài sự khác biệt giữa các lần phân lập ngƣời ta đã chứng minh đƣợc có sự biến dị di truyền mạnh trong cả hai typ phân lập, đƣợc khẳng định qua phân tích trình tự nucleotide và axit amin của các khung đọc mở (ORFs) của LV và VR-2332. Trình tự axit amin của VR-2332 so với LV là 76% (ORF2), 72% (ORF3), 80% (ORF4&5), 91% (ORF6) và 74% (ORF7). Phân tích trình tự cho thấy các virus đang tiến hóa do đột biến ngẫu nhiên và tái tổ hợp trong gen. (Murtaugh et al, 1995; Nelsen et al, 1999; Meng et al, 1995, [41]; Kapur et al, 1996).
Bản thân các virus trong cùng một nhóm cũng có sự thay đổi về chuỗi nucleotide khá cao đến 20%. Chủng Bắc Mỹ có 3 subtyp: VR – 2332, Taiwan và 807/94 phân lập ở Canada. Chủng Châu Âu có 2 subtyp: I 10 phân lập tại Hà Lan và Olot tại Tây Ban Nha. Chính sự khác biệt và sự đa dạng về tính kháng nguyên, khả năng biến đổi cấu trúc kháng nguyên của virus đã làm tăng khó khăn cho việc sản xuất vaccine chống lại chúng.
Những nghiên cứu gần đây ở Trung Quốc cho thấy PRRSV tồn tại dƣới hai dạng: cổ điển độc lực thấp và biến thể độc lực cao gây nhiễm và chết nhiều lợn.
Tại Việt Nam, Trung tâm Chẩn đoán Thú y TW - Cục Thú y đã tiến hành các nghiên cứu độc lập và hợp tác, phối hợp với Bộ Nông nghiệp Mỹ (USDA) và Bộ Nông nghiệp Trung Quốc để xác chẩn và nghiên cứu độc lực của PRRSV. Các virus phân lập từ các ổ dịch lợn mắc PRRS có mức độ tƣơng đồng cao so với PRRSV chủng độc lực cao của Trung Quốc, lợn ốm với triệu chứng sốt cao; virus, vi khuẩn kế phát hoặc đồng nhiễm đóng vai trò quan trọng làm cho tỷ lệ lợn chết không nhỏ ngoài thực địa.