Sau khi xâm nhập, đích tấn công của virus là các đại thực bào. Đây là tế bào duy nhất có receptor phù hợp với cấu trúc hạt virus, vì thế virus hấp thụ và thực hiện quá trình nhân lên chỉ trong tế bào này và phá huỷ nó. Một tỷ lệ lớn tế bào đại thực bào trong nang phổi bị virus xâm nhiễm rất sớm. Lúc đầu PRRSV có thể kích thích các tế bào này, nhƣng sau 2 hoặc 3 ngày virus sẽ giết chết chúng các virion đƣợc giải phóng và ồ ạt xâm nhiễm sang các tế bào khác. Ở giai đoạn đầu của quá trình xâm nhiễm của PRRSV dƣờng nhƣ hiệu giá kháng thể chống lại các loại virus và vi khuẩn không liên quan khác trong cơ thể của lợn tăng cao do sự kích hoạt của đại thực bào trong hệ thống miễn dịch. Điều này rất dễ gây ra sự nhầm lẫn trong việc đánh giá mức độ miễn dịch đối với các bệnh truyền nhiễm ở cơ thể lợn.
Cần phải thấy rằng, trong hệ thống miễn dịch của cơ thể, đại thực bào đóng vai trò vô cùng quan trọng trong đáp ứng miễn dịch cả không đặc hiệu và đặc hiệu.
Đây là loại tế bào trình diện kháng nguyên thiết yếu, mở đầu cho quá trình đáp ứng miễn dịch đặc hiệu. Khi tế bào đại thực bào bị virus phá huỷ, các phản ứng miễn dịch không xảy ra, lợn nhiễm bệnh rơi vào trạng thái suy giảm miễn dịch và dễ dàng mắc các bệnh nhiễm trùng thứ phát. Điều này có thể thấy rõ ở những đàn lợn vỗ béo chuẩn bị giết thịt, khi bị nhiễm PRRSV sẽ có sự tăng đột biến về tỷ lệ viêm phổi kế phát do những vi khuẩn vốn sẵn có trong đƣờng hô hấp.
Hình 2.5. Virus PRRS xâm nhập và phá hủy tế bào đại thực bào
Nguồn: Boehringger Ingelheim Vetmedica Gm
Nguyễn Hữu Nam, Nguyễn Thị Lan (2007) trong nghiên cứu về PRRS cho rằng, phổi chắc đặc chính là nguyên nhân gây khó thở dẫn đến thiếu oxy tại máu và các mô bào. Do suy giảm sự trao đổi khí tại phổi làm máu của gia súc bệnh có màu sẫm, màu này có thể nhìn đƣợc từ bên ngoài tại các vùng da mỏng, các vùng da có nhiều mạch quản nhƣ vùng tai, bẹn, bụng... Vì vậy mà có triệu chứng tai xanh.
Chính do cơ chế tác động là tấn công vào hệ thống miễn dịch, gây suy giảm miễn dịch đã mở cửa cho các loại vi sinh vật gây bệnh khác xâm nhập và gây bệnh. Cơ chế gây bệnh này ngƣời ta gặp ở bệnh AIDS ở ngƣời và bệnh Gumboro ở gà. Việc sử dụng vaccine PRRS phòng bệnh ngay từ đầu ít có tác dụng bởi virus PRRS gồm 2 chủng là chủng Châu Âu (virus Lelystad) và chủng Bắc Mỹ (virus VR2332). Hai chủng này có độ lệch kháng nguyên lên tới 40%, ngoài ra ngay trong cùng một chủng, cũng có sự sai khác về kháng nguyên lên tới 20% (Nguyễn Bá Hiên và Huỳnh Thị Mỹ Lệ (2007). Chính vì điều đó nên việc sử dụng vaccine có mức độ
bảo hộ thấp, dù đã tiêm vaccine nhƣng gia súc vẫn có khả năng mắc bệnh.
Có nhiều báo cáo về nhiễm trùng ở đàn lợn trong ổ dịch PRRS, đặc biệt là chuồng lợn sơ sinh. Tác nhân chủ yếu liên quan đến nhiễm trùng kế phát là vi khuẩn: Haemophilus parasuis gây viêm đƣờng hô hấp, Streptococus suis (Liên cầu khuẩn), Salmonella cholerasuis (Phó thƣơng hàn), Pasteurella multosida (Tụ huyết trùng), Actinobacillus pneuropneumoniae (Viêm phổi màng phổi) và Mycoplasma hyopneumoniae (Suyễn).Virus kế phát gồm: SIV, EMCV, virus giả dại (PRV), Porcine cytomegalovirus, Porcine respiratory coronavirus và Porcine paramyxovirus. (Nguyễn Bá Hiên và Huỳnh Thị Mỹ Lệ).
Những thống kê gần đây cho thấy trong hầu hết các ổ dịch PRRS luôn có sự nhiễm trùng kế phát của các loại vi sinh vật gây bệnh khác nhƣ Streptococus suis, Salmonella cholera suis. Những xét nghiệm tại nhiều cơ sở chăn nuôi ngoài xét nghiệm PRRSV ra ngƣời ta còn xét nghiệm thêm các loại vi sinh vật trên. Nhƣ vậy, với sự hiện diện của PRRSV cùng với một hoặc nhiều các vi sinh vật trên sẽ làm cho lợn bị bệnh với triệu chứng nặng nề hơn, rất dễ gây chết con vật.