Bảo vệ môi trường là một trong những vấn đề luôn được quan tâm hàng đầu trong quá trình hình thành và phát triển khu công nghiệp để đảm bảo phát triển KCN bền vững. Điều đó không chỉ phụ thuộc vào ngành nghề đầu tư mà còn liên quan đến công tác quy hoạch KCN, quản lý của Ban quản lý KCN theo đúng tiêu chuẩn, chất lượng về môi trường.
Theo Ban quản lý các KCN Phú Thọ (2017), cơ bản các doanh nghiệp
thực hiện đầy đủ các quy định, thủ tục về đầu tư và bảo vệ môi trườngnhư: Lập,
thẩm định thiết kế cơ sở, bản vẽ thi công, thiết kế phòng cháy chữa cháy, hồ sơ cấp phép xây dựng trước khi khởi công xây dựng nhà máy; hoàn thành các thủ
tục pháp lý về bảo vệ môi trường trước khi vận hành. Trong tổng số 98 dự án đi
vào hoạt động sản xuất kinh doanh đến nay đã có 100% dự án có Báo cáo đánh giá tác động môi trường hoặc bản đăng ký đạt tiêu chuẩn môi trường theo quy
định được duyệt. Trên 93% các doanh nghiệp thực hiện quan trắc môi trường
định kỳ đầy đủ, theo cam kết; việc thực hiện các quy định về quản lý chất thải rắn
đặc biệt là chất thải nguy hại dần được thực hiện nghiêm túc, các doanh nghiệp thuộc đối tượng đều đã lập hồ sơ và được Sở Tài nguyên và Môi trường cấp sổ
đăng ký chủ nguồn thải chất thải nguy hại. Các doanh nghiệp phát sinh chất thải
đặc thù đã đầu tư công trình bảo vệ môi trường phù hợp để giảm thiểu ô nhiễm
môi trường; số doanh nghiệp bị xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực bảo
Tuy nhiên, một vấn đề còn tồn tại xảy ra không chỉ ở các KCN Phú Thọ mà đó là tình trạng chung của các KCN là vấn đề xử lý nước thải. Mặc dù đã có biện pháp xử lý cục bộ nhưng do chưa có hệ thống xử lý tập trung tại 02 KCN Trung Hà và Phú Hà nên chất lượng nước thải vẫn chưa được kiểm soát triệt để.
Mặt khác ý thức chấp hành pháp luật về môi trường còn nhiều hạn chế; từ năm
2010 đến nay UBND tỉnh và thanh tra Sở Tài nguyên và Môi trường đã ban hành
30 quyết định xử phạt hành chính trong lĩnh vực bảo vệ môi trường đối với các
dự án trong các KCN với tổng số tiền xử phạt 2,62 tỷ đồng (trong đó có 04 doanh
nghiệp bị phạt nhiều lần: Công ty TNHH DongKuc Việt Nam, Công ty TNHH Yakjin Việt Nam, Công ty cổ phần hóa chất Đại Thịnh, Công ty xi măng Hữu
Nghị) các nội dung về vi phạm hành chính trong lĩnh vực bảo vệ môi trường chủ
yếu là vấn để xả thải vượt tiêu chuẩn cho phép và phân loại, lưu giữ, chuyển giao
chất thải nguy hại(Ban quản lý các KCN Phú Thọ, 2018).