Trung tâm phải hoạt động theo hướng tự chủ tài chính, cân đối thu chi và có thu nhập để lại. Thực hiện Nghị định 141 ngày 10/10/2016 Quy định cơ chế tự chủ tài chính của đơn vị sự nghiệp trong lĩnh vực sự nghiệp kinh tế và sự nghiệp khác, Trung tâm đã tiến hành đa dạng hóa các nguồn thu của Trung tâm để thực hiện lộ trình nâng cao mức độ tự chủ tài chính của các đơn vị hành chính sự nghiệp. Trên cơ sở đó, bên cạnh tiếp tục phát triển các hoạt động thuộc về chức năng, nhiệm vụ cơ bản của Trung tâm như thu thập, quảng bá thông tin; phối hợp tổ chức các hoạt động xúc tiến đầu tư và các hoạt động tư vấn, dịch vụ hỗ trợ đầu tư,... trong KCN tỉnh Bắc Ninh, đến nay Trung tâm đã ngày càng mở rộng phát triển các hoạt động mang lại nguồn thu lớn cho Trung tâm như đào tạo và giới thiệu việc làm, hoạt động tư vấn, thi công, quản lý dự án. Điều đó thể hiện qua bảng số liệu về nguồn thu của Trung tâm trong giai đoạn 2016-2018, nguồn thu chiếm tỷ trọng lớn của trung tâm thuộc về hoạt động tư vấn, thi công, quản lý dự án (59- 71%). Với kết quả thu khả quan từ các hoạt động sự nghiệp nên Trung tâm đã nâng dần khả năng tự chủ tài chính, giảm dần mức độ phụ thuộc vào nguồn thu từ kinh phí nhà nước. Bằng chứng giai đoạn 2016 - 2018, nguồn thu từ kinh phí nhà nước chiếm tỷ lệ thấp và có xu hướng giảm dần trong giai đoạn này. Năm 2016, kinh phí NSNN cấp cho trung tâm là 1,8 tỷ đồng, năm 2017 giảm xuống 1,6 tỷ đồng. Mức kinh phí được cấp này tiếp tục giảm còn 1,5 tỷ đồng năm 2018.