* Hạn chế:
- Giám định điện tử hiện nay đang gặp vướng mắc trong kiểm tra dữ liệu BHYT, việc điều chỉnh thông tin, cấp đổi thẻ bị gián đoạn… gây khó khăn cho cơ quan bị xuất toán và bức xúc cho người bệnh. Bên cạnh đó, hệ thống văn bản quy phạm pháp luật và văn bản hướng dẫn thực hiện chưa đồng bộ cũng là một khó khăn đáng kể cho thanh toán chi phí khám, chữa bệnh.
- Những chính sách về KCB BHYT, giá dịch vụ KCB liên tục thay đổi mặc dù đã được triển khai tập huấn nhưng khi đi vào thực hiện các khoa phòng vẫn còn lúng túng.
- Công tác kiểm soát định mức tiêu hao vật tư y tế chưa được chặt chẽ. - Phòng khám chưa xây dựng được phác đồ điều trị chuẩn của phòng khám dẫn đến những chi phí KCB vẫn bị bảo hiểm xuất toán với nguyên nhân chỉ định không phù hợp với chẩn đoán.
- Do hoạt động của các bộ phận còn rời rạc, chưa có sự kết nối chặt chẽ giũa các phòng ban.
- Việc áp dụng mức giá KCB mới đang gặp nhiều khó khăn. Thứ nhất, phòng khám không thể công khai giá bằng bảng biển vì dịch vụ y tế quá nhiều, thay vào đó chỉ công khai trên một cuốn sổ để ở phòng khám. Thứ hai, do có 2 mức giá khác nhau (giữa bệnh nhân có thẻ BHYT và bệnh nhân không thẻ)
-BHXH cần sớm có văn bản hướng dẫn trong trường hợp bệnh nhân có thẻ BHYT khi cấp cứu không mang theo thẻ, vài ngày sau mới có nên phải điều chỉnh lại giá, rất phức tạp và không phù hợp với yêu cầu đẩy dữ liệu trong ngày của BHXH.
- Kinh tế xã hội phát triển, đời sống nhân dân được nâng cao đồng nghĩa với tăng nhu cầu chăm sóc sức khỏe. Vì vậy, để đáp ứng được nhu cầu chăm sóc sức khỏe, và khám chữa bệnh ngày càng cao của nhân dân đòi hỏi phòng khám phải nâng cao chất lượng dịch vụ khám, chữa bệnh để đáp ứng nhu cầu.
- Phòng khám đã chú trọng nâng cấp và trang bị mới những phần thiết yếu cho hệ thống công nghệ thông tin rất nhiều nhưng sự phát triển mạnh mẽ của phòng khám kéo theo nhu cầu ứng dụng công nghệ thông tin ngày càng lớn và đổi mới công nghệ diễn ra liên tục, nên hiện tại cơ sở hạ tầng và hệ thống phần cứng cũng như hệ thống các phần mềm bổ trợ, tiện ích khác vẫn chưa đáp ứng được nhu cầu thực tế.
- Khả năng ứng dụng tin học của các nhân viên điều dưỡng hành chính còn thấp. Do áp lực công việc của họ lớn vừa phải đảm nhiệm công tác chuyên môn vừa phải lập các bảng kê chi phí KCB cho người bệnh dẫn đến công việc bị quá tải.
- Chất lượng đội ngũ cán bộ còn non trẻ thiếu kinh nghiệm chưa đáp ứng yêu cầu thực tế về quản lý thanh toán.