Tình trạng thất thu doanh thu khoán có nhiều nguyên nhân: Thứ nhất thất thu do không điều chỉnh doanh thu kịp thời, chưa bám sát sự biến động của thị trường, cán bộ chưa bám sát sự biến động của giá cả, hoạt động kinh doanh của các hộ. Chỉ khi nào Lãnh đạo Chi cục yêu cầu rà soát doanh thu mới đưa hộ vào điều chỉnh doanh thu. Thứ hai thất thu do việc xác định doanh thu tính thu thuế chưa phù hợp với mức độ kinh doanh thực tế. Thường mức khoán doanh thu được xác định trên cơ sở điều tra và hiệp thương giữa cán bộ thuế và người kinh doanh. Trong trường hợp cơ sở kinh doanh không chấp nhận hiệp thương thì cán bộ thuế mới có quyền ấn định doanh thu khoán trên cơ sở đã điều tra. Như vậy không có một cơ sở nào để xác định doanh thu tính thuế là phù hợp với thực tế kinh doanh mà hoàn toàn tùy thuộc vào ý muốn chủ quan của cán bộ thuế. Chính vì mức doanh thu khoán không được xác định chính xác nên đã làm thất thoát tiền thuế.
Xác định công tác quản lý nợ và cưỡng chế nợ thuế là một trong những thách thức lớn trong năm 2018 nên ngay từ những ngày đầu tháng 1/2018, Chi cục thuế đã tham mưu UBND Huyện thành lập Ban chỉ đạo đôn đốc thu hồi nợ đọng thuế để chỉ đạo các đơn vị, phòng ban, UBND các xã, thị trấn triển khai quyết liệt các biện pháp nhằm phấn đấu thu hồi các khoản nợ thuế, phí vào NSNN. Tập trung rà soát, chuẩn hóa cơ sở dữ liệu nợ; thực hiện phân loại chính xác số tiền nợ theo từng tiêu chí để thực hiện tốt các biện pháp đôn đốc, cưỡng chế thu hồi nợ đọng theo đúng quy định và theo chỉ đạo của Cục Thuế; Nắm bắt, phân tích thực trạng tình hình hoạt động của các doanh nghiệp nợ thuế (đặc biệt là các đơn vị nợ dưới 90 ngày) để tập trung đôn đốc và cưỡng chế nợ kịp thời, hiệu quả; Kiên quyết áp dụng các biện pháp đôn đốc, cưỡng chế nợ đọng thuế, nhất là biện pháp cưỡng chế thông báo hóa đơn không còn giá trị sử dụng; phối hợp với các đài truyền thanh huyện, các xã, thị trấn công khai trên phương tiện thông tin đại chúng và trang web của cơ quan Thuế danh sách các đơn vị nợ thuế.