a) Về cơ chế
Cơ chế, chính sách do cơ quan nhà nước ban hành trong lĩnh vực quản lý ngân sách NSNN còn thiếu đồng bộ và chưa chặt chẽ; các văn bản hướng dẫn dưới luật như Nghị định, thông tư…còn chậm, chưa kịp thời, trong khi luật mới đã có hiệu lực (ví dụ: Luật NSNN số 83/2015/QH13 ngày 25 tháng 6 năm 2015, có hiệu lực thi hành từ ngày 01/01/2017; nhưng đến nay vẫn chưa có Thông tư mới hướng dẫn mà vẫn thực hiện theo Thông tư số 161/2012/TT-BTC ngày 02/10/2012 của Bộ Tài chính quy định chế độ kiểm soát, thanh toán các khoản chi NSNN qua KBNN; Thông tư số 39/2016/TT-BTC ngày 01/3/2016 của Bộ Tài chính sửa đổi, bổ sung một số điều Thông tư 161/2012/TT-BTC); Các văn bản quy định chế độ chi NSNN đối với các đơn vị mặc dù đã được bổ sung, sửa đổi nhiều lần nhưng vẫn chưa đầy đủ, thiếu đồng bộ và chưa bao quát hết các đòi hỏi của thực tiễn của các nghiệp vụ kinh tế phát sinh, ảnh hưởng đến hiệu quả hoạt động NSNN và kiểm soát chi ngân sách của hệ thống KBNN.
Các văn bản quy định chế độ kiểm soát chi thường xuyên còn chồng chéo, đôi khi mâu thuẫn nhau; nội dung quy định chưa cụ thể, còn chung chung thiếu thống nhất, chưa bao quát hết các nội dung, còn sơ hở để các đơn vị sử dụng NSNN có cơ hội lợi dụng và khó khăn cho cơ quan kiểm soát chi (ví dụ: Thông tư số 92/2017/TT-BTC ngày 18/9/2017 quy định về lập dự toán, phân bổ và quyết toán kinh phí thực hiện sửa chữa, bảo trì, cải tạo, nâng cấp, mở rộng cơ sở vật chất, theo đó quy định khi sửa chữa,cải tạo đơn vị chủ đầu tư phải lập dự toán (đối với công trình có giá trị từ 500 triệu đồng trở xuống) nhưng kiểm soát thanh toán của kho bạc lại quy định thực hiện kiểm soát như chi thường xuyên theo Thông tư số 161/2012/TT-BTC ngày 02/10/2012 và Thông tư số 39/2016/TT-
BTC ngày 01/3/2016 của bộ Tài chính, theo đó kho bạc không kiểm soát dự toán được duyệt (không quy định đơn vị gửi dự oán công trình đến kho bạc).
b) Về định mức, chi tiêu
Hệ thống tiêu chuẩn, định mức chi ngân sách được sửa đổi liên tục tuy nhiên nhiều lĩnh vực còn thiếu hoặc đã được ban hành từ lâu hiện không còn phù hợp với thực tế nhưng chưa được sửa đổi kịp thời. Những bất cập này đã làm ảnh hưởng đến việc áp dụng các tiêu chuẩn định mức làm căn cứ xây dựng dự toán của các đơn vị sử dụng ngân sách và kiểm soát chi đối với cơ quan thực hiện kiểm soát chi NSNN.