Theo quy định tại Điều 15 và Điều 18 của Nghị định số 56/2009/NĐ-CP ngày 30/6/2009 của Chính phủ, Cục Phát triển doanh nghiệp thuộc BKHĐT, các SKHĐT địa phương có chức năng, nhiệm vụ quản lý nhà nước về trợ giúp phát triển DNNVV; làm đầu mối phối hợp với các cơ quan liên quan xây dựng chương trình, kế hoạch trợ giúp phát triển DNNVV, trình cấp có thẩm quyền phê duyệt, ban hành và chỉ đạo tổ chức thực hiện. Như vậy, chức năng quản lý nhà nước đối với DNNVV được giao thống nhất về một đầu mối, thuận lợi cho quá trình triển khai thực hiện các chính sách hỗ trợ doanh nghiệp cũng như tạo điều kiện cho doanh nghiệp dễ dàng liên hệ, trao đổi, tránh tình trạng phân tán, trùng lặp gây lãng phí.
Ngoài ra, theo Nghị định số 56/2009/NĐ-CP, để ban hành và thực hiện có hiệu quả các cơ chế, chính sách khuyến khích phát triển DNNVV, TTCP có một kênh tư vấn quan trọng là Hội đồng khuyến khích phát triển DNNVV (thành lập theo Quyết định số 1918/QĐ-TTg ngày 20/10/2010 của TTCP). Đây cũng là điểm mới để huy động tối đa nguồn lực tham mưu với Chính phủ hoạch định các chính sách có tính thực tiễn cao nhằm tạo dựng môi trường thuận lợi để phát triển DNNVV.
Để nâng cao năng lực đơn vị thực hiện trợ giúp phát triển DNNVV, ngày 12/3/2015, TTCP đã ban hành Quyết định số 265/QĐ-TTg phê duyệt Đề án tăng cường năng lực đơn vị thực hiện trợ giúp phát triển doanh nghiệp nhỏ và vừa, với mục tiêu là hình thành hệ thống các đơn vị thực hiện trợ giúp phát triển DNNVV ở Trung ương và địa phương; tăng cường năng lực cho các tổ chức này nhằm thực hiện tốt
chức năng, nhiệm vụ được giao.
Bên cạnh những kết quả đạt được, hoạt động của hệ thống tổ chức trợ giúp phát triển DNNVV cũng có những hạn chế, vướng mắc. Các quy định pháp luật về chức năng, nhiệm vụ, cơ cấu tổ chức của các đơn vị thực hiện trợ giúp phát triển DNNVV còn bất cập. Việc quy định rõ chức năng, nhiệm vụ của BKHĐT, SKHĐT trong hoạt động trợ giúp phát triển DNNVV còn chậm. Thông tư liên tịch số 05/2009/TTLT- BKHĐT-BNV ngày 05/8/2009 hướng dẫn chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của cơ quan chuyên môn về lĩnh vực kế hoạch và đầu tư thuộc Ủy ban nhân dân cấp tỉnh, cấp huyện chưa có quy định nào đề cập đến chức năng, nhiệm vụ của SKHĐT làm đầu mối trợ giúp phát triển DNNVV trên địa bàn…
Thực tế cho thấy phần lớn các địa phương giao cho đơn vị cấp phòng kiêm nhiệm (trực thuộc SKHĐT), một số địa phương thành lập trung tâm là đơn vị sự nghiệp công lập, trực thuộc SKHĐT, một số ít địa phương giao cho Trung tâm thuộc UBND cấp tỉnh thực hiện. Về đội ngũ cán bộ, các đơn vị được giao nhiệm vụ triển khai chính sách trợ giúp phát triển DNNVV thuộc ngành Kế hoạch và Đầu tư chỉ có tổng số khoảng 200 cán bộ, trong khi đó phần lớn là kiêm nhiệm, nên việc bố trí thời gian cho việc triển khai thực hiện còn hạn chế.
Ngoài ra, trên thực tế có rất nhiều các tổ chức, hiệp hội đại diện cho DNNVV, các tổ chức, hiệp hội này đã có nhiều hoạt động bảo vệ quyền, lợi ích hợp pháp của các DNNVV trong ngành, lĩnh vực, địa bàn phụ trách. Tuy nhiên, chưa có quy định rõ ràng về quyền, nghĩa vụ của các tổ chức, hiệp hội này trong thực hiện các hoạt động trợ giúp phát triển DNNVV.