2.3.2.1. Hạn chế trong lập dự toán ngân sách
Công tác lập dự toán ở thành phố tuy đã có những tiến bộ trong thời gian qua những vần tồn tại những hạn chế cần khắc phục đó là:
Thứ nhất, do có sự chuyển đổi một số điều trong luật ngân sách nhà nước mới, nên một số đơn vị còn rất lúng túng trong triển khai thực hiện, một số đơn vị còn chưa thực sự coi trọng công tác lập dự toán, dự toán lập chưa sát với tình hình thực tế ở đơn vị, chưa đúng với nhiệm vụ và chế độ do nhà nước quy định, nhiều bản dự toán không hợp pháp, hợp lệ vẫn được gửi ra KBNN do đơn vị không hiểu các quy định về quy trình, thủ tục phê duyệt và giao dự toán, không có khả năng tự kiểm tra, điều này đã gây ảnh hưởng đến công tác lập dự toán chung của thành phố, làm giảm chất lượng dự toán ngân sách thành phố, làm chậm tiến độ và mất thời gian.
Thứ hai, trong việc giao và phân bổ dự toán, đôi lúc dự toán không được giao hết theo quy định của luật ngân sách nhà nước, việc phân bổ dự toán cho các đơn vị thụ hưởng đôi lúc còn chậm trễ.
2.3.2.2. Hạn chế trong chấp hành chi ngân sách
Về quản lý và điều hành chi ngân sách: Tồn tại lớn nhất là chi vượt dự toán, chi dự toán năm sau cao hơn năm trước, chi sai chế độ định mức, vẫn tồn tại tình trạng một số đơn vị thuộc ngân sách thành phố chi không đúng nguồn, không đúng mục đích và không đúng nhiệm vụ được giao.
Ngoài ra, phần chi bổ sung cho ngân sách xã còn chiếm tỷ trọng khá lớn trong tổng chi ngân sách thành phố, các khoản chi xin bổ sung qua các năm vẫn có tình trạng tăng.
2.3.2.3. Hạn chế trong công tác kế toán và quyết toán ngân sách
Tồn tại chủ yếu trong công tác kế toán và quyết toán ngân sách tại thành phố Cao Bằng là việc chấp hành chế độ hoá đơn chứng từ không đảm bảo quy định vẫn được thanh quyết toán. Hạch toán thiếu các khoản thu chi phát sinh hoặc không đúng tài khoản dẫn đến việc xử lý sai chế độ.
Không xử lý giải quyết dứt điểm các khoản công nợ, nhiều đơn vị công nợ luỹ kế kéo dài nhiều năm. Báo cáo quyết toán ở một số đơn vị chưa đầy đủ mẫu biểu và không đảm bảo tính chính xác, thời gian nộp báo cáo quyết toán còn chậm so với quy định.
Báo cáo QT của các cơ quan tài chính lập gửi HĐND thường thuyết minh sơ sài, chỉ trình bày con số mà chưa trình bày và phân tích cụ thể các chỉ tiêu báo cáo quyết toán vì vậy mà còn gây nhiều khó khăn cho công tác thẩm định quyết toán của HĐND.
2.3.2.4. Hạn chế trong công tác thanh tra, kiểm tra quản lý chi ngân sách nhà nước
Công tác thanh tra, kiểm tra trong quản lý chi NSNN từ khâu lập dự toán chi NSNN do Phòng tài chính - kế hoạch đảm nhận còn nặng chỉ tiêu phân bổ dự toán cho các đơn vị và chế độ, tiêu chuẩn, định mức hướng dẫn có phần chung chung. Do vậy, việc kiểm tra từ khâu lập dự toán cũng có phần chủ quan, áp đặt, chưa quan tâm xem xét đúng mức dự toán của các đơn vị, nên dự toán được duyệt ở một số đơn vị chưa phù hợp, khả thi và hiệu quả.
Đôi khi các cơ quan thanh kiểm tra gây ách tắc công việc của các đơn vị, sự phối hợp giữa các cơ quan thanh kiểm tra cũng chưa tốt. Hiệu quả công tác thanh kiểm tra chưa cao.
Ngoài ra còn thiếu tính động viên khuyến khích, khen thưởng đối với những đơn vị hay cá nhân thực hiện tốt việc quản lý chi ngân sách tại các đơn vị thụ hưởng ngân sách và còn hạn chế trong việc nhân rộng điển hình quản lý chi NSNN giỏi.
Công tác xử lý vi phạm chú trọng từ khâu xuất toán các chứng từ chưa hợp lệ đến việc kiến nghị xử lý vi phạm hành chính, hình sự. Tuy nhiên, trong công tác xử lý vẫn còn nhẹ chưa được minh bạch, nhiều khi còn mang tính chủ quan cá nhân, nể nang.