Phương thức thực hiện quyền KNHC của công dân là cách thức mà công dân sử dụng để phản ứng lại các quyết định hành chính, hành vi hành chính được ban hành hoặc thực hiện trong quá trình thực thi quyền hành pháp khi công dân cho rằng các quyết định hành chính, hành vi hành chính đó xâm phạm đến quyền và lợi ích
hợp pháp của mình. Để bảo đảm công dân thực hiện quyền KNHC, Nhà nước phải có trách nhiệm tổ chức các hình thức tiếp nhận, xem xét và giải quyết các yêu cầu của công dân, đồng thời phải khẳng định tính hợp pháp, hợp lý của các quyết định hành chính và hành vi hành chính. Có hai hình thức để tổ chức, cá nhân thực hiện quyền KNHC là KNHC đến cơ quan, cá nhân trong các cơ quan hành chính và KNHC đến tòa án (hay còn gọi là khiếu kiện hành chính). Các phương thức này được quy định trong hệ thống pháp luật và đi liền với nó là các thủ tục pháp lý tương ứng để bảo đảm thực hiện quyền KNHC của công dân.
Khiếu kiện hành chính là việc cá nhân, tổ chức yêu cầu Tòa án có thẩm quyền xem xét và ra phán quyết về tính hợp pháp của các quyết định hành chính, hành vi hành chính. Theo phương thức này, quyền KNHC được thực hiện bằng thủ tục tư pháp trên cơ sở thực hiện quyền tư pháp mà cụ thể là quyền xét xử hành chính được trao cho Tòa án. Việc thực hiện quyền KNHC bằng thủ tục tư pháp có thể độc lập, khách quan hơn so với thủ tục hành chính.
Khiếu nại hành chính đến cơ quan, cá nhân trong các cơ quan hành chính là việc tổ chức, cá nhân yêu cầu cơ quan, tổ chức, cá nhân có thẩm quyền xem xét tính hợp pháp, hợp lý của các quyết định hành chính, hành vi hành chính. Theo phương thức này, quyền KNHC của công dân thực hiện và bảo vệ bằng thủ tục hành chính. Đó là toàn bộ trình tự thực hiện quyền KNHC và các thiết chế, trình tự giải quyết hành chính của cá nhân, tổ chức, thực hiện bởi các cơ quan được trao quyền hành pháp và chủ yếu là các cơ quan hành chính nhà nước.
Theo quy định của Luật Khiếu nại 2011 (Điều 8), việc khiếu nại được thực hiện bằng đơn khiếu nại hoặc khiếu nại trực tiếp. Trường hợp khiếu nại được thực hiện bằng đơn thì trong đơn khiếu nại phải ghi rõ ngày, tháng, năm khiếu nại; tên, địa chỉ của người khiếu nại; tên, địa chỉ của cơ quan, tổ chức, cá nhân bị khiếu nại; nội dung, lý do khiếu nại, tài liệu liên quan đến nội dung khiếu nại và yêu cầu giải quyết của người khiếu nại. Đơn khiếu nại phải do người khiếu nại ký tên hoặc điểm chỉ. Trường hợp người khiếu nại đến khiếu nại trực tiếp thì người tiếp nhận khiếu nại hướng dẫn người khiếu nại viết đơn khiếu nại hoặc người tiếp nhận ghi lại việc
khiếu nại bằng văn bản và yêu cầu người khiếu nại ký hoặc điểm chỉ xác nhận vào văn bản, trong đó ghi rõ nội dung theo quy định.
Đối với vụ việc nhiều người đến khiếu nại trực tiếp (phổ biến đối với khiếu nại đất đai, bồi thường, tái định cư) thì cơ quan có thẩm quyền tổ chức tiếp và hướng dẫn người khiếu nại cử đại diện để trình bày nội dung khiếu nại; người tiếp nhận khiếu nại ghi lại việc khiếu nại bằng văn bản, trong đó ghi rõ nội dung theo quy định. Trường hợp nhiều người khiếu nại bằng đơn thì trong đơn phải ghi rõ nội dung quy định, có chữ ký của những người khiếu nại và phải cử người đại diện để trình bày khi có yêu cầu của người giải quyết khiếu nại.
Trường hợp nhiều người (từ 5 người trở lên) cùng khiếu nại về cùng một nội dung thì người tiếp công dân yêu cầu những người khiếu nại cử đại diện trình bày về nội dung vụ việc với người tiếp công dân. Việc cử người đại diện được thực hiện như sau: trong trường hợp từ 5 đến 10 người đến thì cử 1 hoặc 2 người đại diện; trường hợp từ 10 người trở lên thì số người đại diện nhiều hơn, nhưng tối đa không quá 5 người. Người tiếp công dân có trách nhiệm tiếp nhận các tài liệu, ghi chép đầy đủ ý kiến trình bày về nội dung khiếu nại của người đại diện, đọc lại cho người đại diện nghe và yêu cầu ký xác nhận.
Sau khi nghiên cứu, nếu vụ việc thuộc thẩm quyền giải quyết của cơ quan, người tiếp công dân báo cáo với Thủ trưởng cơ quan để thụ lý giải quyết. Trường hợp nội dung khiếu nại không thuộc thẩm quyền giải quyết của cơ quan mình thì người tiếp công dân báo cáo với Thủ trưởng cơ quan để chuyển vụ việc cho cơ quan có thẩm quyền giải quyết. Trường hợp nội dung khiếu nại không thuộc thẩm quyền thì người tiếp công dân hướng dẫn công dân khiếu nại đến cơ quan có thẩm quyền.
Trường hợp khiếu nại phức tạp có nhiều nội dung, thuộc trách nhiệm của nhiều ngành, nhiều cấp, đã qua nhiều cơ quan xem xét, giải quyết hoặc khiếu nại, có rất nhiều người tham gia, thái độ gay gắt, bức xúc thì người tiếp công dân phải kịp thời nắm bắt về nội dung cơ bản của vụ việc; yêu cầu của người khiếu nại; các thông tin về nhân thân những người đại diện trong việc khiếu nại. Báo cáo kịp thời diễn biến về việc khiếu nại và xin ý kiến chỉ đạo của thủ trưởng cơ quan. Trường
hợp cần thiết đề nghị Thủ trưởng cơ quan yêu cầu cơ quan có thẩm quyền nơi xảy ra vụ việc cung cấp thông tin về nguồn gốc, diễn biến, quá trình giải quyết vụ việc và những thông tin cần thiết khác có liên quan đến nội dung vụ việc. Trường hợp vụ việc phức tạp, đã qua nhiều lần, nhiều cấp giải quyết mà công dân vẫn còn khiếu nại thì đề nghị chính quyền địa phương, cơ quan nơi xảy ra vụ việc cử cán bộ có thẩm quyền cùng phối hợp tiếp công dân.
Trường hợp những người khiếu nại có hành vi kích động, gây rối trật tự hoặc đe dọa đối với người tiếp công dân thì Thủ trưởng cơ quan phải kịp thời tăng cường người tiếp công dân và yêu cầu cơ quan chức năng có biện pháp xử lý kịp thời.