Hệ thống cơ quan QLNN về BVR nằm trong hệ thống cơ quan QLNN nói chung và đƣợc tổ chức thống nhất từ trung ƣơng tới địa phƣơng với cơ cấu tổ chức nhƣ sau:
- Chính phủ là cơ quan thống nhất QLNN về BVR.
- Bộ NN&PTNT chịu trách nhiệm trƣớc Chính phủ thực hiện QLNN về BVR trên phạm vi toàn quốc.
- Bộ TN&MT, Bộ Công an, Bộ Quốc phòng và các bộ, cơ quan ngang bộ trong phạm vi nhiệm vụ, quyền hạn của mình có trách nhiệm phối hợp với Bộ NN&PTNT thực hiện QLNN về BVR.
- UBND các cấp (tỉnh, huyện, xã) có trách nhiệm thực hiện QLNN về BVR tại địa phƣơng theo thẩm quyền. [21]
Các cơ quan QLNN trong lĩnh vực BVR có thể đƣợc phân loại thành 2 nhóm, gồm (i) cơ quan QLNN có thẩm quyền chung và (ii) cơ quan QLNN có thẩm quyền chuyên ngành. Trong đó, nhóm (i) gồm Chính phủ và UBND các cấp, còn nhóm (ii) đƣợc tổ chức thống nhất từ trung ƣơng đến cấp huyện gồm:
- Cơ quan thực hiện QLNN chuyên ngành về BVR ở Trung ƣơng là Bộ NN&PTNT với cơ quan giúp việc là Tổng cục Lâm nghiệp.
- Cơ quan giúp UBND cấp tỉnh thực hiện QLNN chuyên ngành về BVR là Sở NN&PTNT.
- Cơ quan giúp UBND cấp huyện thực hiện QLNN chuyên ngành về BVR là Phòng NN&PTNT và Hạt Kiểm lâm.
- Cấp xã (nơi có rừng) có cán bộ lâm nghiệp chuyên trách giúp Chủ tịch UBND cấp xã thực hiện nhiệm vụ chuyên môn về BVR. [24]
Trong hệ thống cơ quan QLNN có thẩm quyền chuyên ngành về BVR, bên cạnh Bộ NN&PTNT, Sở NN&PTNT và Phòng NN&PTNT còn có cơ
quan chuyên trách về công tác BVR với cơ cấu tổ chức nhƣ sau:
- Ở Trung ƣơng: Cục Kiểm lâm trực thuộc Tổng cục Lâm nghiệp - Bộ NN&PTNT.
- Ở cấp tỉnh: Chi cục Kiểm lâm trực thuộc Sở NN&PTNT.
- Ở cấp huyện: Hạt Kiểm lâm trực thuộc Chi cục Kiểm lâm. Hạt Kiểm lâm quản lý công chức kiểm lâm địa bàn xã.
- Ở Vƣờn Quốc gia có diện tích từ 7.000 ha trở lên, Khu Bảo tồn thiên nhiên, Khu RĐD khác có diện tích từ 15.000 ha trở lên, Khu RPH đầu nguồn có diện tích từ 20.000 ha rừng trở lên và có nguy cơ bị xâm hại cao, có thể thành lập Hạt Kiểm lâm RĐD, Hạt kiểm lâm RPH theo quy định của pháp luật. [21], [28], [44]