3. Ý nghĩa khoa học và thực tiễn
3.5. Kết quả giải trình tự Gen HA chủng H5N6 phân lập được tại huyện Quảng Ninh
Dịch tễ học phân tử không phải là một khái niệm quá mới, với đặc tính biến đổi liên tục của vi rút cúm gia cầm luôn là bài toán khó với những nhà nghiên cứu, các công ty sản xuất vắc xin. Do đó việc nghiên cứu sự biến đổi của các chủng vi rút cúm gia cầm theo thời gian và không gian là điều hết sức cần thiết.
3.5.1. Đánh giá kết quả thực hiện giải trình tự
Tại Quảng Ninh, sau 8 tháng thực hiện giám sát (Lấy mẫu swab hầu họng gia cầm) chúng tôi thu được 01 mẫu dương tính. Mẫu được tiến hành giải trình tự tại công ty 1st Base. Quy trình thực hiện được tiến hành bằng phương pháp bằng phương pháp Sanger dideoxy sequencing. Kết quả giải trình tự được trích xuất dưới dạng mặc định (*ab1) được đọc bằng phần mềm Bioedit. Qua hình 3.6 và 3.7 giản đồ trình tự tự động chúng ta có thể đánh giá được việc thực hiện của Hãng:
Hình 3.6. Giản đồ giải trình tự tự động đoạn Gen H5 với primer Forward của chủng LC376800 BIO TRACE BioEdit v ersion 7.0.5.3 (10/28/05) Model 3730 KB.bcp 6258000-04 6258002-04 6258003-03 6258005-00 File: 1s t_BASE_3058149_QN53_2_primer_2R.ab1 3058149_QN53_2_primer_2R Lane 93 Signal G:1341 A:1782 T:2805 C:2342 KB_3730_POP7_BDTv3.mob ?? no 'MTXF' field Points 2047 to 18360 A ACTGTA TG 10 CACT TCTGCA 2 0 T TGTACGAC C 30 CAT TG GAGCA 40 CATC CATA A A 50 GATAGAC CAG 60 C CACA ATGAT 70 TGC CAGTGCT 8 0 AG G GA ACTCG 90 C CACTGT TGA 100 ATA A AT TGAC 110 AGTAT T TG G T TCT TC 16 0 CCT T T T TA AT 170 CT TGC CTCT T 180 CTGA ATACTG 190 G G GATAGTCA 20 0 TACGTC C CAT 2 10 T TCT TACACT 220 T TC CATACAT 230 TCAT TATCAC 2 40 AT T TATGATA 2 50 GA ACTCGA A A 260 CA AC CAT TAC 2 70 CTAGCT TCATA A AG G 320 T TCT T TACAT 330 T TGA ATCGTG 3 40 A A A ATCTA A A 350 GT TCTCTCAT 360 T T TC CATGAG 370 A ACTA A A AGT 380 TCAGCAT TGT 3 90 A AGTC CAGAC 400 ATCTAG GAAT 410 C CGTCT TC CA 42 0 T T T TCT TAT T 43 0 TA A AT TC ACG GC CT 480 CA A AT TGAGT 490 GT TCAT T T TG 500 C CGAT TATCG 510 AGT TGAC CT T 520 AT TG GTA ACT 530 C CATCTAT TG 540 C CT T T TG G GT 550 G GAT TCTCTG 56 0 TCTGCAGCGT 570 AC C CACTC C C 580 CTGT TCAT TG 590 CTATG GTG G TC C CTC 640 TATGA AC C CT 650 GCTATAGCTC 660 CA A ATAGTC C 6 70 TCTCT T TCT T 680 CT TCT T TCTC 690 T TA A AG GACT 700 AT T TCTGAGT 7 10 C CAGTCGCA A 720 G GACTA AT T T 730 GT T TGAT T TC 740 ACGTAT T TG G 750 G GCACTC ATACTAGAG 8 00 T T TATCGC C C 810 CTAT TG GAGT 8 20 T TGACAT T TG 830 GTGT TGCAGT 840 G GC CATAT TC 850 CAT T TCACT T 8 60 T TCATA AT TG 870 T TGAGTCCT T 88 0 T TCTCTGTA A 890 A A A AG G
Hình 3.7. Giản đồ giải trình tự tự động đoạn Gen H5 với primer Reverse của chủng LC376800
Chúng tôi đã thực hiện giải trình tự 4 lần: 2 lần thực hiện tinh sạch với primer Forward và 2 lần chạy với primer Reverse. Kết quả trình của 4 lần sẽ được xử lý bằng phần mềm Bioedit để xác định được một trình tự chính xác hơn.
Qua hình 3.6 và 3.7 ta có thể thấy việc giải trình tự mẫu thực hiện tinh sạch với primer Forward không tốt, tín hiệu giải trình (thể hiện qua đường cong) các Nucleotic không đồng đều. Kết quả giải trình tự thực hiện mẫu đã tinh sạch bằng prime Reverse rất tốt thể hiện qua sự đồng đều của tín hiệu giải trình . Các giá trị không quá cao hoặc không quá thấp ở phần giữa của trình tự. Đây là đánh giá ban đầu thể hiện sự chính xác trong việc xác định trình tự chính xác của Chủng phân lập trước khi được chấp nhận đưa lên Gen Bank. Qua so sánh kết quả giải trình tự của mẫu bằng 2 primer ta có thể nhận thấy primer Reverse cho ra kết quả tốt hơn, việc tinh sạch bằng prime Reverse phù hợp hơn với Gen H5 của chủng phân lập tại huyện Quảng Ninh, tỉnh Quảng Bình.
Kết quả được đăng tải trên gen bank: Chủng LC376800
Trình tự Nucleotic ORIGIN
1 atggagaaaa tagtgcttct tcttgcagtg gttagccttg ttaaaagtga tcagatttgc 61 attggttacc atgcaaacaa ctcgacagag caggttgaca cgataatgga aaaaaacgtc 121 actgttacac atgcccaaga catactggaa aagacacaca acgggaggct ctgcgatctg 181 aatggagtga aacctctgat tttaaaggat tgtagtgtag ctggatggct tcttggaaac 241 ccaatgtgcg acgaattcat cagagtgccg gaatggtctt acatagtgga gaggactaac 301 ccagccaatg acctctgtta cccagggaac ctcaatgact atgaagaact gaaacaccta 361 ttgagcagaa taaatcattt tgagaagact ctgatcatcc ccaagagttc ttggcccaat 421 catgaaacat catcaggggt gagcgcagca tgcccatacc agggagtgcc ctcctttttc 481 agaaatgtgg tatggcttac caagaagaac gatgcatacc caacaataaa gatgagctac 541 aataatacca atggggaaga tcttttgata ctgtggggga ttcatcattc caacaatgaa 601 gcagagcaga caaatctcta taaaaaccca accacctatg tttccgttgg gacatcaaca 661 ttaaaccaga gattggtgcc aaaaatagct actagatccc aagtaaacgg gcaacaagga 721 agaatggatt tcttctggac aattttaaaa ccgaatgatg caatccactt tgagagtaat 781 ggaaatttta ttgctccaga atatgcatac aaaatagtca agaaagggga ctcaacaatt 841 atgaaaagtg aaatggaata tggccattgc aacaccaaat gtcaaactcc aataggggcg 901 ataaactcta gtatgccatt ccacaatata caccctctca ccatcgggga gtgccccaaa 961 tacgtgaaat caaacaaatt agtccttgcg actgggctca gaaatagtcc tttaagagaa 1021 agaagaagaa aaagaggact atttggagct atagcagggt tcatagaggg aggatggcaa 1081 ggaatggtag atggttggta tgggtaccac catagcaatg aacaggggag tgggtacgct 1141 gcagacagag aatccaccca aaaggcaata gatggagtta ccaataaggt caactcgata 1201 atcgacaaaa tgaacactca atttgaggcc gttgggaggg agtttaataa cttagaacgg
1261 agaatagaga atttaaataa gaaaatggaa gacggattcc tagatgtctg gacttacaat 1321 gctgaacttt tagttctcat ggaaaatgag agaactttag attttcacga ttcaaatgta 1381 aagaaccttt atgacaaagt ccgactacag cttagggata atgcaaagga gctaggtaat 1441 ggttgtttcg agttctatca taaatgtgat aatgaatgta tggaaagtgt aagaaatggg 1501 acgtatgact atccccagta ttcagaagaa gcaagattaa aaagggaaga aataagcgga 1561 gtgaaattgg aatcaatagg aacttaccaa atactgtcaa tttattcaac agtggcgagt 1621 tccctagcac tggcaatcat tgtggctggt ctatctttat ggatgtgctc caatgggtcg 1681 ttacaatgca gaatttgcat ttaa
Trình tự được đối chiếu và đánh giá bằng lệnh Blast (NCBI) tìm kiếm những chủng đã được phân lập và đăng tải trình tự lên Genbank.
Qua hình 3.8 chúng ta có thể nhận thấy điểm sequence của chủng phân lập được tại huyện Quảng Ninh có điểm cao nhất (nhận dạng dể nhất), hiển thị màu đỏ tương ứng mức điểm >200. Chứng tỏ gen H5 chủng vi phân lập từ Quảng Ninh giống với nhiều trình tự gen H5 đã được đăng tải trên Genbank.