KSNB tại doanh nghiệp hữu hiệu chỉ có thể hạn chế tối đa các sai phạm chứ không thể đảm bảo rủi ro, gian lận và sai sót không xảy ra. Những hạn chế vốn có của KSNB bao gồm:
* Ban Giám đốc thường xuyên yêu cầu chi phí của một thủ tục kiểm tra không vượt quá những lợi ích mà kiểm tra đó mang lại.
* Phần lớn các KSNB thường tác động đến những nghiệp vụ lặp đi lặp lại mà không có tác động đến những giao dịch bất thường.
* Gian lận cũng có thể xảy ra do sự thông đồng giữa các nhân viên trong tổ chức với nhau hoặc với bên ngoài.
* KSNB khó ngăn cản được gian lận và sai sót của người quản lý cấp cao. Các thủ tục kiểm soát là do người quản lý đặt ra, nó chỉ kiểm tra việc gian lận và sai sót của nhân viên. Khi người quản lý cấp cao cố tình gian lận, họ có thể tìm cách bỏ qua các thủ tục kiểm soát cần thiết.
* Bất kì một hoạt động kiểm soát trực tiếp nào của KSNB cũng phụ thuộc vào yếu tố con người. Con người là nhân tố gây ra sai sót từ những hạn chế xuất phát từ bản thân như: vô ý, bất cẩn, sao lãng, đánh giá hay ước lượng sai, hiểu sai chỉ dẫn của cấp trên hoặc các báo cáo của cấp dưới.
* Nhà quản lý lạm quyền: Nhà quản lý bỏ qua các quy định kiểm soát trong quá trình thực hiện nghiệp vụ có thể dẫn đến việc không kiểm soát được các rủi ro và làm cho môi trường kiểm soát trở nên yếu kém.
* Những thay đổi của tổ chức, thay đổi quan điểm quản lý và điều kiện hoạt động có thể dẫn đến những hoạt động kiểm soát không còn phù hợp.