Một trong những nguyên nhân gây ra tình trạng thiếu nước tưới là do tỉ lệ thất thoát nước cao trong quá trình tưới. Vì vậy để nâng cao hiệu quả quản lý vận hành khai thác công trình thủy lợi cần liên tục theo dõi thường xuyên các công trình hiện có, phục vụ sản xuất theo hướng nâng cao giá trị gia tăng và phát triển bền vững, đảm bảo sử dụng
nước tiết kiệm, chủ động, linh hoạt trong hoạt động cấp nước tưới phục vụ nền sản xuất nông nghiệp đô thị, ưu tiên cấp nước cho các cây trồng chủ lực có giá trị cao, phát triển thủy sản bền vững; bảo đảm an toàn công trình, chủ động ứng phó với biến đổi khí hậu. Hoàn thiện hệ thống điều tiết nước hợp lý để giảm tổng lượng nước tưới, góp phần giảm chi phí quản lý, vận hành, khai thác hệ thống mà vẫn đảm bảo nhu cầu nước tưới phụ vụ sản xuất nông nghiệp
Kiểm tra, đánh giá hiện trạng công trình thường xuyên nhằm phát hiện các dấu hiệu hư hỏng của công trình. Quan trắc đo đạc các thông số kỹ thuật của công trình theo yêu cầu của thiết kế trong quá trình sử dụng. Kiểm định chất lượng công trình so với yêu cầu của thiết kế, quy chuẩn tiêu chuẩn kỹ thuật thông qua việc xem xét hiện trạng công trình bằng trực quan kết hợp với phân tích, đánh giá các số liệu thử nghiệm công trình. Các phòng ban, các xí nghiệp và các trạm, cụm quản phải kiểm tra giám sát và đánh giá thường xuyên công tác quản lý và vận hành công trình thủy lợi theo đúng kế hoạch, nhu cầu của người dân thuộc địa bàn.
Tuyên truyền, phổ biến pháp luật về bảo vệ công tình đến tận bà con nông dân để tổ chức bảo vệ, ngăn chặn những hành vi xâm phạm làm hư hỏng CTTL.
Đẩy mạnh công tác xử lý nghiêm và dứt điểm tình trạng vi phạm pháp lệnh và bảo vệ công trình thủy lợi. Tuyên truyền và vận động nhân dân bằng các phương tiện thông tin đại chúng về Luật Thủy lợi, treo băng rôn khẩu hiệu, hình ảnh minh họa... giúp người dân nâng cao nhận thức về pháp lệnh khai thác và bảo vệ CTTL từ đó ý thức và tự tháo dỡ các công trình, vật kiến trúc, cây cối vi phạm. Bên cạnh đó cần phải kiến quyết cuỡng chế, phối hợp với chính quyền địa phương để lập biên bản, đề nghị chính quyền giải tỏa, xử lý vi phạm phạt theo Nghị định số 139/2013/NĐ-CP ngày 22/10/2013 Quy định xử phạt vi phạm hành chính về khai thác và bảo vệ CTTL; đê điều, phòng, chống lụt, bão đối với các đối tượng cố tình vi phạm nhằm phục vụ lợi ích của cá nhân.
Có sự phối hợp chặt chẽ giữa Công ty và chính quyền địa phương nơi quản lý các công trình đó bằng cách thường xuyên cử cán bộ đi kiểm tra và phát hiện kịp thời các
tuần tra phát hiện vi phạm, lập biên bản các trường hợp vi phạm. Đồng thời phải có hình thức khuyến khích cộng đồng tự giám sát lẫn nhau, huy động cộng đồng hưởng lợi tham gia một cách tích cực và đầy đủ vào công tác quản lý và sử dụng các công trình thủy lợi tạo nên sự bền vững và hiệu quả mà công trình đó mang lại.
Xây dựng các trụ sở làm việc, nhà tập thể tạo môi trường làm việc thoải mái, có nơi ăn chốn ở đàng hoàng cho người lao động từ đó khuyến khích người lao động yên tâm công tác.