Hầu hết các công trình thủy lợi do Công ty quản lý được xây dựng và đưa vào vận hành khai thác đã nhiều năm nên đều đã bị xuống cấp. Mặc dù trong những năm qua nhiều tuyến kênh và công trình đầu mối được kiên cố hoá nhưng chủ yếu tập trung ở hệ thống công trình... còn các công trình khác chưa được đầu tư đồng bộ nên hiệu quả tưới chưa được nâng cao rõ rệt, đã có nhà quản lý nhưng hiện đã xuống cấp.
Chính quyền ở một số cơ sở chưa thường xuyên quan tâm đến công tác quản lý, khai thác công trình thuỷ lợi. Vẫn còn tư tưởng bao cấp về quản lý và tu sửa công trình thủy lợi ở cơ sở và ở trong người dân. Các đơn vị quản lý công trình cơ sở Tổ đội thủy nông, Hợp tác xã dịch vụ nước chưa được chính quyền địa phương quan tâm tổ chức chặt chẽ, cơ chế tài chính cho họat động chưa hợp lý nên người lao động không gắn bó với công việc. Ý thức của người dân trong việc bảo vệ hành lang công trình chưa cao, hiện tượng vi phạm hành lang công trình vẫn xảy ra ở một số địa phương.
Mặt khác do hiện tượng biến đổi khí hậu nên, trong những năm gần đây thời tiết có nhiều diễn biến bất thường. Tổng lượng mưa hàng năm trên địa bàn có xu hướng tăng dần, mưa lũ xảy ra dồn dập với thời gian ngắn và cường độ mạnh hơn, hiện tượng hạn hán sảy ra trên diện rộng và thường xuyên, một số công trình ngày càng xuống cấp. Việc đô thị hóa phát triển nhanh dẫn đến hiện tượng vi phạm lấn chiếm hành lang công
trình, hành lang kênh mương xảy ra thường xuyên và ngày càng diễn biến phức tạp làm ảnh hưởng tiêu cực đến việc vận hành, tích trữ nước và phòng lũ dẫn đến nguy cơ gây mất an toàn công trình.
Công ty còn khó khăn về kinh phí để duy tu, sửa chữa giữ cấp các công trình.
Tình trạng thiếu lao động lành nghề: Tại đây, tỷ lệ quá thấp của lao động có trình độ lành nghề cao đã gây ra khó khăn lớn cho các doanh nghiệp trong việc tuyển nhân viên, đặc biệt là các chuyên viên, cán bộ quản lý giỏi hoặc công nhân kỹ thuật lành nghề.