Cục Hải quan tỉnh Lạng Sơn trực thuộc Tổng cục Hải quan, là cơ quan Trung ương đóng trên địa bàn, thực hiện chức năng quản lý nhà nước về Hải quan trên địa bàn tỉnh Lạng Sơn. Hải quan Lạng Sơn được thành lập năm 1953 theo Thông tư số 238-TTg của Thủ tướng Chính phủ. Trong hai cuộc chiến tranh chống thực dân Pháp và chống đế quốc Mỹ, Hải quan Lạng Sơn đã thực hiện tốt nhiệm vụ thông quan, tiếp nhận sự giúp đỡ của các nước Xã hội chủ nghĩa anh em, đóng góp tích cực vào việc hỗ trợ kịp thời cho tiền tuyến. Lạng Sơn trở thành “cảng nổi”, “điểm giải tỏa hàng hóa sôi động” của cả nước.
Năm 1992, với chính sách mở cửa, hội nhập của đất nước, với việc bình thường hóa quan hệ hai nước Việt Nam – Trung Quốc, hoạt động xuất nhập khẩu ở biên giới Việt – Trung trở nên nhộn nhịp, sôi động hơn. Nhiệm vụ của Hải quan Lạng Sơn lúc này trở nên thực sự nặng nề. Thực hiện chương trình cải cách hành chính của Chính phủ, Hải quan Lạng Sơn đã kiện toàn tổ chức bộ máy, tăng cường cán bộ có trình độ đạo đức và tinh thông nghiệp vụ, không ngừng cải tiến quy trình, thực hiện hiện đại hóa hải quan để hoàn thành tốt hơn nhiệm vụ mà ngành đặt ra trong tình hìnhmới.
Nhiều năm qua, được sự quan tâm của Bộ Tài chính, Tổng cục Hải quan và cấp ủy, chính quyền địa phương, Cục Hải quan tỉnh Lạng Sơn đã hoàn thành các mục tiêu, nhiệm vụ, góp phần quan trọng trong công cuộc phát triển kinh tế - xã hội của tỉnh Lạng Sơn. Tổng số thu ngân sách của Cục đứng thứ 10 toàn ngành Hải quan. Trong đó, tổng thu năm sau luôn cao hơn năm trước, trong 5 năm gần đây mức tăng bình quân của kim ngạch xuất nhập khẩu là 44,4% mỗi năm (ước tính lượng hàng hóa xuất nhập khẩu qua các cửa khẩu của tỉnh Lạng Sơn chiếm 60% lượng hàng hóa xuất nhập khẩu qua các tỉnh biên giới phía Bắc); tổng thu tăng bình quân 30% mỗi năm. Cụ thể: Năm 2005 tổng thu ngân sách là 643 tỷ đồng thì đến năm 2016 thu đạt hơn 4000 tỷ đồng. Năm 2016, kim ngạch xuất nhập khẩu toàn Cục đạt 3,95 tỷ USD;. Trong đó, kim ngạch xuất khẩu đạt 2,26 tỷ USD; kim ngạch nhập khẩu đạt 1,69 tỷ USD. Thu ngân
sách Nhà nước trên địa bàn đạt 4433,09 tỷ đồng, đạt 100,7% so với chỉ tiêu giao, giảm 31,6% so với cùng kỳ năm 2015.