Nhiều năm qua, được sự quan tâm của Bộ Tài chính, Tổng cục Hải quan và cấp ủy, chính quyền địa phương, Hải quan Lạng Sơn đã hoàn thành xuất sắc các mục tiêu, nhiệm vụ, góp phần phát triển kinh tế - xã hội của tỉnh Lạng Sơn. Tổng số thu ngân sách của Cục đứng thứ 10 toànngành Hải quan. Trong đó, tổng thu năm sau luôn cao hơn năm trước, trong 5 năm gần đây mức tăng bình quân của kim ngạch xuất nhập khẩu là 44,4% mỗi năm (ước tính lượng hàng hóa xuất nhập khẩu qua các cửa khẩu của tỉnh Lạng Sơn chiếm 60% lượng hàng hóa xuất nhập khẩu qua các tỉnh biên giới phía Bắc); tổng thu tăng bình quân 30% mỗi năm. Cụ thể: Năm 2005 tổng thu ngân sách là 643 tỷ đồng thì đến năm 2015 thu đạt hơn 6000 tỷ đồng. Cuối năm 2015, kim ngạch xuất nhập khẩu toàn Cục đạt 3.983,98 triệu USD; số thu thuế đạt 6.489,4tỷ đồng.
Bên cạnh đó, Hải quan Lạng Sơn còn làm tốt công tác kiểm soát chống buôn lậu, gian lận thương mại đặc biệt là việc vận chuyển, buôn bán các loại hàng giả, hàng cấm, hàng kém chất lượng. Từ 2011-2016, Hải quan Lạng Sơn đã bắt giữ và xử lý 3.409 vụ buôn lậu và gian lận thương mại, trị giá ước tính 136,51 tỷ đồng.
Là một trong những đơn vị tích cực, đi đầu trong thực hiện cải cách thủ tục hành chính, ứng dụng công nghệ thông tin vào nghiệp vụ, hiện đại hóa hải quan. Năm 2010, Hải quan Lạng Sơn đã tiên phong đi đầu trong triển khai thủ tục hải quan điện tử. Kết quả, đến nay Cục Hải quan Lạng Sơn đã triển khai thành công thủ tục hải quan điện tử tại 100% các Chi cục Hải quan trực thuộc với tỷ lệ thông quan bằng hình thức này đạt trên 80% kim ngạch và trên 80% số tờ khai đối với các loại hình hàng hóa xuất nhập khẩu đã được cài đặt phần mềm thông quan điện tử.
Ngoài thực hiện các nhiệm vụ chính trị của ngành, Hải quan Lạng Sơn luôn là đơn vị dẫn đầu trong các hoạt động văn hóa văn nghệ, thể thao, là đơn vị thực hiện tốt phong trào “người tốt, việc tốt”, “đền ơn, đáp nghĩa”, tích cực triển khai cuộc vận động “Học tập và làm theo tấm gương đạo đức Hồ Chí Minh” trong toàn thể cán bộ, đảng viên, công nhân viên. Nhiều năm liền, Hải quan Lạng Sơn nhận được Bằng khen của Bộ Tài
chính, Tổng cục Hải quan và Ủy ban nhân dân tỉnh Lạng Sơn, cùng nhiều phần thưởng cao quý khác.