- Trên thực tế, nhiều dự án đầu tư tại địa bàn có di tích quốc gia đặc biệt có quy mô nhỏ, kỹ thuật đơn giản vẫn phải trình Thủ tướng Chính phủ quyết định chủ trương đầu tư vì loại dự án này được xếp vào dự án nhóm A (quy định tại điểm a, b và c khoản 1 Điều 8 Luật Đầu tư công) dẫn tới phát sinh thủ tục hành chính, qua nhiều cấp quản lý, mất nhiều thời gian để chuẩn bị và thực hiện.
- Thời gian xin chấp thuận chủ trương đầu tư của dự án thuộc thẩm quyền của Hội đồng nhân dân các cấp thường dài do Hội đồng nhân dân họp 2 kỳ/năm, nhiều dự án cần triển khai ngay nhưng phải chờ tới Phiên họp Hội đồng nhân dân, ảnh hưởng tới tiến độ dự án.
- Một số hoạt động trước khi phê duyệt chủ trương đầu tư không thể bố trí vốn thực hiện do khoản 1 Điều 55 Luật Đầu tư công 2014 quy định điều kiện để bố trí vốn kế hoạch đầu tư công trung hạn là đã được cấp có thẩm quyền phê duyệt chủ trương đầu tư.
- Trên thực tế, nhiều dự án mua sắm thiết bị, chi phí xây dựng rất nhỏ, công tác xây dựng đơn giản. Tuy nhiên theo quy định tại khoản 1 Điều 6 của Luật Đầu tư công, dự án được xếp vào loại dự án có cấu phần xây dựng và phải thực hiện lập, thẩm định, phê duyệt theo quy định của pháp luật xây dựng dẫn tới thời gian chuẩn bị dự án bị kéo dài, hiệu quả của công tác thẩm định phần xây dựng đem lại thấp.
Công tác thẩm định một số dự án còn thiếu sót, chưa chỉ ra được hết sai sót trong báo cáo của dự án. Còn một số công trình các đơn vị Thanh tra nhà nước, kiểm toán nhà nước khu vực X, Thanh tra Sở tài chính thực hiện kiểm tra hồ sơ, thực tế thi công còn phát hiện sai sót
Độ chính xác của công tác thẩm định chưa cao do chất lượng hồ sơ dự án cũng như thiết kế kỹ thuật, tổng dự toán thấp, chưa đề cập hết các nội dung của một dự án như quy định (Ví dụ: số liệu khảo sát, nghiên cứu hiện trạng và dự báo không chính xác...). Một số dự án đã thẩm định và phê duyệt nhưng không thực hiện hoặc thực hiện không đảm bảo quy mô, tiến độ ban đầu được duyệt.
Thời gian thẩm định của một số dự án kéo dài so với quy định do việc phối hợp giữa các bộ phận có liên quan thiếu chặt chẽ, có bộ phận chưa thực hiện nghiêm về thời gian theo quy định.