Sự chuyển đổi cơ cấu sử dụng đất, cho thuê đất của huyện cho các mục đích phát triển công nghiệp, dịch vụ, du lịch vẫn còn chậm, từ năm 2016 có 5 khu quy hoạch cụm công nghiệp cần giải phóng mặt bằng để doanh nghiệp thuê đất nhưng đến hết năm 2018 huyện chỉ thực hiện được 01 khu, làm hạn chế tốc độ đầu tư của các doanh nghiệp.
Hiện tượng giao đất không đúng thẩm quyền, không đúng quy hoạch kế hoạch sử dụng đất được duyệt; sử dụng sai mục đích, lấn chiếm đất, xây dựng các công trình trái phép trên đât nông nghiệp và trên đất Hành lang giao thông còn diễn ra ở một số nơi.
Công tác đo đạc thành lập bản đồ địa chính chính quy chậm tiến độ theo kế hoạch chung của tỉnh Bắc Kạn như: Dự án đo đạc thành lập bản đồ địa chính chính quy cho 16 xã không thuộc chương trình CT229 của huyện Na Rì được thực hiện từ tháng 6 năm 2015 nhưng đến tháng 12 năm 2017 mới hoàn thành (chậm 6 tháng so với kế hoạch đề ra). Công tác chỉnh lý biến động đất đai không kịp thời, gây ảnh hưởng đến kế hoạch sử dụng đất cho các mục tiêu phát triển KT-XH,
- Chưa tập trung giải quyết dứt điểm, tình trạng khiếu nại, tranh chấp đất đai, đặc biệt những vụ việc phức tạp, đông người đã qua nhiều thời kỳ như Dự án khu Chợ xã Xuân Dương (với 27 hộ dân từ năm 2002 đến nay vẫn chưa giải quyết xong), Dự án mặt bằng mỏ khoáng sản Ao Tây xã Lạng San, mỏ Nà Làng xã Lương Thượng...
- Chưa phát huy hết tiềm năng đất đai của huyện vào sản xuất nông nghiệp, lâm nghiệp. Diện tích đất chưa sử dụng còn khá cao với 935ha chủ yếu là đất hoang hóa, đất chăn thả do UBND các xã quản lý. Chưa khai thác được quỹ đất cho phát triển phi nông nghiệp. - Thực hiện cải cách hành chính, tiếp nhận hồ sơ, giải quyết các thủ tục giao dịch một cửa về đất đai tại VPĐKQSD đất còn chậm. Việc luân chuyển hồ sơ giữa VPĐKQSD đất với chi cục thuế với Phòng TN&MT xử lý còn chậm. Chậm nhất là hồ sơ chuyển QSD đất liên quan đến xác định nguồn gốc, nghĩa vụ tài chính.
- Trang thiết bị còn thiếu, năng lực, trình độ chuyên môn của một số cán bộ làm tác nghiệp chuyên môn ở cấp huyện và cấp xã còn hạn chế làm ảnh hưởng đến công tác QLNN về đất đai. Tinh thần trách nhiệm phục vụ nhân dân chưa cao, việc hướng dẫn cho dân để cấp GCNQSD đất tồn đọng còn chậm, việc cập nhật chỉnh lý biến động chưa kịp thời, công tác trích đo hồ sơ địa chính còn chậm nhất là hồ sơ giải phóng mặt bằng xây dựng các dự án trên địa bàn.
- Việc thi hành, thực hiện các văn bản pháp luật đất đai nhiều khi còn chậm, chưa sát thực tế. Công tác tuyên truyền, phổ biến pháp luật đất đai chưa được thực hiện thường xuyên sâu rộng. Một số cán bộ địa chính chưa thực hiện tốt nhiệm vụ của mình dẫn đến nảy sinh nhiều tiêu cực trong quá trình quản lý và sử dụng đất.