Tùy theo kích thước lỗ thông đa số tác giả ,, khuyến cáo nên đóng lỗ thông sớm (từ 2-4 tuổi) khi Qp/Qs > 1,5/1 hoặc nếu trẻ < 2 tuổi có biểu hiện lâm sàng sớm như bội nhiễm hô hấp, suy dinh dưỡng, suy tim, tím… bít dù được ưu tiên lựa chọn để đóng lỗ TLN. Phẫu thuật được chỉ định cho những trường hợp không bít dù được.
Với các lỗ thông kích thước trung bình: không có dấu hiệu lâm sàng, nhưng tỷ lệ đường kính TP/TT trên siêu âm từ 2/3 đến 1, có tăng tưới máu trên X-quang. Nếu là nữ giới thì nên phẫu thuật lúc 15 tuổi, nam giới thì nên phẫu thuật lúc 5 tuổi.
Nếu lỗ thông kích thước lớn, tỷ lệ đường kính TP/TT lớn hơn 1, có kèm theo tăng áp lực ĐMP cần đóng lỗ thông cáng sớm càng tốt .
Với thông liên nhĩ lỗ thứ hai kích thước trên 38mm, hoặc các gờ của lỗ thông < 5mm ( ngoại trừ gờ van ĐMC) cần phải phẫu thuật để đóng lỗ thông khi có chỉ định vì không đủ điều kiện để bít dù .
Chỉ định phẫu thuật cho những lỗ thông liên nhĩ ở vị trí giải phẫu không phù hợp với bít dù: thể xoang TMC trên, xoang TMC dưới, thể xoang vành,thể nhiều lỗ, thể phối hợp.
TLN kích thước lỗ trung bình hoặc rộng, tỷ lệ lưu lượng: Qp/Qs ≥ 1,5 (> 2 nếu có tiếp nối TM phổi bất thường).
Cân nặng < 15 kg cũng là một chỉ định phẫu thuật ở trẻ em có chỉ định đóng lỗ thông vì bít dù có nguy cơ xảy ra tai biến cao.
Trong nghiên cứu của chúng tôi các bệnh nhân đều có những biểu hiện cần phải đóng sớm lỗ thông liên nhĩ mặc dù còn ở độ tuổi nhỏ. Có đến 21 trường hợp chiếm 50 % suy dinh dưỡng vừa đến nặng, các trường hợp còn lại đều ở mức cân nặng thấp của giới hạn bình thường, hầu hết các trẻ đều có
giãn thất phải, biểu hiện của tăng ALĐMP vừa đến nặng 57,1 % trẻ có 2/3 < TP/TT <1. 40,5 % trẻ có TP/TT > 1 hoặc không có chỉ định đóng lỗ thông qua da như TLN thể xoang TMC dưới (7,1 %), nhiều lỗ (9,6%). Chúng tôi chỉ định phẫu thuật bằng phương pháp ít xâm lấn qua đường mở nhỏ ngực phải để điều trị bệnh cũng như đảm bảo tính thẩm mỹ cho các bệnh nhân.
A. Lammers và cộng sự nghiên cứu trên 24 trẻ có dị tật TLN được chỉ định đóng lỗ thông ở độ tuổi dưới 1 tuổi đã chỉ ra rằng: Nếu phổi bị tổn thương, thậm chí một luồng thông nhỏ từ trái sang phải cũng có thể được dung nạp kém ở trẻ nhỏ. Ở những trẻ này phải phẫu thuật sớm đóng TLN để hỗ trợ sự phát triển và tăng trưởng và để ngăn chặn sự thay đổi không thể hồi phục của mạch máu phổi .
J. Bialkowski và cộng sự nghiên cứu so sánh giữa 41 bệnh nhi được phẫu thuật đóng lỗ TLN với 47 bệnh nhi được đóng lỗ TLN bằng dụng cụ qua da chỉ ra rằng mức độ an toàn của hai nhóm phẫu thuật và can thiệp qua da là như nhau.