KTSTQ là biện pháp nâng cao năng lực quản lý nhà nước về hải quan, thực hiện chống gian lận thương mại có hiệu quả toàn diện bằng việc thực hiện đơn giản hóa, tự động hóa thủ tục hải quan, nhằm thông quan hàng hóa nhanh, nhờ đó góp
phần tích cực vào việc thúc đẩy phát triển thương mại quốc tế, cải thiện môi trường đầu tư, góp phần tạo môi trường cạnh tranh lành mạnh, bình đẳng trong sản xuất và lưu thông.
KTSTQ chính là biện pháp góp phần đảm bảo chấp hành nghiêm chỉnh Luật hải quan, tuân thủ các quy định và các hiệp định thương mại Quốc tế.
KTSTQ là biện pháp hữu hiệu ngăn chặn tình trạng thất thu thuế, duy trì nguồn thu ngân sách, giảm chi phí quản lý về hải quan, giảm thiểu rủi ro cho các đối tượng tham gia: Doanh nghiệp, công chức hải quan.
KTSTQ tạo điều kiện nâng cao hiệu lực trong các lĩnh vực như: quản lý hạn ngạch, chống bán phá giá, trợ giá,… Với thời hạn hồi tố là 5 năm kể từ ngày đăng ký tờ khai, việc thực hiện KTSTQ góp phần quyết định vào việc chấm dứt tình trạng “chỉ cần qua khỏi cửa khẩu hải quan là bình an vô sự” vì không còn ai hỏi đến nữa.
Về mặt dài hạn, KTSTQ đạt được hiệu quả trong việc làm cho Doanh nghiệp hiểu, tuân thủ các quy định và yêu cầu khác của pháp luật ở mức độ cao và tự giác.
Việc đánh giá mức độ tuân thủ không phải đối với tất cả các nhà nhập khẩu. Nó được áp dụng cho các nhà nhập khẩu đã được xác định thông qua quá trình xử lý số liệu như tính toán số lượng những tờ khai quan trọng, số thuế phải nộp… Bằng việc xác định các nhà nhập khẩu trọng yếu đó và sử dụng quy trình đánh giá mức độ tuân thủ, có thể đảm bảo cho cơ quan hải quan rằng những người tham gia chính đó sẽ tuân thủ. Lợi ích khác của việc đánh giá mức độ tuân thủ cho cả Hải quan và Doanh nghiệp là hàng hóa và tờ khai, sẽ không phải kiểm tra thực tế toàn bộ như trong quy trình làm thủ tục hải quan truyền thống trước đây nữa.