Trên địa bàn thành phố Đà Nẵng có 70 chợ truyền thống (8 chợ hạng 1, 18 chợ hạng 2 và 44 chợ hạng 3), tại các chợ này lưu lượng khách rất đông. Năm 2016, thành phố đã hoàn thành tổ chức ký cam kết bảo đảm ATTP đối với các hộ kinh doanh thực phẩm tại các chợ.
Tại các chợ, các mặt hàng thực phẩm cũng rất đa dạng và nhiều chủng loại, trong các chợ cũng được quy hoạch thành từng khu vực bày bán theo từng loại thực phẩm. Tuy nhiên, việc quy hoạch là chưa triệt để, các loại thực phẩm vẫn còn bày bán lẫn lộn, gây ra tình trạng mất an toàn thực phẩm; công tác kiểm tra chất lượng thực phẩm tại các chợ truyền thống cũng không được thực hiện một cách thường xuyên; do sự lỏng lẻo của cơ quan chức năng nên nhiều mặt hàng bày bán tại các chợ không rõ nguồn gốc và chất lượng cũng không thực sự đảm bảo. Tại các chợ, hầu hết có kinh doanh sản phẩm gia cầm, đây là những mặt hàng thực phẩm rất phổ biến trong bữa ăn của con
người nhưng cũng là những thực phẩm có thể mang mầm bệnh và dễ lây lan qua đường ăn uống, nếu những thực phẩm này không rõ nguồn gốc xuất xứ thì chất lượng của nó cũng khó có thể được đảm bảo. Một thực tế ở các chợ truyền thống là khi chúng ta mua gia cầm sống, nếu có nhu cầu người bán sẽ làm thịt tại chỗ, nhưng trên thực tế những tiểu thương này không được cấp phép giết mổ gia cầm, ngoài ra hệ thống thiết bị phục vụ công tác giết mổ gia cầm cũng không đảm bảo, điều này dẫn đến tình trạng thực phẩm sẽ không đảm bảo chất lượng.
Hàng hóa được phân phối tại các chợ rất đa dạng, rất khó khăn trong kiểm soát về nguồn gốc, chất lượng, nhiều mặt hàng thực phẩm nông sản, hải sản tươi sống không có bao bì, tem nhãn. Việc chấp hành đúng các quy định về kinh doanh hàng hóa chất lượng VSATTP vẫn chưa được đảm bảo. Trong năm 2018 UBND thành phố đã ban hành Quyết định số 1222/QĐ-UBND ngày 23/3/2018 về việc phê duyệt Đề án “Thí điểm dán tem QR Code kiểm soát đối với một số sản phẩm thực phẩm sản xuất trên địa bàn thành phố Đà Nẵng đang tiêu thụ tại chợ Hàn”. Theo đó, Sở Công Thương phối hợp với đơn vị tư vấn xây dựng phần mềm quản lý mã QR Code và cơ sở dữ liệu quản lý và khai thác thông tin nhằm phục vụ việc truy xuất nguồn gốc đối với thực phẩm đã qua sơ chế, chế biến sẵn như mắm, chả nem, đồ thủy sản khô rim,... được chế biến, sản xuất trên địa bàn thành phố Đà Nẵng cung ứng vào chợ Hàn bằng điện thoại thông minh. Số lượng dự kiến 1.000.000 tem/năm.
Hệ thống quản lý, thanh tra, kiểm tra liên ngành và kiểm nghiệm vệ sinh an toàn thực phẩm của các chợ chưa đầy đủ, thiếu nhân lực, thiếu trang thiết bị kiểm tra nhanh tại chỗ, trình độ chuyên môn của cán bộ kiểm tra chưa đồng đều, phương tiện kiểm tra còn thiếu nên công tác kiểm tra, giám sát gặp nhiều khó khăn. Bên cạnh đó, việc đầu tư kinh phí cho việc tuyên truyền, mua sắm các trang thiết bị phục vụ cho kiểm tra, phân tích mẫu còn quá ít, chưa đáp
ứng yêu cầu. Trang thiết bị, cơ sở vật chất còn lạc hậu, chưa đồng bộ để phục vụ công tác kiểm tra, phát hiện ra các chất độc tố, hóa chất còn tồn dư thực phẩm lưu thông trong chợ. Việc triển khai xét nghiệm lấy mẫu gặp nhiều khó khan. Trên thực tế, để phát hiện ra các chất độc tố, hóa chất tồn dư thực phẩm, đòi hỏi quy trình lấy mẫu kiểm định hết sức phức tạp, chi phí lớn, thời gian kéo dài, trong quá trình lấy mẫu và chờ kết quả kiểm định phải tạm dừng kinh doanh thực phẩm nghi có vi phạm. Hiện nay các cơ quan chức năng vẫn chưa thật sự quan tâm đến những vấn đề này.
Ở các chợ truyền thống hiện nay đang xảy ra tình trạng quá tải, do số lượng tiểu thương kinh doanh trong chợ ngày càng tăng, trong khi đó diện tích chợ thì vẫn vậy, số lượng các quầy hàng ngày càng thu hẹp, khiến các mặt hàng phải để chồng lên nhau, đây cũng là một trong những nguyên nhân dẫn đến việc không đảm bảo an toàn thực phẩm. Ngoài ra, hiện nay ở các chợ
truyền thống do hạn chế về diện tích và cơ sở vật chất nên các chợ này vẫn chưa có khu vực sơ chế thực phẩm, do đó các tiểu thương thường tiến hành sơ chế ngay tại khu vực quầy hàng của mình. Điều này cũng làm ảnh hưởng đến chất lượng thực phẩm.