Luật ATTP được Quốc hội thông qua năm 2010 và có hiệu lực ngày 01 tháng 7 năm 2011 nhưng đến cuối năm 2012 mới có Nghị định hướng dẫn thi hành, các văn bản dưới Luật của các Bộ ban hành, đồng thời chưa hoàn toàn đồng bộ và hài hòa. Khi thực thi thì bộc lộ nhiều chồng chéo giữa các văn bản với nhau, không có tính khả thi và không có sự liên kết chặt chẽ, tạo nhiều bất cập khiến không thể kiểm soát chặt chẽ các quy định về ATTP. Để bảo đảm sự thống nhất của hệ thống pháp luật cũng như là tính hệ thống, đồng bộ trong việc thực thi pháp luật về ATTP, việc rà soát, đánh giá sự tương thích, phù hợp hay mâu thuẫn, chồng chéo giữa các quy định của pháp luật về ATTP cũng như các quy định của pháp luật chuyên ngành khác so với pháp luật về ATTP cần phải được các cơ quan chức năng thực hiện.
* Đối với Luật An toàn thực phẩm năm 2010:
Đối với khoản 1 điều 22 quy định tuân thủ các điều kiện bảo đảm ATTP đối với các cơ sở kinh doanh thực phẩm nhỏ lẻ chặt chẽ như vậy là không mang tính khả thi bởi với khả năng kinh tế cũng như đặc thù kinh doanh của các cơ sở kinh doanh thực phẩm nhỏ lẻ ở nước ta hiện nay hầu như chưa có cơ sở đáp ứng đầy đủ các yêu cầu đó dẫn đến các cơ sở kinh doanh thực phẩm nhỏ lẻ không tuân thủ nên khi kiểm tra xử lý dễ mang tính hình thức. Vì vậy cần sửa đổi bổ sung khoản 1 điều 22 Luật an toàn thực phẩm năm 2010 theo hướng đơn giản hóa các yêu cầu về tuân thủ các điều kiện bảo đảm ATTP đối với các cơ sở kinh doanh thực phẩm nhỏ lẻ.
Còn theo Khoản 3 Điều 22 Luật An toàn thực phẩm năm 2010 quy định UBND tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương ban hành quy chuẩn kỹ thuật địa phương, quy định cụ thể điều kiện bảo đảm an toàn thực phẩm trong sản xuất, kinh doanh thực phẩm nhỏ lẻ đối với thực phẩm đặc thù trên địa bàn. Tuy nhiên, cho đến thời điểm nay vẫn có một số địa phương ban hành quy chuẩn này, còn lại hầu như các địa phương chưa có ban hành.
* Đối với Nghị định 15/2018/NĐ-CP ngày 02 tháng 02 năm 2018 của Chính phủ về việc quy định chi tiết thi hành một số điều của Luật An toàn thực phẩm:
Mặc dù nghị định đã phân công rõ trách nhiệm quản lý của 3 ngành gồm Y tế, Công Thương, Nông nghiệp và Phát triển nông thôn theo hướng các Bộ quản lý theo nhóm ngành hàng từ đầu đến cuối. Tuy nhiên, đối với các cơ sở sản xuất thực phẩm hoặc vừa sản xuất vừa kinh doanh nhiều loại thực phẩm thuộc sự quản lý của nhiều bộ, ngành thì sản phẩm thực phẩm do bộ nào quản lý chiếm tỷ trọng cao nhất thì bộ đó nên chịu trách nhiệm chính. Đối với sản phẩm, đơn vị nào cấp giấy chứng nhận đủ điều kiện ATTP cho doanh nghiệp sản xuất mặt hàng này thì đơn vị đó chịu trách nhiệm quản lý sản phẩm mà mình đã cấp giấy chứng nhận. Đồng thời quy định rõ phương thức phân cấp quản lý ATTP đối với loại hình hợp tác xã.
* Đối với Nghị định số 115/2018/NĐ-CP quy định xử phạt vi phạm hành chính về an toàn thực phẩm, có hiệu lực từ ngày 20/10/2018:
Nghị định này thay thế Nghị định số 178/2013/NĐ-CP trong đó quy định mức xử phạt vi phạm hành chính là phạt tiền trong nhiều lĩnh vực quy định quá thấp, nên không bảo đảm được tính răn đe và phòng ngừa chung, dẫn đến tình trạng tuy không phổ biến nhưng nhiều tổ chức, công ty, doanh nghiệp hiện đang tồn tại tâm lý chung là chấp nhận nộp phạt vi phạm hành chính vẫn có lợi hơn so với phải chấp hành đúng quy định của pháp luật về lĩnh vực đó.
Đề nghị bổ sung thêm các hình thức xử phạt bổ sung ví dụ như: Tước quyền sử dụng giấy phép, đình chỉ hoạt động có thời hạn...biện pháp khắc phục hậu quả như buộc tiêu hủy hàng hóa gây hại cho sức khỏe con người và công bố trên phương tiện thông tin đại chúng....Về khắc phục hậu quả, hình thức xử phạt bổ
sung phải được quy định một cách nghiêm minh, chặt chẽ với mức xử phạt cao nhất mà pháp luật quy định cho phép.