Mặc dù đã có nhiều thành tựu đạt được trong công tác đảm bảo ATTP nhưng thực tế hiện nay công tác thực thi pháp luật về ATTP vẫn còn những hạn chế:
hành nhiều, tuy nhiên còn những bất cập trong việc phân công, phân cấp quản lý giữa các cơ quan chức năng và giữa UBND các cấp với nhau. Cụ thể, việc quản lý thực phẩm do nhiều Bộ, ngành, cơ quan, đơn vị quản lý tuy có văn bản phân công phân cấp nhưng chưa rõ ràng, chưa quy về một đầu mối quản lý, một số ngành hàng có sự đan xen và không phân định rõ chịu sự quản lý của cơ quan nào. Sự chồng chéo giữa các cơ quan quản lý vẫn chưa dứt điểm, đã gây không ít khó khăn cho doanh nghiệp.
Đồng thời tính khả thi cũng như tính ổn định của các văn bản quy phạm pháp luật về ATTP chưa phù hợp với thực tiễn áp dụng. Có những văn bản được các cơ quan chức năng ban hành chỉ trong một thời gian ngắn đã phải sửa đổi, bổ sung hoặc bãi bỏ, vì vậy, đã gây không ít khó khăn cho các chủ thể kinh doanh thực phẩm, cũng như công tác kiểm soát ATTP trong hoạt động thương mại của các cơ quan nhà nước.
Hai là, nguồn nhân lực cho công tác quản lý về ATTP còn thiếu về con người và hạn chế về chuyên môn, nghiệp vụ nhất là ở các tuyến phường, xã. Cán bộ công chức thực hiện công tác quản lý đảm bảo ATTP ở phường, xã chủ yếu là hoạt động kiêm nhiệm nên không có chuyên môn về ATTP và khó khăn trong công tác tuyên truyền ATTP cũng như phát hiện các cơ sở kinh doanh, chế biến thực phẩm không đảm bảo an toàn. Lực lượng thanh tra, kiểm tra về ATTP còn quá mỏng so với số cơ sở sản xuất, kinh doanh, chế biến thực phẩm, do đó việc đảm bảo thanh tra, kiểm tra 100% số cơ sở sản xuất, kinh doanh, chế biến thực phẩm là quá sức đối với các Ban chỉ đạo liên ngành ATTP, cho nên còn bỏ sót số cơ sở sản xuất, kinh doanh, chế biến thực phẩm. Bên cạnh đó, công tác bồi dưỡng kiến thức về đảm bảo ATTP, nghiệp vụ về thanh tra, kiểm tra tuy đã được tập huấn nhưng quy trình thực hiện thanh tra, kiểm tra khá phức tạp mà thời gian tập huấn tương đối ngắn gây khó khăn cho cơ sở trong quá trình thực hiện. Vì vậy, chưa phát huy hiệu quả hoạt động thực
thi pháp luật về ATTP.
Ba là, việc phối hợp giữa các cơ quan chức năng chưa đồng bộgiữa cấp thành phố, cấp quận huyện và cấp xã, phường; sự chồng chéo trong việc quản lý giữa các cơ quan liên quan về công tác đảm bảo ATTP, chưa có cơ chế phối hợp cụ thể dẫn đến việc như công tác thanh tra, kiểm tra liên ngành về ATTP có sự phối hợp của nhiều cơ quan trong quá trình tổ chức thực hiện, nhưng do chịu sự quản lý về chuyên môn, nghiệp vụ của nhiều cơ quan nên trong việc bố trí nhân lực để thực hiện còn nhiều khó khăn. Đồng thời, các cơ sở thuộc thẩm quyền cấp quận huyện quản lý nhưng thành phố vẫn tiến hành kiểm tra, cũng như cấp xã, phường cũng kiểm tra những cơ sở thuộc cấp quận quản lý và các cấp không có sự thông tin danh sách các cơ sở đã kiểm tra, do đó gây phiền hà cho nhiều cơ sở sản xuất, kinh doanh, chế biến thực phẩm. Ngoài ra công tác báo cáo, thống kê còn sơ xài, chậm và hình thức nên gây khó khăn trong công tác quản lý về ATTP trên toàn thành phố.
Bốn là, hoạt động thanh tra, kiểm tra về ATTP tuy số lần đi kiểm tra có tăng lên nhưng theo tình hình hiện nay, thực phẩm bẩn, không an toàn đang trong tình trạng báo động, do đó đòi hỏi phải tăng cường, quyết liệt hơn nữa trong giải quyết vấn đề về an toàn thực phẩm nhưng các cuộc thanh tra, kiểm tra chủ yếu tập trung thực hiện theo kế hoạch của thành phố, kiểm tra theo các đợt tháng hành động và các dịp lễ hội… cho nên không phát huy hiệu quả của công tác thanh tra, kiểm tra. Bên cạnh đó, hình thức xử lý các cơ sở có hành vi vi phạm về ATTP chưa đủ sức răn đe cơ sở sản xuất, kinh doanh, chế biến thực phẩm mà đại đa số nhắc nhở là chủ yếu. Việc theo dõi, đôn đốc cơ sở
chấp hành quyết định xử phạt vi phạm hành chính về ATTP còn lỏng lẻo, không có cơ chế đảm bảo việc thực thi pháp luật của các cơ sở sản xuất, kinh doanh, chế biến thực phẩm.
định về ATTP chưa mang tính thực tiễn. Các văn bản, quy định liên quan đến ATTP như thủ tục cấp giấy chứng nhận đủ điều kiện về VSATTP… phần lớn các cơ sở sản xuất, kinh doanh, chế biến thực phẩm đều không biết quy trình, thủ tục như thế nào, loại hình nào thuộc cấp nào quản lý,… gây phiền hà cho cơ sở sản xuất, kinh doanh, chế biến thực phẩm trong quá trình thực hiện.
Sáu là, công tác thực thi pháp luật về ATTP còn hạn hẹp về kinh phí đầu tư, phương tiện đi lại phục vụ cho công tác thanh tra, kiểm tra chủ yếu là tự túc, gây khó khăn cho đoàn thanh tra, kiểm tra trong quá trình công tác. Đồng thời, trang thiết bị phục vụ cho việc ghi nhận hình ảnh, kiểm nghiệm thực phẩm của cơ sở, tuy được cấp nhưng còn hạn chế và không đáp ứng được yêu cầu công việc dẫn đến không kịp thời giải quyết vấn đề khi xảy ra.